3nwf

Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein B

Human herpesvirus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MESO-ERYTHRITOL × 3 SODIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MESO-ERYTHRITOL × 3 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GB_HHV1K
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–703； UniProt 30–730 作者链 B； PDB构建体 3–703； UniProt 30–730 作者链 C； PDB构建体 3–703； UniProt 30–730 作者链 D； PDB构建体 3–703； UniProt 30–730

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nwf
沉积日期 deposition_date	2010-07-09
结构标题 title	Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH
关键词 keywords	Coiled-Coil, ENVELOPE GLYCOPROTEIN, MEMBRANE FUSION, VIRAL PROTEIN, Glycoprotein B, Herpesvirus 1, HSV-1, Membrane; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3nwf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3nwf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3nwf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.80 Å
Rg（电子密度）	50.39 Å
总 Rg	50.36 Å
原子数	14595
残基数	1815
排除体积	257250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3nwf__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3nwf__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3nwf__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3nwf__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein B
分子量 formula_weight	78873.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19321

DPAAPTSPGTPGVAAATQAANGGPATPAPPALGAAPTGDPKPKKNKKPKNPTPPRPAGDNATVAAGHATLREHLRDIKAENTDANFYVCPPPTGATVVQFEQPRRCPTRPEGQNYTEGIAVVFKENIAPYKFKATMYYKDVTVSQVWFGHRYSQFMGIFEDRAPVPFEEVIDKINAKGVCRSTAKYVRNNLETTAFHRDDHETDMELKPANAATRTSRGWHTTDLKYNPSRVEAFHRYGTTVNCIVEEVDARSVYPYDEFVLATGDFVYMSPFYGYREGSHTEHTSYAADRFKQVDGFYARDLTTKARATAPTTRNLLTTPKFTVAWDWVPKRPSVCTMTKWQEVDEMLRSEYGGSFRFSSDAISTTFTTNLTEYPLSRVDLGDCIGKDARDAMDRIFARRYNATHIKVGQPQYYLANGGFLIAYQPLLSNTLAELYVREHLREQSRKPPNPTPPPPGASANASVERIKTTSSIEFARLQFTYNHIQRHVNDMLGRVAIAWCELQNHELTLWNEARKLNPNAIASVTVGRRVSARMLGDVMAVSTCVPVAADNVIVQNSMRISSRPGACYSRPLVSFRYEDQGPLVEGQLGENNELRLTRDAIEPCTVGHRRYFTFGGGYVYFEEYAYSHQLSRADITTVSTFIDLNITMLEDHEFVPLEVYTRHEIKDSGLLDYTEVQRRNQLHDLRFADIDTVIHADANAA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
通用名 common_name	HHV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10306
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MESO-ERYTHRITOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3nwfa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

结构域编号 domain_id	d3nwfb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

结构域编号 domain_id	d3nwfc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

结构域编号 domain_id	d3nwfd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3nwfA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	3nwfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	3nwfA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3nwfA05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

结构域编号 domain_id	3nwfB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	3nwfB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	3nwfB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3nwfB05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

结构域编号 domain_id	3nwfC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	3nwfC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	3nwfC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3nwfC05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

结构域编号 domain_id	3nwfD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	3nwfD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	3nwfD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3nwfD05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

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晶胞边长 a length_a	117.802 Å
晶胞边长 b length_b	117.802 Å
晶胞边长 c length_c	318.324 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	41.535 Å
R 因子 r_factor	0.1994
R_work r_work	0.1972
R_free r_free	0.2492

Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nwf__assembly_1__model_1

3nwf__assembly_1__model_1 | I(q)

3nwf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nwf__assembly_1__model_1

3nwf__assembly_1__model_1 | I(q)

3nwf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)