SAXSdb — 3nvi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	50S ribosomal protein L7Ae × 2 （Q8U160） ;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ; × 2 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） ;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） ;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U4M1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–379； UniProt 1–369 作者链 C； PDB构建体 11–379； UniProt 1–369

50S ribosomal protein L7Ae

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U160

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	NOP5/NOP56 related protein × 2 （Q8U4M1） ;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ; × 2 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1） ;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1） ;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL7A_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 8–129； UniProt 2–123 作者链 D； PDB构建体 8–129； UniProt 2–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nvi
沉积日期 deposition_date	2010-07-08
结构标题 title	Structure of N-terminal truncated Nop56/58 bound with L7Ae and box C/D RNA
关键词 keywords	Kink turn, ribosome biogenesis, Transferase-RNA complex; Transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3nvi__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3nvi__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3nvi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.93 Å
Rg（电子密度）	28.56 Å
总 Rg	28.83 Å
原子数	3429
残基数	392
排除体积	59894 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3nvi__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3nvi__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3nvi__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NOP5/NOP56 related protein
分子量 formula_weight	43937.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6870

MHHHHHHVMIMKAFISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L7Ae
分子量 formula_weight	14243.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MHHHHHHAKPSYVKFEVPKELAEKALQAVEIARDTGKIRKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVDPEEIVAHLPPLCEEKEIPYIYVPSKKELGAAAGIEVAAASVAIIEPGKARDLVEEIAMKVKELMK

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(CPUPCPUPGPAPCPCPGPAPAPAPGPGPCPGPUPGPAPUPGPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	7747.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

CUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3nvia_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.183 — Nop domain
超家族 Superfamily superfamily	a.183.1 — Nop domain
家族 Family family	a.183.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3nvic_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.183 — Nop domain
超家族 Superfamily superfamily	a.183.1 — Nop domain
家族 Family family	a.183.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3nviA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3nviA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3nviB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3nviC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3nviC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3nviD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

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晶胞边长 a length_a	87.216 Å
晶胞边长 b length_b	91.841 Å
晶胞边长 c length_c	155.603 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.709 Å
最低分辨率 resolution_low	31.621 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2079
R_free r_free	0.2487

Structure of N-terminal truncated Nop56/58 bound with L7Ae and box C/D RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nvi__assembly_2__model_1

3nvi__assembly_2__model_1 | I(q)

3nvi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of N-terminal truncated Nop56/58 bound with L7Ae and box C/D RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nvi__assembly_2__model_1

3nvi__assembly_2__model_1 | I(q)

3nvi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)