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3owg

Crystal structure of vaccinia virus Polyadenylate polymerase(vp55)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(A) polymerase catalytic subunit

Vaccinia virus WR

UniProt P23371

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–479 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；12-16%PEG 3350,200mM Na-citate, 5% glycero, 1mM DTT, pH ~9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.86 Å R-free 0.316
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–479 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；12-16%PEG 3350,200mM Na-citate, 5% glycero, 1mM DTT, pH ~9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.86 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3OWG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2GA9 Crystal Structure of the Heterodimeric Vaccinia Virus Polyadenylate Polymerase with Bound ATP-gamma-S 提交 2006-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 11–479（469 aa）
突变：L36S CA CALCIUM ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；20% PEG 4000, 0.240 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2GAF Crystal Structure of the Vaccinia Polyadenylate Polymerase Heterodimer (apo form) 提交 2006-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 11–479（469 aa）
突变：L36S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；20% PEG 4000, 0.24 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.288
3ER8 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA 提交 2008-10-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–479（479 aa）
突变：L36S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.18 Å R-free 0.285
3ER8 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA 提交 2008-10-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–479（479 aa）
突变：L36S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.18 Å R-free 0.285
3ER9 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with UU and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–479（479 aa）
突变：L36S GOL GLYCEROL × 3 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM tris-HCl, pH 8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.06 Å R-free 0.250
3ERC Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–479（479 aa）
突变：L36S U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.21 Å R-free 0.309
3ERC Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–479（479 aa）
突变：L36S U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.21 Å R-free 0.309

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAP1_VACCW
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–485； UniProt 1–479 作者链 B； PDB构建体 7–485； UniProt 1–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3owg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3owg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3owg
沉积日期 deposition_date2010-09-17
结构标题 titleCrystal structure of vaccinia virus Polyadenylate polymerase(vp55)
关键词 keywordsRNA polyadenylate polymerase complex, translocation, polyadenylate polymerase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.81 Å
零角强度 I(0) i0164278000.00
分子量 molecular_weight105960.0 kDa
排除体积 excluded_volume134100 ų
包络体积 envelope_volume168850 ų
水化壳体积 shell_volume42408 ų
包络直径 envelope_diameter128.5 Å
壳层 Rg shell_rg39.74 Å
包络 Rg envelope_rg33.54 Å
形状 Rg shape_rg33.81 Å
总 Rg total_rg34.24 Å
总原子数 total_atoms7436
残基数 n_residues914
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.2 Å
Rg (实空间) rg_real34.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8748
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.9 Å
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.338
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54080000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.954
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3owga_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.69 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
超家族 Superfamily superfamilye.69.1 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
家族 Family familye.69.1.1 — Poxvirus poly(A) polymerase catalytic subunit-like
结构域编号 domain_idd3owgb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.69 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
超家族 Superfamily superfamilye.69.1 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
家族 Family familye.69.1.1 — Poxvirus poly(A) polymerase catalytic subunit-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3owgA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain
结构域编号 domain_id3owgA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain
结构域编号 domain_id3owgB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain
结构域编号 domain_id3owgB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)