3qvd

Exposure of rubrerythrin from Pyrococcus furiosus to peroxide, fifteen second time point.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubrerythrin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	HYDROGEN PEROXIDE × 1 FE (II) ION × 6 FE (III) ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	HYDROGEN PEROXIDE × 1 FE (II) ION × 6 FE (III) ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	HYDROGEN PEROXIDE × 1 FE (II) ION × 6 FE (III) ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	HYDROGEN PEROXIDE × 1 FE (II) ION × 6 FE (III) ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	HYDROGEN PEROXIDE × 2 FE (II) ION × 12 FE (III) ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	HYDROGEN PEROXIDE × 2 FE (II) ION × 12 FE (III) ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9UWP7_9EURY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 B； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 C； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 D； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 E； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 F； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 G； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171 作者链 H； PDB构建体 1–170； UniProt 2–171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qvd
沉积日期 deposition_date	2011-02-25
结构标题 title	Exposure of rubrerythrin from Pyrococcus furiosus to peroxide, fifteen second time point.
关键词 keywords	Rubrerythrin, Peroxide reduction, removal of reactive oxygen species, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qvd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qvd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qvd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.07 Å
Rg（电子密度）	20.21 Å
总 Rg	21.09 Å
原子数	2735
残基数	340
排除体积	49241 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3qvd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3qvd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3qvd__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3qvd__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3qvd__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3qvd__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rubrerythrin
分子量 formula_weight	19398.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	11288

VVKRTMTKKFLEEAFAGESMAHMRYLIFAEKAEQEGFPNIAKLFRAIAYAEFVHAKNHFIALGKLGKTPENLQMGIEGETFEVEEMYPVYNKAAEFQGEKEAVRTTHYALEAEKIHAELYRKAKEKAEKGEDIEIKKVYICPICGYTAVDEAPEYCPVCGAPKEKFVVFE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HYDROGEN PEROXIDE
分子量 formula_weight	34.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	348

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d3qvda1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvda2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvdb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvdb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvdc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvdc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvdd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvdd2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvde1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvde2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvdf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvdf2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvdg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvdg2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qvdh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3qvdh2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3qvdA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3qvdH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3qvdH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	79.589 Å
晶胞边长 b length_b	104.458 Å
晶胞边长 c length_c	104.512 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	46.730 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2350

Exposure of rubrerythrin from Pyrococcus furiosus to peroxide, fifteen second time point.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubrerythrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qvd__assembly_1__model_1

3qvd__assembly_1__model_1 | I(q)

3qvd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Exposure of rubrerythrin from Pyrococcus furiosus to peroxide, fifteen second time point.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubrerythrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qvd__assembly_1__model_1

3qvd__assembly_1__model_1 | I(q)

3qvd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)