3o5n

Tetrahydroquinoline carboxylates are potent inhibitors of the Shank PDZ domain, a putative target in autism disorders

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	BR0 (3aS,4R,9bR)-9-nitro-3a,4,5,9b-tetrahydro-3H-cyclopenta[c]quinoline-4,6-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283
9	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 637–744 链 H； UniProt 637–744	片段：PDZ domain, residues 637-744	BR0 (3aS,4R,9bR)-9-nitro-3a,4,5,9b-tetrahydro-3H-cyclopenta[c]quinoline-4,6-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3O5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5IZU A new binding site outside the canonical PDZ domain determines the specific interaction between Shank and SAPAP and their function 提交 2016-03-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 533–665（133 aa）片段：UNP residues 533-665 链 C 533–665（133 aa）片段：UNP residues 533-665	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；289 K；0.1 M Bis-Tris, 3.0 M NaCl	分辨率 2.49 Å R-free 0.251
6KYH Crystal structure of Shank3 NTD-ANK A42K mutant in complex with HRas 提交 2019-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–362（355 aa）片段：NTD-ANK tandem	突变：A42K,L231R,F304Y	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 3% Dextran sulfate sodium salt, 15% PEG 20000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6KYH Crystal structure of Shank3 NTD-ANK A42K mutant in complex with HRas 提交 2019-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 8–362（355 aa）片段：NTD-ANK tandem	突变：A42K,L231R,F304Y	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 3% Dextran sulfate sodium salt, 15% PEG 20000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6KYH Crystal structure of Shank3 NTD-ANK A42K mutant in complex with HRas 提交 2019-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 8–362（355 aa）片段：NTD-ANK tandem	突变：A42K,L231R,F304Y	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 3% Dextran sulfate sodium salt, 15% PEG 20000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6KYH Crystal structure of Shank3 NTD-ANK A42K mutant in complex with HRas 提交 2019-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 8–362（355 aa）片段：NTD-ANK tandem	突变：A42K,L231R,F304Y	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 3% Dextran sulfate sodium salt, 15% PEG 20000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–368（368 aa）片段：NTD-ANK tandem	突变：L231R,F304Y	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–368（368 aa）片段：NTD-ANK tandem	突变：L231R,F304Y	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
9KSQ Crystal Structure of the mouse Shank3 SAM domain 提交 2024-11-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1654–1730（77 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 20% v/v 2-Propanol	分辨率 2.79 Å R-free 0.255

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHAN3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 B； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 C； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 D； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 E； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 F； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 G； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744 作者链 H； PDB构建体 5–112； UniProt 637–744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3o5n
沉积日期 deposition_date	2010-07-28
结构标题 title	Tetrahydroquinoline carboxylates are potent inhibitors of the Shank PDZ domain, a putative target in autism disorders
关键词 keywords	PDZ domain, Protein-protein interaction, GKAP, postsynaptic density, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.90 Å
零角强度 I(0) i0	108446000.00
分子量 molecular_weight	85166.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108020 Å³
包络体积 envelope_volume	148190 Å³
水化壳体积 shell_volume	38868 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.10 Å
包络 Rg envelope_rg	32.76 Å
形状 Rg shape_rg	32.88 Å
总 Rg total_rg	33.43 Å
总原子数 total_atoms	6023
残基数 n_residues	772
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
分子量 formula_weight	12205.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	6346

GAASSDYVIDDKVAILQKRDHEGFGFVLRGAKAETPIEEFTPTPAFPALQYLESVDVEGVAWRAGLRTGDFLIEVNGVNVVKVGHKQVVGLIRQGGNRLVMKVVSVTRKPEE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(3aS,4R,9bR)-9-nitro-3a,4,5,9b-tetrahydro-3H-cyclopenta[c]quinoline-4,6-dicarboxylic acid
分子量 formula_weight	304.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	290

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3o5na_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5nb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5nc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5nd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5ne_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5nf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5ng_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3o5nh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3o5nA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3o5nH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.954 Å
晶胞边长 b length_b	64.063 Å
晶胞边长 c length_c	101.924 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	33.970 Å
R 因子 r_factor	0.2356
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2830

fit	/app/data/saxs_computation/o5/3o5n/3o5n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/3o5n/3o5n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/3o5n/3o5n.dat