3o2b

E. coli ClpS in complex with a Phe N-end rule peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–106	片段：unp residues 2-106	Phe N-end rule peptide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；2 M Lithium Sulfate, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–106	片段：unp residues 2-106	Phe N-end rule peptide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；2 M Lithium Sulfate, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3O2B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LZW Structural basis of ClpS-mediated switch in ClpA substrate recognition 提交 2002-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：H66A	PT PLATINUM (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；20% iPr, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
1LZW Structural basis of ClpS-mediated switch in ClpA substrate recognition 提交 2002-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–106（106 aa）	突变：H66A	PT PLATINUM (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；20% iPr, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
1MBU Crystal Structure Analysis of ClpSN heterodimer 提交 2002-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1MBU Crystal Structure Analysis of ClpSN heterodimer 提交 2002-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–106（106 aa）	未记录	YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 3 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1MBV CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ClpSN HETERODIMER TETRAGONAL FORM 提交 2002-08-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å R-free 0.280
1MBX CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ClpSN WITH TRANSITION METAL ION BOUND 提交 2002-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；294 K；glycerol, bis-tris , yttrium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.25 Å R-free 0.231
1MBX CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ClpSN WITH TRANSITION METAL ION BOUND 提交 2002-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–106（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 3 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；294 K；glycerol, bis-tris , yttrium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.25 Å R-free 0.231
1MG9 The structural basis of ClpS-mediated switch in ClpA substrate recognition 提交 2002-08-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	突变：H66A	SPK SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；i-PR, PEG8000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.30 Å R-free 0.294
1R6O ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA/ATP-dependent Clp protease adaptor protein clpS 提交 2003-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 294 K；Drop: 0.02M Tris HCl (pH 8.5), 2mM ZnCl2, 10% (w/v) glycerol; Precipitant: 0.1M bis-tris (pH 6.5), 32% (w/v) glycerol, 0.01-0.015M yttrium chloride, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.205
1R6O ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA/ATP-dependent Clp protease adaptor protein clpS 提交 2003-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–106（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 2 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 Y1 YTTRIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 294 K；Drop: 0.02M Tris HCl (pH 8.5), 2mM ZnCl2, 10% (w/v) glycerol; Precipitant: 0.1M bis-tris (pH 6.5), 32% (w/v) glycerol, 0.01-0.015M yttrium chloride, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.205
1R6O ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA/ATP-dependent Clp protease adaptor protein clpS 提交 2003-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–106（106 aa）链 D 1–106（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 4 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 Y1 YTTRIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 294 K；Drop: 0.02M Tris HCl (pH 8.5), 2mM ZnCl2, 10% (w/v) glycerol; Precipitant: 0.1M bis-tris (pH 6.5), 32% (w/v) glycerol, 0.01-0.015M yttrium chloride, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.205
1R6Q ClpNS with fragments 提交 2003-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 2 GOL GLYCEROL × 1 Y1 YTTRIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.223
1R6Q ClpNS with fragments 提交 2003-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–106（106 aa）	未记录	YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 2 GOL GLYCEROL × 1 Y1 YTTRIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.223
1R6Q ClpNS with fragments 提交 2003-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–106（106 aa）链 D 1–106（106 aa）	未记录	YBT BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 4 GOL GLYCEROL × 2 Y1 YTTRIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.223
2W9R Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS 提交 2009-01-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 1.70 Å R-free 0.254
2WA8 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - The Phe peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.268
2WA8 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - The Phe peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.268
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
2WA9 Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure 提交 2009-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
3O2H E. coli ClpS in complex with a Leu N-end rule peptide 提交 2010-07-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–106（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M TRIS, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 B 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 C 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 D 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 E 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 F 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 G 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 H 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201
3O2O Structure of E. coli ClpS ring complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106 链 H 22–106（85 aa）片段：unp residues 22-106	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Sodium Nitrate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.201

共 12 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 2–106 作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 2–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3o2b
沉积日期 deposition_date	2010-07-22
结构标题 title	E. coli ClpS in complex with a Phe N-end rule peptide
关键词 keywords	adaptor, protein-peptide complex, peptide-binding protein, N-end rule peptide, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.86 Å
零角强度 I(0) i0	8784130.00
分子量 molecular_weight	23052.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29036 Å³
包络体积 envelope_volume	42017 Å³
水化壳体积 shell_volume	14034 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.87 Å
包络 Rg envelope_rg	25.78 Å
形状 Rg shape_rg	25.87 Å
总 Rg total_rg	26.63 Å
总原子数 total_atoms	3194
残基数 n_residues	204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7840e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8784000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7772
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.901
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	901600.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.513; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.589; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS
分子量 formula_weight	12061.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3334

GKTNDWLDFDQLAEEKVRDALKPPSMYKVILVNDDYTPMEFVIDVLQKFFSYDVERATQLMLAVHYQGKAICGVFTAEVAETKVAMVNKYARENEHPLLCTLEKA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phe N-end rule peptide
分子量 formula_weight	1215.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

FRSKGEELFT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	135

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3o2ba_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamily	d.45.1 — ClpS-like
家族 Family family	d.45.1.2 — Adaptor protein ClpS (YljA)

结构域编号 domain_id	d3o2bc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamily	d.45.1 — ClpS-like
家族 Family family	d.45.1.2 — Adaptor protein ClpS (YljA)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3o2bA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS

结构域编号 domain_id	3o2bC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS

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8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	32.223 Å
晶胞边长 b length_b	58.405 Å
晶胞边长 c length_c	56.413 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	30.200 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2466

fit	/app/data/saxs_computation/o2/3o2b/3o2b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o2/3o2b/3o2b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o2/3o2b/3o2b.dat

E. coli ClpS in complex with a Phe N-end rule peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)