3oag

Design and optimization of new piperidines as renin inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–232 链 B; UniProt 237–406 片段:Renin (unp residue 67-232) 片段:Renin (unp residue 237-406) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LPQ (3R,4S)-N-{2-chloro-5-[(cyclopropylamino)methyl]benzyl}-N-cyclopropyl-4-{6-[2-(2,6-dichloro-4-methylphenoxy)ethoxy]pyridin-3-yl}piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.75;293 K;20-30% PEG4000 0.6M KCl or NaCl, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 67–232 链 D; UniProt 237–406 片段:Renin (unp residue 67-232) 片段:Renin (unp residue 237-406) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LPQ (3R,4S)-N-{2-chloro-5-[(cyclopropylamino)methyl]benzyl}-N-cyclopropyl-4-{6-[2-(2,6-dichloro-4-methylphenoxy)ethoxy]pyridin-3-yl}piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.75;293 K;20-30% PEG4000 0.6M KCl or NaCl, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、228 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–166; UniProt 67–232 作者链 C; PDB构建体 1–166; UniProt 67–232 作者链 B; PDB构建体 1–170; UniProt 237–406 作者链 D; PDB构建体 1–170; UniProt 237–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3oag

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3oag
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3oag
沉积日期 deposition_date2010-08-05
结构标题 titleDesign and optimization of new piperidines as renin inhibitors
关键词 keywordsHydrolase, Protease, Glycosilation, Blood, HYDROLASE - HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE / HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.71
零角强度 I(0) i088194000.00
分子量 molecular_weight75007.0 kDa
排除体积 excluded_volume94305 ų
包络体积 envelope_volume115680 ų
水化壳体积 shell_volume34693 ų
包络直径 envelope_diameter92.3
壳层 Rg shell_rg35.18
包络 Rg envelope_rg27.50
形状 Rg shape_rg27.71
总 Rg total_rg28.49
总原子数 total_atoms5277
残基数 n_residues669
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.3
Rg (实空间) rg_real28.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real8.8190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal88200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9072
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.5
偏度 Skewness skewness0.244
峰度 Kurtosis kurtosis-0.545
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19720000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.920

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3oagA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3oagB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3oagC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3oagD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)