3obv

Autoinhibited Formin mDia1 Structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 249.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein diaphanous homolog 1

Mus musculus

UniProt O08808

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 计数不一致,待复核 链 A; UniProt 131–457 链 B; UniProt 131–457 链 E; UniProt 753–1209 链 F; UniProt 753–1209 片段:N-terminal fragment, UNP residues 131-457 片段:C-terminal fragment, UNP residues 753-1209 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.75;293 K;10% PEG 1500, 25% sucrose, 0.1 M MES pH 6.75, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.75 Å R-free 0.261
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 计数不一致,待复核 链 C; UniProt 131–457 链 D; UniProt 131–457 链 G; UniProt 753–1209 链 H; UniProt 753–1209 片段:N-terminal fragment, UNP residues 131-457 片段:C-terminal fragment, UNP residues 753-1209 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.75;293 K;10% PEG 1500, 25% sucrose, 0.1 M MES pH 6.75, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.75 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DIAP1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–327; UniProt 131–457 作者链 B; PDB构建体 1–327; UniProt 131–457 作者链 C; PDB构建体 1–327; UniProt 131–457 作者链 D; PDB构建体 1–327; UniProt 131–457 作者链 E; PDB构建体 1–457; UniProt 753–1209 作者链 F; PDB构建体 1–457; UniProt 753–1209 作者链 G; PDB构建体 1–457; UniProt 753–1209 作者链 H; PDB构建体 1–457; UniProt 753–1209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3obv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3obv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3obv
沉积日期 deposition_date2010-08-09
结构标题 titleAutoinhibited Formin mDia1 Structure
关键词 keywordsAUTOINHIBITION, ACTIN, NUCLEATION, CYTOSKELETON, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier68.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron68.83
零角强度 I(0) i01715420000.00
分子量 molecular_weight345860.0 kDa
排除体积 excluded_volume432500 ų
包络体积 envelope_volume803950 ų
水化壳体积 shell_volume102010 ų
包络直径 envelope_diameter246.5
壳层 Rg shell_rg62.35
包络 Rg envelope_rg67.41
形状 Rg shape_rg68.86
总 Rg total_rg68.58
总原子数 total_atoms24400
残基数 n_residues2967
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax249.0
Rg (实空间) rg_real68.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.74
I(0) (实空间) i0_real1.7160e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal67.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1713000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8018
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.8
偏度 Skewness skewness0.474
峰度 Kurtosis kurtosis-0.070
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0026
最高正则化参数 α highest_alpha77650000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.534; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.817

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3obva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.23 — Diap1 N-terninal region-like
结构域编号 domain_idd3obvb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.23 — Diap1 N-terninal region-like
结构域编号 domain_idd3obvc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.23 — Diap1 N-terninal region-like
结构域编号 domain_idd3obvd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.23 — Diap1 N-terninal region-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id3obvA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3obvA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Formin, FH3 diaphanous domain
结构域编号 domain_id3obvB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3obvB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Formin, FH3 diaphanous domain
结构域编号 domain_id3obvC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3obvC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Formin, FH3 diaphanous domain
结构域编号 domain_id3obvD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3obvD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Formin, FH3 diaphanous domain
结构域编号 domain_id3obvE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily630
结构域编号 domain_id3obvE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2220 — Formin, FH2 domain
结构域编号 domain_id3obvF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily630
结构域编号 domain_id3obvF03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2220 — Formin, FH2 domain
结构域编号 domain_id3obvG02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily630
结构域编号 domain_id3obvG03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2220 — Formin, FH2 domain
结构域编号 domain_id3obvH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily630
结构域编号 domain_id3obvH03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2220 — Formin, FH2 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)