SAXSdb — 3pf4

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cold shock protein cspB

Bacillus subtilis

UniProt P32081

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–67	未记录	NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rGUCUUUA complex concentration: 50mg/ml; crystallization buffer: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.38 Å R-free 0.194
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–67	未记录	hexaribonucleotide (rGUCUUUA) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rGUCUUUA complex concentration: 50mg/ml; crystallization buffer: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.38 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PF4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CSP CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS MAJOR COLD SHOCK PROTEIN, CSPB: A UNIVERSAL NUCLEIC-ACID BINDING DOMAIN 提交 1993-05-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.45 Å
1CSQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS MAJOR COLD SHOCK PROTEIN, CSPB: A UNIVERSAL NUCLEIC-ACID BINDING DOMAIN 提交 1993-05-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1NMF MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-02-05	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1NMG MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-02-05	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2ES2 Crystal Structure Analysis of the Bacillus Subtilis Cold Shock Protein Bs-CspB in Complex with Hexathymidine 提交 2005-10-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M calcium acetate 18% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.78 Å R-free 0.223
2F52 Solution structure of cold shock protein CspB from Bacillus subtilis in complex with heptathymidine 提交 2005-11-25	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）53mM buffer salt；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM CspB U-15N, 50mM Na-cacodylate, 3mM MgCl2, 1.2mM heptathymidine, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM CspB U-15N, 13C, 50mM Na-cacodylate, 3mM MgCl2, 1.2mM heptathymidine, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2I5L Crystal structure of Bacillus subtilis Cold Shock Protein variant Bs-CspB M1R/E3K/K65I 提交 2006-08-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–67（67 aa）	突变：M1R, E3K, K65I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 3 mM magnesium chloride, 20.4 mg/ml protein. crystallization buffer: 25 % PEG 3350, 0.2 M sodium carbonate, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.55 Å R-free 0.244
2I5M Crystal structure of Bacillus subtilis cold shock protein CspB variant A46K S48R 提交 2006-08-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–67（67 aa）	突变：A46K, S48R	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；reservoir solution: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 15% glycerol for cryoprotection. protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 17.4 mg/ml protein. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
2I5M Crystal structure of Bacillus subtilis cold shock protein CspB variant A46K S48R 提交 2006-08-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–67（67 aa）	突变：A46K, S48R	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；reservoir solution: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 15% glycerol for cryoprotection. protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 17.4 mg/ml protein. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
3PF5 Crystal structure of Bs-CspB in complex with rU6 提交 2010-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–67（67 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rU6 complex concentration: 70mg/ml; crystallization buffer: 31% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.68 Å R-free 0.235
3PF5 Crystal structure of Bs-CspB in complex with rU6 提交 2010-10-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rU6 complex concentration: 70mg/ml; crystallization buffer: 31% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.68 Å R-free 0.235

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSPB_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 B； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pf4
沉积日期 deposition_date	2010-10-27
结构标题 title	Crystal structure of Bs-CspB in complex with r(GUCUUUA)
关键词 keywords	;BETA BARREL, PROTEIN-RNA complex, COLD SHOCK RESPONSE, TRANSCRIPTION REGULATION, TRANSLATION REGULATION, OB fold, cold shock domain, RNA/DNA binding, single-stranded RNA and DNA, cytosol, GENE REGULATION-RNA complex ;; GENE REGULATION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.20 Å
零角强度 I(0) i0	5534140.00
分子量 molecular_weight	16060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19646 Å³
包络体积 envelope_volume	23800 Å³
水化壳体积 shell_volume	12929 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.26 Å
包络 Rg envelope_rg	16.50 Å
形状 Rg shape_rg	16.14 Å
总 Rg total_rg	17.27 Å
总原子数 total_atoms	1129
残基数 n_residues	137
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5340e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0300e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5534000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7231
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.301
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1489000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.307; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.989

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cold shock protein cspB
分子量 formula_weight	7372.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1385

MLEGKVKWFNSEKGFGFIEVEGQDDVFVHFSAIQGEGFKTLEEGQAVSFEIVEGNRGPQAANVTKEA

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	hexaribonucleotide (rGUCUUUA)
分子量 formula_weight	2159.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

GUCUUUA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	194

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3pf4a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3pf4b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3pf4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3pf4B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	49.275 Å
晶胞边长 b length_b	50.512 Å
晶胞边长 c length_c	57.802 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.380 Å
最低分辨率 resolution_low	19.020 Å
R 因子 r_factor	0.1560
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.1940

fit	/app/data/saxs_computation/pf/3pf4/3pf4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/3pf4/3pf4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/3pf4/3pf4.dat

Crystal structure of Bs-CspB in complex with r(GUCUUUA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cold shock protein cspB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)