SAXSdb — 3p8b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcription antitermination protein nusG × 1 （Q8TZK1） ZINC ION × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcription antitermination protein nusG × 1 （Q8TZK1） ZINC ION × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Transcription antitermination protein nusG × 2 （Q8TZK1） ZINC ION × 2 BETA-MERCAPTOETHANOL × 6 GLYCEROL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U440_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–81； UniProt 1–61 作者链 C； PDB构建体 21–81； UniProt 1–61

Transcription antitermination protein nusG

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8TZK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 1 （Q8U440） ZINC ION × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 1 （Q8U440） ZINC ION × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ; × 2 （Q8U440） ZINC ION × 2 BETA-MERCAPTOETHANOL × 6 GLYCEROL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TZK1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3p8b
沉积日期 deposition_date	2010-10-13
结构标题 title	X-ray crystal structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation factor Spt4/5
关键词 keywords	transcription elongation factor, RNA polymerase, TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex; TRANSFERASE/TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3p8b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3p8b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3p8b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.42 Å
Rg（电子密度）	20.07 Å
总 Rg	20.98 Å
原子数	1654
残基数	207
排除体积	30005 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3p8b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3p8b__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3p8b__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;
分子量 formula_weight	9136.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3405

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSEKACRHCHYITSEDRCPVCGSRDLSEEWFDLVIIVDVENSEIAKKIGAKVPGKYAIRVR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription antitermination protein nusG
分子量 formula_weight	16816.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAGKIFAVRVTHGQEETTAKLIYSKVRTYNLPIYAILAPSRVKGYIFVEAPNKGVVDEAIRGIRHARGVLPGEVPFKEIEHFLEEKPAVSGLEPGDLVEVIAGPFKGQKAKVVKIDESKDEVVVQFIDAIVPIPVTIKGDYVRLISKLQKEE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3p8ba_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.9 — RNA polymerase subunits
家族 Family family	g.41.9.3 — RpoE2-like

结构域编号 domain_id	d3p8bc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.9 — RNA polymerase subunits
家族 Family family	g.41.9.3 — RpoE2-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3p8bA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3p8bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 — NusG, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3p8bB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3p8bC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3p8bD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 — NusG, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3p8bD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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晶胞边长 a length_a	40.532 Å
晶胞边长 b length_b	87.213 Å
晶胞边长 c length_c	133.107 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2393
R_work r_work	0.2364
R_free r_free	0.2923

X-ray crystal structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation factor Spt4/5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription antitermination protein nusG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p8b__assembly_1__model_1

3p8b__assembly_1__model_1 | I(q)

3p8b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray crystal structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation factor Spt4/5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription antitermination protein nusG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p8b__assembly_1__model_1

3p8b__assembly_1__model_1 | I(q)

3p8b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)