SAXSdb — 3qi0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase inhibitory protein II

Streptomyces exfoliatus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
10	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 41–311 链 B； UniProt 41–311 链 C； UniProt 41–311 链 D； UniProt 41–311 链 E； UniProt 41–311 链 F； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
7	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 41–311 链 F； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 41–311 链 C； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
9	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 41–311 链 E； UniProt 41–311	片段：unp residues 41-311	SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulfate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QI0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JTD Crystal structure of beta-lactamase inhibitor protein-II in complex with TEM-1 beta-lactamase 提交 2001-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–311（273 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.230
3QHY Structural, thermodynamic and kinetic analysis of the picomolar binding affinity interaction of the beta-lactamase inhibitor protein-II (BLIP-II) with class A beta-lactamases 提交 2011-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 41–311（271 aa）片段：unp residues 41-311	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；298 K；0.1M Bicine, 13 % PEG 10,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.06 Å R-free 0.217
9T9P Adenosine receptor A2a (A2AR)-beta-lactamase fusion bound to beta-lactamase inhibitory protein II (BLIPII) and ZM241385 提交 2025-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–311（271 aa）	未记录	ZMA 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O87916_STREX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 41–311 作者链 B； PDB构建体 1–271； UniProt 41–311 作者链 C； PDB构建体 1–271； UniProt 41–311 作者链 D； PDB构建体 1–271； UniProt 41–311 作者链 E； PDB构建体 1–271； UniProt 41–311 作者链 F； PDB构建体 1–271； UniProt 41–311

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qi0
沉积日期 deposition_date	2011-01-26
结构标题 title	Structural, thermodynamic and kinetic analysis of the picomolar binding affinity interaction of the beta-lactamase inhibitor protein-II (BLIP-II) with class A beta-lactamases
关键词 keywords	enzyme-inhibitor complex, BSGC, beta-propeller, beta-lactamase, protein:protein interaction, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.37 Å
零角强度 I(0) i0	458653000.00
分子量 molecular_weight	165110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	202500 Å³
包络体积 envelope_volume	258110 Å³
水化壳体积 shell_volume	57213 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.68 Å
包络 Rg envelope_rg	36.82 Å
形状 Rg shape_rg	37.31 Å
总 Rg total_rg	37.93 Å
总原子数 total_atoms	11618
残基数 n_residues	1611
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	458700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6666
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.323
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	99280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.080; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.694

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-lactamase inhibitory protein II
分子量 formula_weight	28360.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	11817

ATSVVAWGGNNDWGEATVPAEAQSGVDAIAGGYFHGLALKGGKVLGWGANLNGQLTMPAATQSGVDAIAAGNYHSLALKDGEVIAWGGNEDGQTTVPAEARSGVDAIAAGAWASYALKDGKVIAWGDDSDGQTTVPAEAQSGVTALDGGVYTALAVKNGGVIAWGDNYFGQTTVPAEAQSGVDDVAGGIFHSLALKDGKVIAWGDNRYKQTTVPTEALSGVSAIASGEWYSLALKNGKVIAWGSSRTAPSSVQSGVSSIEAGPNAAYALKGGSGSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces exfoliatus
通用名 common_name	Streptomyces hydrogenans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1905
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3qi0a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.5 — RCC1/BLIP-II
家族 Family family	b.69.5.2 — beta-lactamase inhibitor protein-II, BLIP-II

结构域编号 domain_id	d3qi0b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.5 — RCC1/BLIP-II
家族 Family family	b.69.5.2 — beta-lactamase inhibitor protein-II, BLIP-II

结构域编号 domain_id	d3qi0c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.5 — RCC1/BLIP-II
家族 Family family	b.69.5.2 — beta-lactamase inhibitor protein-II, BLIP-II

结构域编号 domain_id	d3qi0d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.5 — RCC1/BLIP-II
家族 Family family	b.69.5.2 — beta-lactamase inhibitor protein-II, BLIP-II

结构域编号 domain_id	d3qi0e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.5 — RCC1/BLIP-II
家族 Family family	b.69.5.2 — beta-lactamase inhibitor protein-II, BLIP-II

结构域编号 domain_id	d3qi0f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.5 — RCC1/BLIP-II
家族 Family family	b.69.5.2 — beta-lactamase inhibitor protein-II, BLIP-II

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3qi0A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	3qi0B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	3qi0C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	3qi0D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	3qi0E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	3qi0F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.606 Å
晶胞边长 b length_b	114.737 Å
晶胞边长 c length_c	173.827 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1976
R_work r_work	0.1952
R_free r_free	0.2425

fit	/app/data/saxs_computation/qi/3qi0/3qi0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qi/3qi0/3qi0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qi/3qi0/3qi0.dat

Structural, thermodynamic and kinetic analysis of the picomolar binding affinity interaction of the beta-lactamase inhibitor protein-II (BLIP-II) with class A beta-lactamases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase inhibitory protein II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction