3prc

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (QB-DEPLETED)

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06009） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06010） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06008） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 14 FE (II) ION × 2 SULFATE ION × 8 MENAQUINONE-7 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06009） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06010） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06008） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 FE (II) ION × 1 SULFATE ION × 4 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYCR_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–336； UniProt 21–356

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

物种未注明

UniProt P06009

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P07173） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06010） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06008） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 14 FE (II) ION × 2 SULFATE ION × 8 MENAQUINONE-7 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P07173） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06010） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06008） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 FE (II) ION × 1 SULFATE ION × 4 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

物种未注明

UniProt P06010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P07173） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06009） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06008） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 14 FE (II) ION × 2 SULFATE ION × 8 MENAQUINONE-7 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P07173） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06009） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06008） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 FE (II) ION × 1 SULFATE ION × 4 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

物种未注明

UniProt P06008

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P07173） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06009） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 2 （P06010） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 8 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 4 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 14 FE (II) ION × 2 SULFATE ION × 8 MENAQUINONE-7 × 2 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 2 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P07173） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06009） PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER × 1 （P06010） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 BACTERIOCHLOROPHYLL B × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN B × 2 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 FE (II) ION × 1 SULFATE ION × 4 MENAQUINONE-7 × 1 15-cis-1,2-dihydroneurosporene × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_RHOVI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 2–258； UniProt 2–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3prc
沉积日期 deposition_date	1997-07-29
结构标题 title	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (QB-DEPLETED)
关键词 keywords	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER, SECONDARY QUINONE (QB)-DEPLETED; PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3prc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3prc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3prc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.28 Å
Rg（电子密度）	52.71 Å
总 Rg	52.92 Å
原子数	20258
残基数	2370
排除体积	367090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3prc__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3prc__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
分子量 formula_weight	37450.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	10606

CFEPPPATTTQTGFRGLSMGEVLHPATVKAKKERDAQYPPALAAVKAEGPPVSQVYKNVKVLGNLTEAEFLRTMTAITEWVSPQEGCTYCHDENNLASEAKYPYVVARRMLEMTRAINTNWTQHVAQTGVTCYTCHRGTPLPPYVRYLEPTLPLNNRETPTHVERVETRSGYVVRLAKYTAYSALNYDPFTMFLANDKRQVRVVPQTALPLVGVSRGKERRPLSDAYATFALMMSISDSLGTNCTFCHNAQTFESWGKKSTPQRAIAWWGIRMVRDLNMNYLAPLNASLPASRLGRQGEAPQADCRTCHQGVTKPLFGASRLKDYPELGPIKAAAK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
分子量 formula_weight	30469.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPYFVGFFGVSAIFFIFLGVSLIGYAASQGPTWDPFAISINPPDLKYGLGAAPLLEGGFWQAITVCALGAFISWMLREVEISRKLGIGWHVPLAFCVPIFMFCVLQVFRPLLLGSWGHAFPYGILSHLDWVNNFGYQYLNWHYNPGHMSSVSFLFVNAMALGLHGGLILSVANPGDGDKVKTAEHENQYFRDVVGYSIGALSIHRLGLFLASNIFLTGAFGTIASGPFWTRGWPEWWGWWLDIPFWS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
分子量 formula_weight	35932.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ADYQTIYTQIQARGPHITVSGEWGDNDRVGKPFYSYWLGKIGDAQIGPIYLGASGIAAFAFGSTAILIILFNMAAEVHFDPLQFFRQFFWLGLYPPKAQYGMGIPPLHDGGWWLMAGLFMTLSLGSWWIRVYSRARALGLGTHIAWNFAAAIFFVLCIGCIHPTLVGSWSEGVPFGIWPHIDWLTAFSIRYGNFYYCPWHGFSIGFAYGCGLLFAAHGATILAVARFGGDREIEQITDRGTAVERAALFWRWTIGFNATIESVHRWGWFFSLMVMVSASVGILLTGTFVDNWYLWCVKHGAAPDYPAYLPATPDPASLPGAPK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
分子量 formula_weight	28557.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MYHGALAQHLDIAQLVWYAQWLVIWTVVLLYLRREDRREGYPLVEPLGLVKLAPEDGQVYELPYPKTFVLPHGGTVTVPRRRPETRELKLAQTDGFEGAPLQPTGNPLVDAVGPASYAERAEVVDATVDGKAKIVPLRVATDFSIAEGDVDPRGLPVVAADGVEAGTVTDLWVDRSEHYFRYLELSVAGSARTALIPLGFCDVKKDKIVVTSILSEQFANVPRLQSRDQITLREEDKVSAYYAGGLLYATPERAESLL

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN B
分子量 formula_weight	887.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	15-cis-1,2-dihydroneurosporene
分子量 formula_weight	540.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	425

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3prcc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.2 — Photosynthetic reaction centre (cytochrome subunit)

结构域编号 domain_id	d3prch1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d3prch2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d3prch3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3prcl_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d3prcm_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3prcC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	3prcC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	3prcH01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3prcH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

结构域编号 domain_id	3prcL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3prcL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3prcM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3prcM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

▶

7. 引用文献 (8)

;The coupling of light-induced electron transfer and proton uptake as derived from crystal structures of reaction centres from Rhodopseudomonas viridis modified at the binding site of the secondary quinone, QB. ;

Structure (1997)

PMID: 9351808 · DOI: 10.1016/S0969-2126(97)00285-2 PRIMARY

;Refined Crystal Structures of Reaction Centres from Rhodopseudomonas Viridis in Complexes with the Herbicide Atrazine and Two Chiral Atrazine Derivatives Also Lead to a New Model of the Bound Carotenoid ;

J.Mol.Biol. (1999)

;Ubiquinone Reduction and Protonation in the Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis: X-Ray Structures and Their Functional Implications ;

Biochim.Biophys.Acta (1998)

;Crystallographic Refinement at 2.3 A Resolution and Refined Model of the Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis ;

J.Mol.Biol. (1995)

The Photosynthetic Reaction Center from the Purple Bacterium Rhodopseudomonas Viridis

Science (1989)

Structure of the Protein Subunits in the Photosynthetic Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis at 3 Angstroms Resolution

Nature (1985)

;X-Ray Structure Analysis of a Membrane Protein Complex. Electron Density Map at 3 A Resolution and a Model of the Chromophores of the Photosynthetic Reaction Center from Rhodopseudomonas Viridis ;

J.Mol.Biol. (1984)

Three-Dimensional Crystals of a Membrane Protein Complex. The Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis

J.Mol.Biol. (1982)

晶胞边长 a length_a	223.500 Å
晶胞边长 b length_b	223.500 Å
晶胞边长 c length_c	113.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1780
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2150

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (QB-DEPLETED)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3prc__assembly_1__model_1

3prc__assembly_1__model_1 | I(q)

3prc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (8)