3pqr

Crystal structure of Metarhodopsin II in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rhodopsin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 2	Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 × 1 （P04695） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 RETINAL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PALMITIC ACID × 1 SULFATE ION × 1 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 × 2 （P04695） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 RETINAL × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PALMITIC ACID × 2 SULFATE ION × 2 ACETATE ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OPSD_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 1–348

Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1

物种未注明

UniProt P04695

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 2	Rhodopsin × 1 （P02699） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 RETINAL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PALMITIC ACID × 1 SULFATE ION × 1 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Rhodopsin × 2 （P02699） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 RETINAL × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PALMITIC ACID × 2 SULFATE ION × 2 ACETATE ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNAT1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 340–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pqr
沉积日期 deposition_date	2010-11-26
结构标题 title	Crystal structure of Metarhodopsin II in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin
关键词 keywords	;protein, retinal protein, photoreceptor, active state, chromophore, G-protein coupled receptor, glycoprotein, lipoprotein, palmitate, phosphoprotein, photoreceptor protein, sensory transduction, transducer, transmembrane, vision, signaling protein, G-protein, transducin, Galpha subunit, membrane, receptor, GTP-binding, myristate, nucleotide-binding, G-protein-coupled receptor, rhodopsin, opsin ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pqr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pqr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pqr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.92 Å
Rg（电子密度）	22.68 Å
总 Rg	23.74 Å
原子数	2858
残基数	337
排除体积	52378 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pqr__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3pqr__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rhodopsin
分子量 formula_weight	39031.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2904

MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
分子量 formula_weight	1261.5 kDa
突变 mutation	K341L,C347V
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ILENLKDVGLF

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3pqra_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamily	f.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family family	f.13.1.2 — Rhodopsin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3pqrA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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晶胞边长 a length_a	241.550 Å
晶胞边长 b length_b	241.550 Å
晶胞边长 c length_c	109.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	34.860 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2173
R_free r_free	0.2496

Crystal structure of Metarhodopsin II in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rhodopsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pqr__assembly_1__model_1

3pqr__assembly_1__model_1 | I(q)

3pqr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Metarhodopsin II in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rhodopsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pqr__assembly_1__model_1

3pqr__assembly_1__model_1 | I(q)

3pqr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)