SAXSdb — 3pbp

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP82

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–452	片段：N-terminal domain (NTD), UNP residues 1-452 突变：C396S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–452	片段：N-terminal domain (NTD), UNP residues 1-452 突变：C396S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–452	片段：N-terminal domain (NTD), UNP residues 1-452 突变：C396S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–452	片段：N-terminal domain (NTD), UNP residues 1-452 突变：C396S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PBP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–452（452 aa）片段：UNP residues 1-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–452（452 aa）片段：UNP residues 1-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–452（452 aa）片段：UNP residues 1-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 u 1–713（713 aa）链 v 1–713（713 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 u 1–713（713 aa）链 v 1–713（713 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 u 1–713（713 aa）链 v 1–713（713 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP82_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 D； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 G； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 J； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452

Nucleoporin NUP116/NSP116

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q02630

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 967–1113	片段：C-terminal domain (CTD), UNP residues 967-1113 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 967–1113	片段：C-terminal domain (CTD), UNP residues 967-1113 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 967–1113	片段：C-terminal domain (CTD), UNP residues 967-1113 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 967–1113	片段：C-terminal domain (CTD), UNP residues 967-1113 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PBP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AIV Multiple conformations in the ligand-binding site of the yeast nuclear pore targeting domain of NUP116P 提交 2005-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 967–1113（147 aa）片段：C-terminal domain, residues 967-1113	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM sodium-potassium phosphate pH 6.5, 50mM NaCl, 1mM DTT；压力 1 NMR样品组成 0.5-1mM Nup116p U-15N,13C \| 100mM sodium-potassium phosphate pH 6.5, 50mM NaCl, 1mM DTT, 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU116_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–148； UniProt 967–1113 作者链 E； PDB构建体 2–148； UniProt 967–1113 作者链 H； PDB构建体 2–148； UniProt 967–1113 作者链 K； PDB构建体 2–148； UniProt 967–1113

Nucleoporin NUP159

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40477

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1425–1460	片段：Tail, UNP residues 1425-1460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1425–1460	片段：Tail, UNP residues 1425-1460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1425–1460	片段：Tail, UNP residues 1425-1460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1425–1460	片段：Tail, UNP residues 1425-1460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nucleoporin NUP82 × 1 （P40368） Nucleoporin NUP116/NSP116 × 1 （Q02630）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PBP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XIP Crystal Structure of the N-terminal Domain of Nup159 提交 2004-09-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–387（386 aa）片段：N-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；292 K；PEG3350, ammonium acetate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3RRM S. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp 提交 2011-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–387（386 aa）片段：unp residues 2-387	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
4DS1 The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction 提交 2012-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1116–1126（11 aa）片段：UNP residues 1116-1126 链 D 1116–1126（11 aa）片段：UNP residues 1116-1126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.187
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU159_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–36； UniProt 1425–1460 作者链 F； PDB构建体 1–36； UniProt 1425–1460 作者链 I； PDB构建体 1–36； UniProt 1425–1460 作者链 L； PDB构建体 1–36； UniProt 1425–1460

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pbp
沉积日期 deposition_date	2010-10-20
结构标题 title	Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex
关键词 keywords	;beta-propeller, nucleoporin, mRNA export, mRNP remodelling, NUCLEOCYTOPLASMIC Transport, PROTEIN TRANSPORT, TRANSLOCATION, TRANSPORT, autoproteolysis, Fusion protein, PROTOONCOGENE, ONCOPROTEIN, Protein COMPLEX, Nucleus, Nuclear Envelope, Nuclear Pore Complex, TRANSPORT PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN,STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.18 Å
零角强度 I(0) i0	1071150000.00
分子量 molecular_weight	280440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	353060 Å³
包络体积 envelope_volume	532390 Å³
水化壳体积 shell_volume	80302 Å³
包络直径 envelope_diameter	196.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.23 Å
包络 Rg envelope_rg	55.39 Å
形状 Rg shape_rg	57.21 Å
总 Rg total_rg	57.05 Å
总原子数 total_atoms	19653
残基数 n_residues	2401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.9 Å
Rg (实空间) rg_real	57.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1071000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8766
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.545
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.667

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP82
分子量 formula_weight	51982.5 kDa
突变 mutation	C396S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	19653

MSQSSRLSALPIFQASLSASQSPRYIFSSQNGTRIVFIQDNIIRWYNVLTDSLYHSLNFSRHLVLDDTFHVISSTSGDLLCLFNDNEIFVMEVPWGYSNVEDVSIQDAFQIFHYSIDEEEVGPKSSIKKVLFHPKSYRDSCIVVLKEDDTITMFDILNSQEKPIVLNKPNNSFGLDARVNDITDLEFSKDGLTLYCLNTTEGGDIFAFYPFLPSVLLLNEKDLNLILNKSLVMYESLDSTTDVIVKRNVIKQLQFVSKLHENWNSRFGKVDIQKEYRLAKVQGPFTINPFPGELYDYTATNIATILIDNGQNEIVCVSFDDGSLILLFKDLEMSMSWDVDNYVYNNSLVLIERVKLQREIKSLITLPEQLGKLYVISDNIIQQVNFMSWASTLSKSINESDLNPLAGLKFESKLEDIATIERIPNLAYINWNDQSNLALMSNKTLTFQNISS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP116/NSP116
分子量 formula_weight	16832.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MNENYYISPSLDTLSSYSLLQLRKVPHLVVGHKSYGKIEFLEPVDLAGIPLTSLGGVIITFEPKTCIIYANLPNRPKRGEGINVRARITCFNCYPVDKSTRKPIKDPNHQLVKRHIERLKKNPNSKFESYDADSGTYVFIVNHAAEQT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP159
分子量 formula_weight	4167.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

SSITKDMKGFKVVEVGLAMNTKKQIGDFFKNLNMAK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3pbpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

结构域编号 domain_id	3pbpE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

结构域编号 domain_id	3pbpH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

结构域编号 domain_id	3pbpK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	61.503 Å
晶胞边长 b length_b	96.770 Å
晶胞边长 c length_c	144.282 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.98 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	108.24 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/pb/3pbp/3pbp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pb/3pbp/3pbp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pb/3pbp/3pbp.dat

Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP82

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin NUP116/NSP116

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin NUP159

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)