SAXSdb — 3pu3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 60–451	片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.95 Å R-free 0.294
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 60–451	片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.95 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PU3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3KQI crystal structure of PHF2 PHD domain complexed with H3K4Me3 peptide 提交 2009-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–70（70 aa）片段：PHD finger	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.78 Å R-free 0.218
3KQI crystal structure of PHF2 PHD domain complexed with H3K4Me3 peptide 提交 2009-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–70（70 aa）片段：PHD finger	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.78 Å R-free 0.218
3PTR PHF2 Jumonji domain 提交 2010-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 60–451（392 aa）片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3PU8 PHF2 Jumonji-NOG-Fe(II) complex 提交 2010-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 60–451（392 aa）片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	未记录	OXY OXYGEN MOLECULE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.94 Å R-free 0.235
3PU8 PHF2 Jumonji-NOG-Fe(II) complex 提交 2010-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–451（392 aa）片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	未记录	OXY OXYGEN MOLECULE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.94 Å R-free 0.235
3PUA PHF2 Jumonji-NOG-Ni(II) 提交 2010-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–451（392 aa）片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.89 Å R-free 0.210
3PUS PHF2 Jumonji-NOG-Ni(II) 提交 2010-12-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–451（392 aa）片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.08 Å R-free 0.232
3PUS PHF2 Jumonji-NOG-Ni(II) 提交 2010-12-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 60–451（392 aa）片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.08 Å R-free 0.232
7M10 PHF2 PHD Domain Complexed with Peptide From N-terminus of VRK1 提交 2021-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–70（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 2 FMT FORMIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；292 K；3.5M Sodium Formate,100mM TRIS pH 8.2	分辨率 1.15 Å R-free 0.165
8F8Y PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–451（451 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 3.06 Å R-free 0.249
8F8Y PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–451（451 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 3.06 Å R-free 0.249
8F8Z PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–451（451 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 3.30 Å R-free 0.256
8F8Z PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–451（451 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 3.30 Å R-free 0.256

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–392； UniProt 60–451 作者链 B； PDB构建体 1–392； UniProt 60–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pu3
沉积日期 deposition_date	2010-12-03
结构标题 title	PHF2 Jumonji domain-NOG complex
关键词 keywords	alpha-ketoglutarate-Fe2+ dependent dioxygenases, Histone Tail BINDING PROTEIN, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.34 Å
零角强度 I(0) i0	106564000.00
分子量 molecular_weight	83367.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104700 Å³
包络体积 envelope_volume	132570 Å³
水化壳体积 shell_volume	34552 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.17 Å
包络 Rg envelope_rg	33.50 Å
形状 Rg shape_rg	33.34 Å
总 Rg total_rg	33.73 Å
总原子数 total_atoms	5871
残基数 n_residues	724
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8190
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.702; Smooth: 0.704

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 2
分子量 formula_weight	44715.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6325

STLKKKRTWHKHGPGQAPDVKPVQNGSQLFIKELRSRTFPSAEDVVARVPGSQLTLGYMEEHGFTEPILVPKKDGLGLAVPAPTFYVSDVENYVGPERSVDVTDVTKQKDCKMKLKEFVDYYYSTNRKRVLNVTNLEFSDTRMSSFVEPPDIVKKLSWVENYWPDDALLAKPKVTKYCLICVKDSYTDFHIDSGGASAWYHVLKGEKTFYLIRPASANISLYERWRSASNHSEMFFADQVDKCYKCIVKQGQTLFIPSGWIYATLTPVDCLAFAGHFLHSLSVEMQMRAYEVERRLKLGSLTQFPNFETACWYMGKHLLEAFKGSHKSGKQLPPHLVQGAKILNGAFRSWTKKQALAEHEDELPEHFKPSQLIKDLAKEIRLSENASKAVRP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	43

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	373

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3pu3a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.14 — Jumonji domain / Histone demethylase core

结构域编号 domain_id	d3pu3b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.14 — Jumonji domain / Histone demethylase core

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3pu3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	3pu3A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

结构域编号 domain_id	3pu3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	3pu3B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.910 Å
晶胞边长 b length_b	96.335 Å
晶胞边长 c length_c	66.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	31.180 Å
R 因子 r_factor	0.2285
R_work r_work	0.2261
R_free r_free	0.2937

fit	/app/data/saxs_computation/pu/3pu3/3pu3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pu/3pu3/3pu3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pu/3pu3/3pu3.dat

PHF2 Jumonji domain-NOG complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction