3pb1

Crystal Structure of a Michaelis Complex between Plasminogen Activator Inhibitor-1 and Urokinase-type Plasminogen Activator

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen activator inhibitor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 24–402	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	Plasminogen activator, urokinase × 1 （Q5SWW8） SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PB1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A7C HUMAN PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR TYPE-1 IN COMPLEX WITH A PENTAPEPTIDE 提交 1998-03-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：A335E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
1B3K Plasminogen activator inhibitor-1 提交 1998-12-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；CRYSTALS WERE PRODUCED BY THE HANGING DROP METHOD EQUILIBRATING PURIFIED PROTEIN AT 5MG/ML IN 10 MM NA CACODYLATE, PH 6.8, O.25 M NACL, 1 MM EDTA AGAINST 27-32% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 0.25 M NA CL AND 10 MM CACODYLATE PH 6.8 AT ROOM TEMPERATURE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.292
1B3K Plasminogen activator inhibitor-1 提交 1998-12-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；CRYSTALS WERE PRODUCED BY THE HANGING DROP METHOD EQUILIBRATING PURIFIED PROTEIN AT 5MG/ML IN 10 MM NA CACODYLATE, PH 6.8, O.25 M NACL, 1 MM EDTA AGAINST 27-32% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 0.25 M NA CL AND 10 MM CACODYLATE PH 6.8 AT ROOM TEMPERATURE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.292
1B3K Plasminogen activator inhibitor-1 提交 1998-12-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；CRYSTALS WERE PRODUCED BY THE HANGING DROP METHOD EQUILIBRATING PURIFIED PROTEIN AT 5MG/ML IN 10 MM NA CACODYLATE, PH 6.8, O.25 M NACL, 1 MM EDTA AGAINST 27-32% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 0.25 M NA CL AND 10 MM CACODYLATE PH 6.8 AT ROOM TEMPERATURE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.292
1B3K Plasminogen activator inhibitor-1 提交 1998-12-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；CRYSTALS WERE PRODUCED BY THE HANGING DROP METHOD EQUILIBRATING PURIFIED PROTEIN AT 5MG/ML IN 10 MM NA CACODYLATE, PH 6.8, O.25 M NACL, 1 MM EDTA AGAINST 27-32% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 0.25 M NA CL AND 10 MM CACODYLATE PH 6.8 AT ROOM TEMPERATURE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.292
1C5G PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 提交 1999-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–402（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1DB2 CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 提交 1999-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–402（377 aa）链 B 26–402（377 aa）	突变：N150H, K154T, Q301P, Q319L, M354I 突变：N150H, K154T, Q301P, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；sodium chloride, sodium/potassium phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
1DVM ACTIVE FORM OF HUMAN PAI-1 提交 2000-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；NaCl, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.40 Å R-free 0.292
1DVM ACTIVE FORM OF HUMAN PAI-1 提交 2000-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；NaCl, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.40 Å R-free 0.292
1DVM ACTIVE FORM OF HUMAN PAI-1 提交 2000-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；NaCl, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.40 Å R-free 0.292
1DVM ACTIVE FORM OF HUMAN PAI-1 提交 2000-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；NaCl, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.40 Å R-free 0.292
1DVN LATENT FORM OF PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 (PAI-1) 提交 2000-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG1000, MPD, MgSO4, Tris, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.289
1LJ5 1.8A Resolution Structure of Latent Plasminogen Activator Inhibitor-1(PAI-1) 提交 2002-04-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate trihydrate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1OC0 plasminogen activator inhibitor-1 complex with somatomedin B domain of vitronectin 提交 2003-02-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；10MM NAOAC, 50MM NACL, 2-9% PEG12000,25% PEG400, 50MM HEPES, PH 7.4	分辨率 2.28 Å R-free 0.252
3CVM High resolution structure of a stable Plasminogen activator inhibitor type-1 in its protease cleaved form 提交 2008-04-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–402（382 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 4.5M Ammonium Acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.02 Å R-free 0.282
3CVM High resolution structure of a stable Plasminogen activator inhibitor type-1 in its protease cleaved form 提交 2008-04-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–402（382 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 4.5M Ammonium Acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.02 Å R-free 0.282
3EOX High quality structure of cleaved PAI-1-stab 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）片段：PAI-1	突变：N150H, K154T, Q301P, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.5M lithium sulphate monohydrate, 15% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.61 Å R-free 0.256
3Q02 Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation. 提交 2010-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：W175F	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
3Q02 Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation. 提交 2010-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	突变：W175F	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
3Q02 Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation. 提交 2010-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–402（379 aa）链 B 24–402（379 aa）	突变：W175F 突变：W175F	CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
3Q03 Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation. 提交 2010-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：W175F	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.64 Å R-free 0.225
3Q03 Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation. 提交 2010-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	突变：W175F	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.64 Å R-free 0.225
3Q03 Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation. 提交 2010-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–402（379 aa）链 B 24–402（379 aa）	突变：W175F 突变：W175F	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.64 Å R-free 0.225
3R4L Human very long half life Plasminogen Activator Inhibitor type-1 提交 2011-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）片段：UNP Residues 24-402	突变：Q197C, G355C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.025M NACL, 27% TERT-BUTANOL, 0.050M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3UT3 A novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism 提交 2011-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–402（375 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.42 Å R-free 0.245
3UT3 A novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism 提交 2011-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–402（375 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	EMJ 2,5-dihydroxy-3-undecylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.42 Å R-free 0.245
3UT3 A novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism 提交 2011-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 28–402（375 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.42 Å R-free 0.245
3UT3 A novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism 提交 2011-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 28–402（375 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.42 Å R-free 0.245
4AQH Plasminogen activator inhibitor type-1 in complex with the inhibitor AZ3976 提交 2012-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	未记录	TB7 TERT-BUTYL 3-[(4-OXO-3H-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-2-YL)AMINO]AZETIDINE-1-CARBOXYLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PAI-1 WAS CONCENTRATED TO ABOUT 4 G/L IN A BUFFER CONTAINING 10 MM SODIUM ACETATE PH 5.6, 150 MM SODIUM CHLORIDE AND 1 MM EDTA. AZ3976 WAS DISSOLVED IN DEUTERATED DMSO AND ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE TO A FINAL CONCENTRATION OF 0.3 MM. CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE: 2.5 UL PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1 UL OF A WELL SOLUTION CONTAINING 2.0 M SODIUM CHLORIDE, 100 MM BIS-TRIS PH 6.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.181
4AQH Plasminogen activator inhibitor type-1 in complex with the inhibitor AZ3976 提交 2012-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	未记录	TB7 TERT-BUTYL 3-[(4-OXO-3H-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-2-YL)AMINO]AZETIDINE-1-CARBOXYLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PAI-1 WAS CONCENTRATED TO ABOUT 4 G/L IN A BUFFER CONTAINING 10 MM SODIUM ACETATE PH 5.6, 150 MM SODIUM CHLORIDE AND 1 MM EDTA. AZ3976 WAS DISSOLVED IN DEUTERATED DMSO AND ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE TO A FINAL CONCENTRATION OF 0.3 MM. CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE: 2.5 UL PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1 UL OF A WELL SOLUTION CONTAINING 2.0 M SODIUM CHLORIDE, 100 MM BIS-TRIS PH 6.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.181
4AQH Plasminogen activator inhibitor type-1 in complex with the inhibitor AZ3976 提交 2012-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–402（379 aa）	未记录	TB7 TERT-BUTYL 3-[(4-OXO-3H-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-2-YL)AMINO]AZETIDINE-1-CARBOXYLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PAI-1 WAS CONCENTRATED TO ABOUT 4 G/L IN A BUFFER CONTAINING 10 MM SODIUM ACETATE PH 5.6, 150 MM SODIUM CHLORIDE AND 1 MM EDTA. AZ3976 WAS DISSOLVED IN DEUTERATED DMSO AND ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE TO A FINAL CONCENTRATION OF 0.3 MM. CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE: 2.5 UL PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1 UL OF A WELL SOLUTION CONTAINING 2.0 M SODIUM CHLORIDE, 100 MM BIS-TRIS PH 6.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.181
4G8O Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–402（375 aa）片段：UNP residues 28-402	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.71 Å R-free 0.268
4G8O Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–402（375 aa）片段：UNP residues 28-402	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.71 Å R-free 0.268
4G8O Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 28–402（375 aa）片段：UNP residues 28-402	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.71 Å R-free 0.268
4G8O Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 28–402（375 aa）片段：UNP residues 28-402	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 96P (2S)-3-({[3-(trifluoromethyl)phenoxy]carbonyl}amino)propane-1,2-diyl bis(3,4,5-trihydroxybenzoate) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.71 Å R-free 0.268
4G8R Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–402（375 aa）片段：UNP residues 28-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4G8R Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–402（375 aa）片段：UNP residues 28-402	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 96P (2S)-3-({[3-(trifluoromethyl)phenoxy]carbonyl}amino)propane-1,2-diyl bis(3,4,5-trihydroxybenzoate) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4IC0 Crystal Structure of PAI-1 in Complex with Gallate 提交 2012-12-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, D158Q, Q319L, M354I	GDE 3,4,5-trihydroxybenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.32 Å R-free 0.258
4IC0 Crystal Structure of PAI-1 in Complex with Gallate 提交 2012-12-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, D158Q, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.32 Å R-free 0.258
4IC0 Crystal Structure of PAI-1 in Complex with Gallate 提交 2012-12-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, D158Q, Q319L, M354I	GDE 3,4,5-trihydroxybenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.32 Å R-free 0.258
4IC0 Crystal Structure of PAI-1 in Complex with Gallate 提交 2012-12-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, D158Q, Q319L, M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.32 Å R-free 0.258
5BRR Michaelis complex of tPA-S195A:PAI-1 提交 2015-06-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 24–402（379 aa）	突变：N150H, K154T, Q319L, M354I	GOL GLYCEROL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298.15 K；8% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 3.16 Å R-free 0.276
5ZLZ Structure of tPA and PAI-1 提交 2018-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 29–402（374 aa）	突变：N173H, K177T, Q342L, M377I	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4-8% PEG 3350, 20 mM bis-Tris-HCl pH 7.0	分辨率 3.58 Å R-free 0.312
6GWN Crystal Structure of Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-W175F) in Complex with Two Inhibitory Nanobodies (VHH-2g-42, VHH-2w-64) 提交 2018-06-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：W175F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1 M Bis-Tris, 10 % w/v PEG 3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.250
6GWP Crystal Structure of Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-stab) in Complex with Two Inhibitory Nanobodies (VHH-2g-42, VHH-2w-64) 提交 2018-06-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：N150H-K154T-Q301P-Q319L-M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 17 % w/v PEG 3350, 3 % v/v methanol	分辨率 2.28 Å R-free 0.225
6GWQ Crystal Structure of Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-stab) in Complex with an Inhibitory Nanobody (VHH-2g-42) 提交 2018-06-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：N150H-K154T-Q301P-Q319L-M354I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；1 M succinic acid, 0.1 M HEPES, 1 % w/v PEG 2000	分辨率 2.32 Å R-free 0.230
6I8S Discovery and characterisation of an antibody that selectively modulates the inhibitory activity of plasminogen activator inhibitor-1 提交 2018-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：YES [N150H, K154T, Q319L, M354I,]	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；15 MM AMMONIUM ACETATE PH 7.4, 8-10 % PEG 8000, 0.2 M LICL AND 20 % ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.243
6I8S Discovery and characterisation of an antibody that selectively modulates the inhibitory activity of plasminogen activator inhibitor-1 提交 2018-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 24–402（379 aa）	突变：YES [N150H, K154T, Q319L, M354I,]	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；15 MM AMMONIUM ACETATE PH 7.4, 8-10 % PEG 8000, 0.2 M LICL AND 20 % ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.243
6I8S Discovery and characterisation of an antibody that selectively modulates the inhibitory activity of plasminogen activator inhibitor-1 提交 2018-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–402（379 aa）	突变：YES [N150H, K154T, Q319L, M354I,]	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；15 MM AMMONIUM ACETATE PH 7.4, 8-10 % PEG 8000, 0.2 M LICL AND 20 % ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.243
6I8S Discovery and characterisation of an antibody that selectively modulates the inhibitory activity of plasminogen activator inhibitor-1 提交 2018-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–402（379 aa）	突变：YES [N150H, K154T, Q319L, M354I,]	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；15 MM AMMONIUM ACETATE PH 7.4, 8-10 % PEG 8000, 0.2 M LICL AND 20 % ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.243
6ZRV Crystal Structure of Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-W175F) in Complex with an Inhibitory Nanobody (VHH-s-a93, Nb93) 提交 2020-07-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：W175F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；1 M DIAMMONIUM PHOSPHATE, O.1 M TRISODIUM CITRATE, 0.2 M SODIUM CHLORIDE	分辨率 1.88 Å R-free 0.233
7AQF Crystal Structure of Small Molecule Inhibitor TM5484 Bound to Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-stab) 提交 2020-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–402（379 aa）	未记录	RV2 5-Chloro-2-[[2-[3-(furan-3-yl)anilino]-2-oxoacetyl]amino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；0.2 M TRISODIUM CITRATE, 10% w/v PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.213
7AQF Crystal Structure of Small Molecule Inhibitor TM5484 Bound to Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-stab) 提交 2020-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–402（379 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；0.2 M TRISODIUM CITRATE, 10% w/v PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.213
7AQG Crystal Structure of Small Molecule Inhibitor TM5484 Bound to Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-W175F) 提交 2020-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–402（379 aa）	突变：W175F	RV2 5-Chloro-2-[[2-[3-(furan-3-yl)anilino]-2-oxoacetyl]amino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M BIS-TRIS, 10% w/v PEG 3350	分辨率 2.27 Å R-free 0.268
9PAI CLEAVED SUBSTRATE VARIANT OF PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 提交 1999-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–359（336 aa）链 B 360–402（43 aa）	突变：A335P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；19% (W/V) PEG 4000, 100 MM TRIS PH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.295

共 28 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–379； UniProt 24–402

Plasminogen activator, urokinase

Homo sapiens

UniProt Q5SWW8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 143–395	片段：UNP RESIDUES 143-395 突变：S195A	Plasminogen activator inhibitor 1 × 1 （P05121） SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SWW8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–253； UniProt 143–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pb1
沉积日期 deposition_date	2010-10-20
结构标题 title	Crystal Structure of a Michaelis Complex between Plasminogen Activator Inhibitor-1 and Urokinase-type Plasminogen Activator
关键词 keywords	PAI-1, uPA, Michaelis complex, Structural Genomics, Structure 2 Function Project, S2F, hydrolase Inhibitor-Hydrolase complex; hydrolase Inhibitor/Hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.94 Å
零角强度 I(0) i0	77660000.00
分子量 molecular_weight	70196.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88005 Å³
包络体积 envelope_volume	106770 Å³
水化壳体积 shell_volume	30871 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.67 Å
包络 Rg envelope_rg	31.06 Å
形状 Rg shape_rg	30.90 Å
总 Rg total_rg	31.49 Å
总原子数 total_atoms	4936
残基数 n_residues	603
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8027
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.565
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.666; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.651; Smooth: 0.781

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plasminogen activator inhibitor 1
分子量 formula_weight	42795.1 kDa
突变 mutation	N150H, K154T, Q319L, M354I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	5250

VHHPPSYVAHLASDFGVRVFQQVAQASKDRNVVFSPYGVASVLAMLQLTTGGETQQQIQAAMGFKIDDKGMAPALRHLYKELMGPWNKDEISTTDAIFVQRDLKLVQGFMPHFFRLFRSTVKQVDFSEVERARFIINDWVKTHTKGMISHLLGTGAVQQLTRLVLVNALYFNGQWKTPFPDSSTHRRLFHKSDGSTVSVPMMAQTNKFNYTEFTTPDGHYYDILELPYHGDTLSMFIAAPYEKEVPLSALTNILSAQLISHWKGNMTRLPRLLVLPKFSLETEVDLRKPLENLGMTDMFRQFQADFTSLSDQEPLHVALALQKVKIEVNESGTVASSSTAVIVSARMAPEEIIIDRPFLFVVRHNPTGTVLFMGQVMEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Plasminogen activator, urokinase
分子量 formula_weight	28426.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.73
突变 mutation	S195A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

IIGGEFTTIENQPWFAAIYRRHRGGSVTYVCGGSLISPCWVISATHCFIDYPKKEDYIVYLGRSRLNSNTQGEMKFEVENLILHKDYSADTLAHHNDIALLKIRSKEGRCAQPSRTIQTIALPSMYNDPQFGTSCEITGFGKEQSTDYLYPEQLKMTVVKLISHRECQQPHYYGSEVTTKMLCAADPQWKTDSCQGDAGGPLVCSLQGRMTLTGIVSWGRGCALKDKPGVYTRVSHFLPWIRSHTKEENGLAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	314

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3pb1e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d3pb1i_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3pb1E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3pb1E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3pb1I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	3pb1I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.711 Å
晶胞边长 b length_b	97.711 Å
晶胞边长 c length_c	171.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	38.320 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2205
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/pb/3pb1/3pb1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pb/3pb1/3pb1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pb/3pb1/3pb1.dat

Crystal Structure of a Michaelis Complex between Plasminogen Activator Inhibitor-1 and Urokinase-type Plasminogen Activator

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen activator inhibitor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Plasminogen activator, urokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)