3nmu

Crystal Structure of substrate-bound halfmer box C/D RNP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） RNA (34-MER) × 1 ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 1 （Q8U4M2） ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） RNA (34-MER) × 1 ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 1 （Q8U4M2） ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	50S ribosomal protein L7Ae × 2 （Q8U160） RNA (34-MER) × 2 ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 2 （Q8U4M2） ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 2 S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U4M1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–379； UniProt 4–369 作者链 B； PDB构建体 14–379； UniProt 4–369

50S ribosomal protein L7Ae

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U160

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1） RNA (34-MER) × 1 ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 1 （Q8U4M2） ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1） RNA (34-MER) × 1 ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 1 （Q8U4M2） ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	NOP5/NOP56 related protein × 2 （Q8U4M1） RNA (34-MER) × 2 ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 2 （Q8U4M2） ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 2 S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL7A_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 9–129； UniProt 3–123 作者链 G； PDB构建体 9–129； UniProt 3–123

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U4M2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） RNA (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） RNA (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	NOP5/NOP56 related protein × 2 （Q8U4M1） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （Q8U160） RNA (34-MER) × 2 ;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ; × 2 S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLPA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 8–234； UniProt 1–227 作者链 J； PDB构建体 8–234； UniProt 1–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nmu
沉积日期 deposition_date	2010-06-22
结构标题 title	Crystal Structure of substrate-bound halfmer box C/D RNP
关键词 keywords	Kink-turn motif, RNA assembly motif, Transferase-RNA complex; Transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3nmu__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3nmu__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3nmu__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.34 Å
Rg（电子密度）	46.94 Å
总 Rg	47.09 Å
原子数	13504
残基数	1521
排除体积	235040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3nmu__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3nmu__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3nmu__assembly_3__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NOP5/NOP56 related protein
分子量 formula_weight	43937.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13531

MHHHHHHVMIMKAFISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L7Ae
分子量 formula_weight	14243.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MHHHHHHAKPSYVKFEVPKELAEKALQAVEIARDTGKIRKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVDPEEIVAHLPPLCEEKEIPYIYVPSKKELGAAAGIEVAAASVAIIEPGKARDLVEEIAMKVKELMK

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA (34-MER)
分子量 formula_weight	11009.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E

GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	26760.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,J

MHHHHHHMVEVKKHKFPGVYVVIDDDGSEKIATKNLVPGQRVYGERVIKWEGEEYRIWNPHRSKLGAAIVNGLKNFPIKPGKSVLYLGIASGTTASHVSDIVGWEGKIYGIEFSPRVLRELVPIVEERRNIIPILGDATKPEEYRALVTKVDVIFEDVAQPTQAKILIDNAKAYLKRGGYGMIAVKSRSIDVTKEPEQVFKEVERELSEYFEVIERLNLEPYEKDHALFVVRKP

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPAPGPCPUPUPCPAPAPCPGPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4156.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K

GAGCUUCAACGGC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3nmuf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.3 — Fibrillarin homologue

结构域编号 domain_id	d3nmuj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.3 — Fibrillarin homologue

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3nmuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3nmuA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3nmuA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3nmuB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3nmuB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3nmuB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3nmuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3nmuF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3nmuF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3nmuG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3nmuJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3nmuJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	293.506 Å
晶胞边长 b length_b	94.054 Å
晶胞边长 c length_c	96.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.729 Å
最低分辨率 resolution_low	33.572 Å
R 因子 r_factor	0.2238
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.2845

Crystal Structure of substrate-bound halfmer box C/D RNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nmu__assembly_3__model_1

3nmu__assembly_3__model_1 | I(q)

3nmu__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)