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3okt

Mouse Plexin A2, extracellular domains 1-4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-A2

Mus musculus

UniProt P70207

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 35–703 片段：residues 33-703, extracellular domains 1-4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Polyethylene Glycol 6000 12.8% w/v, Magnesium Chloride 128mM, HEPES 64mM pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 35–703 片段：residues 33-703, extracellular domains 1-4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Polyethylene Glycol 6000 12.8% w/v, Magnesium Chloride 128mM, HEPES 64mM pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3OKT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3AL8 Plexin A2 / Semaphorin 6A complex 提交 2010-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 31–561（531 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.287
3AL8 Plexin A2 / Semaphorin 6A complex 提交 2010-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 31–561（531 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.287
3AL9 Mouse Plexin A2 extracellular domain 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–561（531 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)
链 B 31–561（531 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24-28%(wt/vol) PEG 3350, 0-0.2M NaCl, 0.1M Tris-Cl pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3AL9 Mouse Plexin A2 extracellular domain 提交 2010-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–561（531 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24-28%(wt/vol) PEG 3350, 0-0.2M NaCl, 0.1M Tris-Cl pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3AL9 Mouse Plexin A2 extracellular domain 提交 2010-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 31–561（531 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24-28%(wt/vol) PEG 3350, 0-0.2M NaCl, 0.1M Tris-Cl pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3OKY Plexin A2 in complex with Semaphorin 6A 提交 2010-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 33–701（669 aa） 片段：residues 33-703, extracellular domains 1-4
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 GOL GLYCEROL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；2-Methyl-2,4-Pentanediol 12.4% v/v, MES 124mM pH 6.0, ethyl acetate 1% v/v, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.230
4GZA Complex of mouse Plexin A2 - Semaphorin 3A - Neuropilin-1 提交 2012-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 33–703（671 aa） 片段：UNP RESIDUES 33-703
链 B 33–703（671 aa） 片段：UNP RESIDUES 33-703
链 C 33–703（671 aa） 片段：UNP RESIDUES 33-703
链 D 33–703（671 aa） 片段：UNP RESIDUES 33-703
链 E 33–703（671 aa） 片段：UNP RESIDUES 33-703
链 F 33–703（671 aa） 片段：UNP RESIDUES 33-703
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 1% v/v ethyl acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 8% v/v acetonitrile , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 7.00 Å R-free 0.285
5L5G Plexin A2 full extracellular region, domains 1 to 8 modeled, data to 10 angstrom 提交 2016-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 33–1231（1199 aa） 片段：UNP residues 33-1231
链 C 33–1231（1199 aa） 片段：UNP residues 33-1231
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.5 K；0.68 M potassium/sodium tartrate, 85 mM HEPES, pH 7.5
分辨率 10.00 Å R-free 0.370
5L5G Plexin A2 full extracellular region, domains 1 to 8 modeled, data to 10 angstrom 提交 2016-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 33–1231（1199 aa） 片段：UNP residues 33-1231
链 D 33–1231（1199 aa） 片段：UNP residues 33-1231
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.5 K；0.68 M potassium/sodium tartrate, 85 mM HEPES, pH 7.5
分辨率 10.00 Å R-free 0.370
5L74 Plexin A2 extracellular segment domains 4-5 (PSI2-IPT2), resolution 1.36 Angstrom 提交 2016-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 655–803（149 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.5 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3,350 and 100 mM BIS-TRIS pH 5.5
分辨率 1.36 Å R-free 0.203

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLXA2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–672； UniProt 35–703

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3okt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3okt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3okt
沉积日期 deposition_date2010-08-25
结构标题 titleMouse Plexin A2, extracellular domains 1-4
关键词 keywordsTransmembrane, receptor, sema-domain, Cell-cell signalling, Semaphorin-6A, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.84 Å
零角强度 I(0) i089773700.00
分子量 molecular_weight74589.0 kDa
排除体积 excluded_volume93035 ų
包络体积 envelope_volume123140 ų
水化壳体积 shell_volume32891 ų
包络直径 envelope_diameter129.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.74 Å
包络 Rg envelope_rg35.85 Å
形状 Rg shape_rg34.81 Å
总 Rg total_rg35.10 Å
总原子数 total_atoms5235
残基数 n_residues656
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.3 Å
Rg (实空间) rg_real35.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.63 Å
I(0) (实空间) i0_real8.9770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal89740000.0000
解质量估计 total_estimate0.7405
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.4 Å
偏度 Skewness skewness0.711
峰度 Kurtosis kurtosis-0.195
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7456000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.441; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.519; Smooth: 0.781
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3oktA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)