SAXSdb — 3ogd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase 2

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPCPAPGPTPCPAPTPG)-3' × 1 5'-D(CPAP(BRU)PGPAPCP(BRU)PGPC)-3' × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3MG2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–289； UniProt 2–282

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ogd
沉积日期 deposition_date	2010-08-16
结构标题 title	AlkA Undamaged DNA Complex: Interrogation of a G*:C base pair
关键词 keywords	helix-hairpin-helix, DNA repair, Alkylation, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ogd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ogd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ogd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.72 Å
Rg（电子密度）	20.32 Å
总 Rg	21.24 Å
原子数	2621
残基数	304
排除体积	45636 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ogd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-3-methyladenine glycosylase 2
分子量 formula_weight	32135.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.21
突变 mutation	L125C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2621

MADIGSEFYTLNWQPPYDWSWMLGFLAARAVSSVETVADSYYARSLAVGEYRGVVTAIPDIARHTLHINLSAGLEPVAAECLAKMSRLFDLQCNPQIVNGALGRLGAARPGLRLPGCVDAFEQGVRAILGQCVSVAMAAKLTARVAQLYGERLDDFPEYICFPTPQRLAAADPQALKALGMPLKRAEALIHLANAALEGTLPMTIPGDVEQAMKTLQTFPGIGRWTANYFALRGWQAKDVFLPDDYLIKQRFPGMTPAQIRRYAERWKPWRSYALLHIWYTEGWQPDEA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPCPAPGPTPCPAPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	2755.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCAGTCATG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(CPAP(BRU)PGPAPCP(BRU)PGP*C)-3'
分子量 formula_weight	2845.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CAUGACUGC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3ogdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3ogdA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

结构域编号 domain_id	3ogdA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

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晶胞边长 a length_a	139.700 Å
晶胞边长 b length_b	139.700 Å
晶胞边长 c length_c	95.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	44.177 Å
R 因子 r_factor	0.2179
R_work r_work	0.2152
R_free r_free	0.2693

AlkA Undamaged DNA Complex: Interrogation of a G*:C base pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ogd__assembly_1__model_1

3ogd__assembly_1__model_1 | I(q)

3ogd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

AlkA Undamaged DNA Complex: Interrogation of a G*:C base pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ogd__assembly_1__model_1

3ogd__assembly_1__model_1 | I(q)

3ogd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)