SAXSdb — 8f8y

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f8y
沉积日期 deposition_date	2022-11-22
结构标题 title	PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide
关键词 keywords	;Methyl-lysine binding, aromatic cage, plant homeodomain, PHD, Jumonji domain, plant homeodomain finger 2, PHF2, histone H3 lysine 4 tri-methylation, H3K4me3, PROTEIN BINDING, OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex ;; OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.33 Å
零角强度 I(0) i0	156224000.00
分子量 molecular_weight	97775.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120840 Å³
包络体积 envelope_volume	162090 Å³
水化壳体积 shell_volume	39084 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.44 Å
包络 Rg envelope_rg	37.58 Å
形状 Rg shape_rg	37.42 Å
总 Rg total_rg	37.19 Å
总原子数 total_atoms	6840
残基数 n_residues	871
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	156200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.632
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.140
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	36800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.633; Smooth: 0.626

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase PHF2
分子量 formula_weight	51832.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6893

GSINMATVPVYCVCRLPYDVTRFMIECDACKDWFHGSCVGVEEEEAPDIDIYHCPNCEKTHGKSTLKKKRTWHKHGPGQAPDVKPVQNGSQLFIKELRSRTFPSAEDVVARVPGSQLTLGYMEEHGFTEPILVPKKDGLGLAVPAPTFYVSDVENYVGPERSVDVTDVTKQKDCKMKLKEFVDYYYSTNRKRVLNVTNLEFSDTRMSSFVEPPDIVKKLSWVENYWPDDALLAKPKVTKYCLICVKDSYTDFHIDSGGASAWYHVLKGEKTFYLIRPASANISLYERWRSASNHSEMFFADQVDKCYKCIVKQGQTLFIPSGWIYATLTPVDCLAFAGHFLHSLSVEMQMRAYEVERRLKLGSLTQFPNFETACWYMGKHLLEAFKGSHKSGKQLPPHLVQGAKILNGAFRSWTKKQALAEHEDELPEHFKPSQLIKDLAKEIRLSENASKAVRP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide
分子量 formula_weight	1313.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

PRVKAAQAGRQS

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8f8yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	8f8yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

结构域编号 domain_id	8f8yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	8f8yB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.406 Å
晶胞边长 b length_b	84.065 Å
晶胞边长 c length_c	105.215 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	38.870 Å
R 因子 r_factor	0.1972
R_work r_work	0.1945
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/f8/8f8y/8f8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/8f8y/8f8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/8f8y/8f8y.dat

PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)