3qcv

Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LT3015 antibody Fab fragment, heavy chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 139–243	未记录	LT3015 antibody Fab fragment, light chain × 1 （P01834） 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 139–243	未记录	LT3015 antibody Fab fragment, light chain × 1 （P01834） 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QCV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U6A Crystal Structure of the Broadly Neutralizing Anti-HIV Fab F105 提交 2004-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 21–243（223 aa）片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, NACL, NA-CITRATE, PEPTIDE 44 (RLTPEPDD-NH2), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.81 Å R-free 0.251
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 20–243（224 aa）链 E 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 20–243（224 aa）链 K 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 20–243（224 aa）链 E 20–243（224 aa）链 H 20–243（224 aa）链 K 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–243（101 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 143–243（101 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.15 Å R-free 0.287
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 139–243（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 151–245（95 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.232
4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 151–245（95 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.232
4NM8 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound to H3 influenza hemagglutinin 提交 2013-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 151–245（95 aa）链 I 151–245（95 aa）链 J 151–245（95 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 4.00 Å R-free 0.292
4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 128–247（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.210
5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 135–247（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
5UG0 Human antibody H2897 in complex with influenza hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 提交 2017-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；10% w/v PEG8000, 100 mM HEPES	分辨率 3.40 Å R-free 0.278
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 132–245（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–245（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 143–245（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 143–245（103 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 143–245（103 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 143–245（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W42 Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2) 提交 2017-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 138–245（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)	分辨率 3.57 Å R-free 0.228
5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 135–244（110 aa）链 E 135–244（110 aa）链 I 135–244（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.268
5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 135–244（110 aa）链 G 135–244（110 aa）链 K 135–244（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.268
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 138–245（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 138–245（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6DC3 RSV prefusion F bound to RSD5 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 132–245（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0	分辨率 3.50 Å R-free 0.205
6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 D 138–245（108 aa）链 J 138–245（108 aa）链 P 138–245（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 17 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6N089_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 119–223； UniProt 139–243 作者链 I； PDB构建体 119–223； UniProt 139–243

LT3015 antibody Fab fragment, light chain

Homo sapiens

UniProt P01834

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–105	未记录	LT3015 antibody Fab fragment, heavy chain × 1 （Q6N089） 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–105	未记录	LT3015 antibody Fab fragment, heavy chain × 1 （Q6N089） 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3QCV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A4J DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR 提交 1998-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–104（104 aa）片段：FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.292
1A4J DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR 提交 1998-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）片段：FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.292
1A4K DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY WITH TRANSITION STATE ANALOGUE 提交 1998-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–104（104 aa）片段：FAB	未记录	CD CADMIUM ION × 2 FRA [4-(4-ACETYLAMINO-PHENYL)-3,5-DIOXO-4-AZA-TRICYCLO[5.2.2.0 2,6]UNDEC-1-YLCARBAMOYLOXY]-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；17% PEG 8K, 200MM (NH4)2SO4, 10MM CDS0 100MM TRIS PH 8.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.291
1A4K DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY WITH TRANSITION STATE ANALOGUE 提交 1998-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）片段：FAB	未记录	CD CADMIUM ION × 2 FRA [4-(4-ACETYLAMINO-PHENYL)-3,5-DIOXO-4-AZA-TRICYCLO[5.2.2.0 2,6]UNDEC-1-YLCARBAMOYLOXY]-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；17% PEG 8K, 200MM (NH4)2SO4, 10MM CDS0 100MM TRIS PH 8.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.291
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–104（104 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104) 链 L 1–104（104 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–104（104 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–104（104 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–104（104 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
1HKL FREE AND LIGANDED FORM OF AN ESTEROLYTIC CATALYTIC ANTIBODY 提交 1996-12-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–236（214 aa）片段：VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.68 Å R-free 0.244
1I7Z ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND 提交 2001-03-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	COC COCAINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.265
1I7Z ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND 提交 2001-03-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	COC COCAINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.265
1MIM IGG FAB FRAGMENT (CD25-BINDING) 提交 1995-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 135–348（214 aa）片段：IGG FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1UCB STRUCTURE OF UNCOMPLEXED FAB COMPARED TO COMPLEX (1CLY, 1CLZ) 提交 1996-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）片段：MOUSE VH AND VL DOMAINS, HUMAN CL KAPPA AND CH1 IGG1 DOMAINS	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6), 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 15 % PEG 8000.	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
3O11 Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 提交 2010-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.5；293 K；0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.304
3O11 Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 提交 2010-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–106（106 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.5；293 K；0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.304
3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–105（105 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.15 Å R-free 0.287
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–105（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–105（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3U0W AD related murine antibody Fragment 提交 2011-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM citric acid, 20%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3U7W Crystal structure of NIH45-46 Fab 提交 2011-10-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% polyethylene glycol 20,000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.1 M sodium/potassium tartrate, 0.02 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3U7Y Structure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV 提交 2011-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% isopropanol, 10% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.256
3VH8 KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701 提交 2011-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 93–101（9 aa）片段：UNP residues 93-101	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3VH8 KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701 提交 2011-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 93–101（9 aa）片段：UNP residues 93-101	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3X11 Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N.L82R.R83G 提交 2014-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 93–101（9 aa）片段：UNP residues 93-101	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.231
3X12 Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N 提交 2014-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 93–101（9 aa）片段：UNP residues 1-9	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–106（106 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–106（106 aa）片段：HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–106（106 aa）片段：HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5B38 KIR3DL1005 in complex with HLA-B57:01 提交 2016-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 93–101（9 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；14 to 18% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
5B39 KIR3DL1015 in complex with HLA-B57:01 提交 2016-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 93–101（9 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；14 to 18% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.229
5C7K Crystal structure BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer bound to broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–106（106 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；280 K；0.05 M lithium sulfate, 0.05 M sodium sulfate, 26% (w/v) PEG 400 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.3	分辨率 4.60 Å R-free 0.295
5ESV Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade C Superinfecting Strain of Donor CAP256. 提交 2015-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）链 D 1–106（106 aa）链 L 1–106（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG8000, .1M CaCl, 20% MPD, .1M Na Acetate pH 5.5, frozen in 15% sucrose as cryoprotectant	分辨率 3.10 Å R-free 0.259
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R	分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R	分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R	分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R	分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–107（107 aa）	未记录	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate	分辨率 2.34 Å R-free 0.252
5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–107（107 aa）	未记录	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate	分辨率 2.34 Å R-free 0.252
5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 G 1–107（107 aa）链 I 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.20 Å
6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.227
6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.227
6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.222
6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.222
6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.213
6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.213
6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.216
6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–106（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.216
6B9Y Trastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant 提交 2017-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 15% PEG3350, 24 mM NaCl	分辨率 2.14 Å R-free 0.218
6B9Z Trastuzumab Fab v3 提交 2017-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG3350	分辨率 1.82 Å R-free 0.189
6BAE Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC 提交 2017-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350	分辨率 2.14 Å R-free 0.224
6BAH Trastuzumab Fab v3 with 5-diphenyl meditope variant 提交 2017-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
6OGE Cryo-EM structure of Her2 extracellular domain-Trastuzumab Fab-Pertuzumab Fab complex 提交 2019-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.36 Å
6OKP B41 SOSIP.664 in complex with the silent-face antibody SF12 and V3-targeting antibody 10-1074 提交 2019-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 N 1–107（107 aa）链 P 1–107（107 aa）链 R 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids	分辨率 3.28 Å
7CZY S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_2B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 1–107（107 aa）链 N 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7CZZ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_3B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 1–107（107 aa）链 M 1–107（107 aa）链 N 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7XQ8 Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype 提交 2022-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 1–107（107 aa）链 R 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8C1C Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 1–107（107 aa）链 Y 1–107（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000	分辨率 2.80 Å R-free 0.284
8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000	分辨率 2.80 Å R-free 0.284

共 44 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGKC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 114–218； UniProt 1–105 作者链 M； PDB构建体 114–218； UniProt 1–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qcv
沉积日期 deposition_date	2011-01-17
结构标题 title	Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2)
关键词 keywords	antibody, lysophosphatidic acid binding, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.31 Å
零角强度 I(0) i0	145027000.00
分子量 molecular_weight	95668.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119790 Å³
包络体积 envelope_volume	156720 Å³
水化壳体积 shell_volume	43206 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.54 Å
包络 Rg envelope_rg	29.77 Å
形状 Rg shape_rg	30.28 Å
总 Rg total_rg	31.06 Å
总原子数 total_atoms	6744
残基数 n_residues	846
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	145000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8819
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.219
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LT3015 antibody Fab fragment, heavy chain
分子量 formula_weight	24038.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I
原子数 atom_count	6841

EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCQAFGYGFINYLIEWIRQMPGQGLEWIGLINPGSDYTNYNENFKGQATLSADKSSSTAYLQWSSLKASDTAMYFCARRFGYYGSGNYFDYWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LT3015 antibody Fab fragment, light chain
分子量 formula_weight	23839.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

DVVMTQTPLSLPVTPGEPASISCTSGQSLVHINGNTYLHWYLQKPGQSPKLLIYKVSNLFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYFCSQSTHFPFTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate
分子量 formula_weight	434.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3qcvh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qcvi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qcvl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3qcvl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qcvm1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3qcvm2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3qcvH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3qcvM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.980 Å
晶胞边长 b length_b	183.131 Å
晶胞边长 c length_c	127.498 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	49.966 Å
R 因子 r_factor	0.2175
R_work r_work	0.2149
R_free r_free	0.2661

fit	/app/data/saxs_computation/qc/3qcv/3qcv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qc/3qcv/3qcv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qc/3qcv/3qcv.dat

Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LT3015 antibody Fab fragment, heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LT3015 antibody Fab fragment, light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)