3oy3

Crystal structure of ABL T315I mutant kinase domain bound with a DFG-out inhibitor AP24589

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase ABL1

Mus musculus

UniProt P00520

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 229–511 片段:UNP residues 229-511 突变:T315I XY3 5-[(5-{[4-{[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]methyl}-3-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}-2-methylphenyl)ethynyl]-1-methyl-1H-imidazole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;30% w/v polyethylene glycol, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Trs-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.95 Å R-free 0.266
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 229–511 片段:UNP residues 229-511 突变:T315I XY3 5-[(5-{[4-{[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]methyl}-3-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}-2-methylphenyl)ethynyl]-1-methyl-1H-imidazole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;30% w/v polyethylene glycol, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Trs-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.95 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABL1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–284; UniProt 229–511 作者链 B; PDB构建体 2–284; UniProt 229–511

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3oy3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3oy3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3oy3
沉积日期 deposition_date2010-09-22
结构标题 titleCrystal structure of ABL T315I mutant kinase domain bound with a DFG-out inhibitor AP24589
关键词 keywords;Protein-inhibitor complex, Protein kinase two-domain fold, phosphotransferase, ATP binding, phosphorylation, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.73
零角强度 I(0) i068269600.00
分子量 molecular_weight66540.0 kDa
排除体积 excluded_volume83626 ų
包络体积 envelope_volume107950 ų
水化壳体积 shell_volume29572 ų
包络直径 envelope_diameter116.3
壳层 Rg shell_rg36.99
包络 Rg envelope_rg31.53
形状 Rg shape_rg31.73
总 Rg total_rg32.18
总原子数 total_atoms4682
残基数 n_residues568
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.6
Rg (实空间) rg_real32.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real6.8270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal68260000.0000
解质量估计 total_estimate0.8427
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.3
偏度 Skewness skewness0.442
峰度 Kurtosis kurtosis-0.474
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27800000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.795; Smooth: 0.860

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3oy3a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd3oy3a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3oy3b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd3oy3b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3oy3A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id3oy3A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id3oy3B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id3oy3B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)