SAXSdb — 3nps

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of tumorigenicity 14 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 615–855	片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN (unp residues 615-855) 突变：C122S	S4 FAB HEAVY CHAIN × 1 S4 FAB LIGHT CHAIN × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 NA SODIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：298 K；50 mM Tris, 100 mM NaCl, 5% glycerol, no buffer was added for crystallization, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3NPS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EAW Crystal structure of the MTSP1 (matriptase)-BPTI (aprotinin) complex 提交 2001-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：CATALYTIC RESIDUES 615-855	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.93 Å R-free 0.279
1EAW Crystal structure of the MTSP1 (matriptase)-BPTI (aprotinin) complex 提交 2001-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 615–855（241 aa）片段：CATALYTIC RESIDUES 615-855	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.93 Å R-free 0.279
1EAX Crystal structure of MTSP1 (matriptase) 提交 2001-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：CATALYTIC RESIDUES 615-855	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.30 Å R-free 0.193
2GV6 Crystal Structure of Matriptase with Inhibitor CJ-730 提交 2006-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）	未记录	730 (S)-3-(3-(4-(2-GUANIDINOETHYL)PIPERIDIN-1-YL)-2-(NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDO)-3-OXOPROPYL)BENZIMIDAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.229
2GV7 Structure of Matriptase in Complex with Inhibitor CJ-672 提交 2006-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）	未记录	672 (S)-4-(4-(3-(3-CARBAMIMIDOYLPHENYL)-2-(2,4,6-TRIISOPROPYLPHENYLSULFONAMIDO)PROPANOYL)PIPERAZINE-1-CARBONYL)PIPERIDINE-1-CARBOXIMIDAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
3BN9 Crystal Structure of MT-SP1 in complex with Fab Inhibitor E2 提交 2007-12-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 615–855（241 aa）片段：Peptidase S1 domain	突变：C122S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；293 K；16% PEG 5000 MME, 0.21M AmSO4, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.17 Å R-free 0.267
3BN9 Crystal Structure of MT-SP1 in complex with Fab Inhibitor E2 提交 2007-12-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：Peptidase S1 domain	突变：C122S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；293 K；16% PEG 5000 MME, 0.21M AmSO4, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.17 Å R-free 0.267
3NCL Crystal Structure of MT-SP1 bound to Benzamidine Phosphonate Inhibitor 提交 2010-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：peptidase S1 domain	突变：C731S	CCZ phenyl (4-carbamimidoylbenzyl)phosphonate × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；4.0 M Na Formate, 25mM FeCl3, 20% glycerol cryoprotectant, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.19 Å R-free 0.156
3SO3 Structures of Fab-Protease Complexes Reveal a Highly Specific Non-Canonical Mechanism of Inhibition. 提交 2011-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 3350, 0.23 M MgSO4, 0.4% isopropanol, 3% glycerol, 0.12 M AMSO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.194
4IS5 Crystal Structure of the ligand-free inactive Matriptase 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：serine protease domain (unp resisdues 615-855)	突变：N164Q, S195A	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCL , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.48 Å R-free 0.179
4IS5 Crystal Structure of the ligand-free inactive Matriptase 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：serine protease domain (unp resisdues 615-855)	突变：N164Q, S195A	SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 6 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCL , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.48 Å R-free 0.179
4ISL Crystal Structure of the inactive Matriptase in complex with its inhibitor HAI-1 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：Serine protease domain (unp residues 615-855)	突变：N164Q, S805A	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 20% (w/v) polyethylene glycol 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.29 Å R-free 0.232
4ISN Crystal Structure of Matriptase in complex with its inhibitor HAI-1 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：Serine protease domain (UNP RESIDUES 615-855)	突变：N164Q	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20% (w/v) polyethylene glycol 8000, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.259
4ISO Crystal Structure of Matriptase in complex with its inhibitor HAI-1 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：serine protease domain (UNP RESIDUES 615-855)	突变：N164Q	GSH Glutathione × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 20% (w/v) polyethylene glycol 8000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.01 Å R-free 0.219
4JYT Crystal Structure of Matriptase in complex with Inhibitor 提交 2013-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：UNP residues 615-855	未记录	N4A 4,4'-[{3-[(naphthalen-2-ylsulfonyl)amino]pyridine-2,6-diyl}bis(oxy)]dibenzenecarboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；0.1M Tris, 0.2M MgCl2, 20% PEG8000 , pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
4JZ1 Crystal Structure of Matriptase in complex with Inhibitor 提交 2013-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：UNP residues 615-855	未记录	F4D 4,4'-[(3-{[(4-fluorophenyl)sulfonyl]amino}pyridine-2,6-diyl)bis(oxy)]dibenzenecarboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；291 K；0.1M Tris pH 8.3 0.2M MgCl2, 20% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
4JZI Crystal Structure of Matriptase in complex with Inhibitor". 提交 2013-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：UNP residues 615-855	未记录	N4C N-(trans-4-aminocyclohexyl)-2,6-bis(4-carbamimidoylphenoxy)pyridine-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；0.1M Tris pH 8.3 0.2M MgCl2, 20% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
4O97 Crystal structure of matriptase in complex with inhibitor 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：UNP RESIDUES 615-855 链 B 604–607（4 aa）片段：UNP RESIDUES 604-607	未记录	NTX N-(trans-4-aminocyclohexyl)-3,5-bis[(3-carbamimidoylbenzyl)oxy]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；0.1M Tris pH 8.3, 0.2M MgCl2, 20% PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
4O9V Crystal structure of matriptase in complex with inhibitor 提交 2014-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：UNP RESIDUES 615-855 链 B 604–607（4 aa）片段：UNP RESIDUES 604-607	未记录	NT4 N-(trans-4-aminocyclohexyl)-3,5-bis(4-carbamimidoylphenoxy)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；0.1M Tris pH 8.3 0.2M MgCl2, 20% PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
4R0I CRYSTAL STRUCTURE of MATRIPTASE in COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：UNP residues 615-855 链 B 604–607（4 aa）片段：UNP residues 604-607	未记录	3KM 3-({(2S)-3-[4-(2-aminoethyl)piperidin-1-yl]-2-[(naphthalen-2-ylsulfonyl)amino]-3-oxopropyl}oxy)benzenecarboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；0.1M Tris pH 8.3 0.2M MgCl2, 20% PEG8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.289
5LYO Crystal structure of the zymogen matriptase catalytic domain 提交 2016-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 604–855（252 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES 6.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
5LYO Crystal structure of the zymogen matriptase catalytic domain 提交 2016-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 604–855（252 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES 6.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
5LYO Crystal structure of the zymogen matriptase catalytic domain 提交 2016-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 604–855（252 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES 6.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
6N4T Crystal structure of Matriptase1 in complex with a peptidomimetic benzothiazole 提交 2018-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 GSH Glutathione × 1 KD7 N-(3-phenylpropanoyl)-3-(1,3-thiazol-4-yl)-L-alanyl-N-[(1S,2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-5-carbamimidamido-1-hydroxypentan-2-yl]-L-valinamide × 1 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；0.1 M Tris, pH 8.2 - 8.7, 18 % - 22 % PEG800, 200 mM MgCl2	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
6T9T Matriptase in complex with the synthetic inhibitor (S)-3-(3-(4-(3-(tert-butyl)ureido)piperidin-1-yl)-2-((3'-fluoro-4'-(hydroxymethyl)-[1,1'-biphenyl])-3-sulfonamido)-3-oxopropyl)benzimidamide (MI-1904) 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 MXH 1-~{tert}-butyl-3-[1-[(2~{S})-3-(3-carbamimidoylphenyl)-2-[[3-[3-fluoranyl-4-(hydroxymethyl)phenyl]phenyl]sulfonylamino ]propanoyl]piperidin-4-yl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Sodium acetate pH 4.6, 2 M Sodium formate, protein concentration 7 mg/ml	分辨率 1.69 Å R-free 0.202
8G1V Crystal Structure Matriptase (C731S) in Complex with Inhibitor MM1132-2 提交 2023-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–855（241 aa）片段：residues 615-855	突变：C731S	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 YIL N~2~-{[3-(acetamidomethyl)phenyl]acetyl}-N-[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-5-carbamimidamido-1,1-dihydroxypentan-2-yl]-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；2M ammonium sulfate, 100 sodium cacodylate, 200 mM NaCl	分辨率 1.35 Å R-free 0.152
8G1W Crystal Structure Matriptase (C731S) in Complex with Inhibitor VD4162B 提交 2023-02-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 615–855（241 aa）片段：residues 615-855	突变：C731S	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；2M sodium formate, 100 sodium acetate	分辨率 1.20 Å R-free 0.166

共 22 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ST14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 615–855

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nps
沉积日期 deposition_date	2010-06-29
结构标题 title	Crystal structure of membrane-type serine protease 1 (MT-SP1) in complex with the Fab Inhibitor S4
关键词 keywords	;hydrolase, Antibody-Protease Complex, Protein-Protein Complex, Enzyme-Inhibitor Complex, Disease mutation, Glycoprotein, Membrane, Serine protease, Signal-anchor, Transmembrane, HYDROLASE - IMMUNE SYSTEM complex, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex ;; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.60 Å
零角强度 I(0) i0	89264500.00
分子量 molecular_weight	73962.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92070 Å³
包络体积 envelope_volume	115950 Å³
水化壳体积 shell_volume	32649 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.39 Å
包络 Rg envelope_rg	31.56 Å
形状 Rg shape_rg	31.57 Å
总 Rg total_rg	32.10 Å
总原子数 total_atoms	5203
残基数 n_residues	648
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8326
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.558
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.739; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.752

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Suppressor of tumorigenicity 14 protein
分子量 formula_weight	26447.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.109
突变 mutation	C122S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5979

VVGGTDADEGEWPWQVSLHALGQGHICGASLISPNWLVSAAHCYIDDRGFRYSDPTQWTAFLGLHDQSQRSAPGVQERRLKRIISHPFFNDFTFDYDIALLELEKPAEYSSMVRPISLPDASHVFPAGKAIWVTGWGHTQYGGTGALILQKGEIRVINQTTCENLLPQQITPRMMCVGFLSGGVDSCQGDSGGPLSSVEADGRIFQAGVVSWGDGCAQRNKPGVYTRLPLFRDWIKENTGV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S4 FAB HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	24134.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARTFHIRRYRSGYYDKMDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLESSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	S4 FAB LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	22731.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VLTQPPSVSGAPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVSWYQQKPGTAPKLLIYDNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSAVLAITGLQSEDEADYYCQSRDISQYVFGGGTKLTVLRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	676

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3npsa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d3npsb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3npsc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3npsc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3npsA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3npsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3npsB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3npsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3npsC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3npsC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.161 Å
晶胞边长 b length_b	83.988 Å
晶胞边长 c length_c	101.394 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	28.640 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/np/3nps/3nps.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/3nps/3nps.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/3nps/3nps.dat

Crystal structure of membrane-type serine protease 1 (MT-SP1) in complex with the Fab Inhibitor S4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of tumorigenicity 14 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)