SAXSdb — 3oz9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab NC-1 kappa light chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 130–235	未记录	Fab NC-1 IgG2a heavy chain × 1 （P01863） GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.13M sodium citrate, 0.1M sodium borate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3OZ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NJ9 Crystal structure of Fab 8B10 in complex with MPTS 提交 2013-11-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 130–236（107 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 2M9 8-methoxypyrene-1,3,6-trisulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M zinc acetate, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.264
4NJA Crystal structure of Fab 6C8 in complex with MPTS 提交 2013-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 130–236（107 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 2M9 8-methoxypyrene-1,3,6-trisulfonic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20mM zinc acetate, 12% PEG 8000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q52L95_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 106–211； UniProt 130–235

Fab NC-1 IgG2a heavy chain

物种未注明

UniProt P01863

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–100	未记录	Fab NC-1 kappa light chain × 1 （Q52L95） GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.13M sodium citrate, 0.1M sodium borate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3OZ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GGI CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN 提交 1993-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1GGI CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN 提交 1993-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1IGT STRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN 提交 1996-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–326（326 aa）链 D 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；291 K；7 MICROLITERS OF 4.3 MG/ML MAB231, 3 MICROLITERS 50 MILLIMOLAR TRIS PH 8.0, AND 7 MICROLITERS 4% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 25 ML RESERVOIRS OF 4% PEG 3350, AT 18 DEGREE CELSIUS (SANDWICH PLATE)., temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
1YEC STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) 提交 1997-04-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.252
1YEC STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) 提交 1997-04-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.252
1YEF STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH SUBSTRATE ANALOGUE 提交 1997-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 PNC PARA-NITROBENZYL GLUTARYL GLYCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1YEG STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT 提交 1997-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 BPN PARANITROBENZYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1YEG STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT 提交 1997-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 BPN PARANITROBENZYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1YEH STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT 提交 1997-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 35% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.55 Å R-free 0.231
1YEH STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT 提交 1997-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 35% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.55 Å R-free 0.231
3ZO0 Mouse IgG2a in complex with mouse TRIM21 PRYSPRY 提交 2013-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–327（208 aa）片段：FC, RESIDUES 120-327	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.99 Å R-free 0.253
5VAA Crystal structure of mouse IgG2a Fc T370K mutant 提交 2017-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–330（224 aa）片段：UNP residues 107-330 链 B 107–330（224 aa）片段：UNP residues 107-330	突变：T370K 突变：T370K	GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% (w/v) PEG 200, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.195
8AQW BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 98–330（233 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9RBQ Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5 提交 2025-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric	链 A 99–330（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCAA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 120–219； UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3oz9
沉积日期 deposition_date	2010-09-24
结构标题 title	Crystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1
关键词 keywords	immunoglobulin fold, non-neutralizing antibody, HIV-1 gp41 6-helix bundle core, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.11 Å
零角强度 I(0) i0	37538600.00
分子量 molecular_weight	46982.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58490 Å³
包络体积 envelope_volume	70662 Å³
水化壳体积 shell_volume	24518 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.12 Å
包络 Rg envelope_rg	23.88 Å
形状 Rg shape_rg	24.10 Å
总 Rg total_rg	24.93 Å
总原子数 total_atoms	3307
残基数 n_residues	424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9107
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.532
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8566000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab NC-1 kappa light chain
分子量 formula_weight	23102.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3833

QIVLTQSPVIMSASLGEEITLTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKLLIYSTSNLASGVPSRFSGSGSGTFYSLTISSVEAEDAADYYCHQWSGFYTFGGGTKLEIQRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab NC-1 IgG2a heavy chain
分子量 formula_weight	23584.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGTELMKPGSSVKISCKATGYRFSSYWVEWVKQRPGHGLEWIGKILPGIGSTSYNEKFKGKATFTADTSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARGYYGPTWFAYWGQGTLVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	485

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3oz9h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3oz9h2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3oz9l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oz9l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3oz9H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3oz9H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3oz9L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3oz9L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.373 Å
晶胞边长 b length_b	61.539 Å
晶胞边长 c length_c	154.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	24.380 Å
R 因子 r_factor	0.1922
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/oz/3oz9/3oz9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oz/3oz9/3oz9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oz/3oz9/3oz9.dat

Crystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab NC-1 kappa light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab NC-1 IgG2a heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)