3otk

Structure and mechanisim of core 2 beta1,6-n-acetylglucosaminyltransferase: a Metal-ion independent gt-a glycosyltransferase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 2 SODIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 2 SODIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCNT1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–391； UniProt 38–428 作者链 B； PDB构建体 1–391； UniProt 38–428 作者链 C； PDB构建体 1–391； UniProt 38–428 作者链 D； PDB构建体 1–391； UniProt 38–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3otk
沉积日期 deposition_date	2010-09-13
结构标题 title	Structure and mechanisim of core 2 beta1,6-n-acetylglucosaminyltransferase: a Metal-ion independent gt-a glycosyltransferase
关键词 keywords	glycosyltransferase, Golgi, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3otk__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3otk__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3otk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.77 Å
Rg（电子密度）	20.66 Å
总 Rg	21.64 Å
原子数	2987
残基数	363
排除体积	53303 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3otk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3otk__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3otk__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3otk__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3otk__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3otk__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
分子量 formula_weight	45303.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.102
突变 mutation	C217S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12658

PEFFSVRHLELAGDDPYSNVNCTKILQGDPEEIQKVKLEILTVQFKKRPRWTPHDYINMTRDCASFIRTRKYIVEPLTKEEVGFPIAYSIVVHHKIEMLDRLLRAIYMPQNFYCIHVDRKAEESFLAAVQGIASCFDNVFVASQLESVVYASWTRVKADLNCMKDLYRMNANWKYLINLSGMDFPIKTNLEIVRKLKCSTGENNLETEKMPPNKEERWKKRYAVVDGKLTNTGIVKAPPPLKTPLFSGSAYFVVTREYVGYVLENENIQKLMEWAQDTYSPDEFLWATIQRIPEVPGSFPSSNKYDLSDMNAIARFVKWQYFEGDVSNGAPYPPCSGVHVRSVCVFGAGDLSWMLRQHHLFANKFDMDVDPFAIQCLDEHLRRKALENLEH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEPTANE-1,2,3-TRIOL
分子量 formula_weight	148.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	533

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晶胞边长 a length_a	73.874 Å
晶胞边长 b length_b	101.020 Å
晶胞边长 c length_c	136.612 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1681
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.2193

Structure and mechanisim of core 2 beta1,6-n-acetylglucosaminyltransferase: a Metal-ion independent gt-a glycosyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3otk__assembly_2__model_1

3otk__assembly_2__model_1 | I(q)

3otk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Structure and mechanisim of core 2 beta1,6-n-acetylglucosaminyltransferase: a Metal-ion independent gt-a glycosyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3otk__assembly_2__model_1

3otk__assembly_2__model_1 | I(q)

3otk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)