3q5h

Clinically Useful Alkyl Amine Renin Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 4 RX6 methyl (2-{(R)-(3-chlorophenyl)[(3R)-1-({(2S)-1-(methylamino)-3-[(3R)-tetrahydro-2H-pyran-3-yl]propan-2-yl}carbamoyl)piperidin-3-yl]methoxy}ethyl)carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;278 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium sulfate, 18-26% PEG3550, 5 mg/mL renin, 1 mm inhibitor, pH 7.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.16 Å R-free 0.268
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 CL CHLORIDE ION × 2 RX6 methyl (2-{(R)-(3-chlorophenyl)[(3R)-1-({(2S)-1-(methylamino)-3-[(3R)-tetrahydro-2H-pyran-3-yl]propan-2-yl}carbamoyl)piperidin-3-yl]methoxy}ethyl)carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;278 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium sulfate, 18-26% PEG3550, 5 mg/mL renin, 1 mm inhibitor, pH 7.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.16 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、228 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3q5h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3q5h
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3q5h
沉积日期 deposition_date2010-12-28
结构标题 titleClinically Useful Alkyl Amine Renin Inhibitors
关键词 keywords;aspartate protease, hypertension, renin expression, renin inhibitor, aspartyl protease, cleavage on pair of basic residues, disease mutation, glycoprotein, membrane, protease, secreted, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.87
零角强度 I(0) i091376200.00
分子量 molecular_weight75586.0 kDa
排除体积 excluded_volume94769 ų
包络体积 envelope_volume114610 ų
水化壳体积 shell_volume35261 ų
包络直径 envelope_diameter95.8
壳层 Rg shell_rg34.49
包络 Rg envelope_rg26.67
形状 Rg shape_rg26.88
总 Rg total_rg27.64
总原子数 total_atoms5310
残基数 n_residues655
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.7
Rg (实空间) rg_real27.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real9.1380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91380000.0000
解质量估计 total_estimate0.6846
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.1
偏度 Skewness skewness0.253
峰度 Kurtosis kurtosis-0.433
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21050000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.950

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3q5ha_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3q5hb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3q5hA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3q5hA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3q5hB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3q5hB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)