3own

Potent macrocyclic renin inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

物种未注明

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2 3OX (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4R,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;299 K;vapor diffusion, temperature 299K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 3OW (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4S,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;299 K;vapor diffusion, temperature 299K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 ACT ACETATE ION × 9 NA SODIUM ION × 6 3OX (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4R,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;299 K;vapor diffusion, temperature 299K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 3OW (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4S,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;299 K;vapor diffusion, temperature 299K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 链 B; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 ACT ACETATE ION × 9 NA SODIUM ION × 6 3OX (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4R,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide × 3 3OW (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4S,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;299 K;vapor diffusion, temperature 299K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、225 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3own

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3own
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3own
沉积日期 deposition_date2010-09-20
结构标题 titlePotent macrocyclic renin inhibitors
关键词 keywordsRENIN, PROTEASE, ASPARTYL PROTEASE, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.22
零角强度 I(0) i086889000.00
分子量 molecular_weight74718.0 kDa
排除体积 excluded_volume93985 ų
包络体积 envelope_volume112450 ų
水化壳体积 shell_volume34362 ų
包络直径 envelope_diameter91.9
壳层 Rg shell_rg34.62
包络 Rg envelope_rg27.19
形状 Rg shape_rg27.17
总 Rg total_rg28.13
总原子数 total_atoms5260
残基数 n_residues668
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.8
Rg (实空间) rg_real28.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real8.6890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal86890000.0000
解质量估计 total_estimate0.8978
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.1
偏度 Skewness skewness0.314
峰度 Kurtosis kurtosis-0.460
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22710000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3owna_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3ownb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3ownA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3ownA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3ownB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3ownB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)