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3qvp

Crystal structure of glucose oxidase for space group C2221 at 1.2 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose oxidase

Aspergillus niger

UniProt P13006

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–605 未记录 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；200 mM NaCl and 20% PEG 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.20 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3QVP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CF3 GLUCOSE OXIDASE FROM APERGILLUS NIGER 提交 1999-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–583（583 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
1GAL CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE OXIDASE FROM ASPERGILLUS NIGER: REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-08-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–605（583 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
3QVR Crystal structure of glucose oxidase for space group P3121 at 1.3 A resolution. 提交 2011-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–605（583 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；295 K；200 mM CaCl2 and 20% PEG 3350, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.30 Å R-free 0.198
5NIT Glucose oxidase mutant A2 提交 2017-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–605（581 aa）
突变：T30V I94V A162T R537K M556V FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 18 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；280 K；100 mM HEPES 40% v/v dioxane
分辨率 1.87 Å R-free 0.204
5NIW Glucose oxydase mutant A2 提交 2017-03-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–605（581 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；100 mM HEPES 45% v/v dioxane
分辨率 1.80 Å R-free 0.191
9H7Z Aspergillus niger Glucose Oxidase bound to Ba2+ ions 提交 2024-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–605（605 aa）
链 M 1–605（605 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 6 BA BARIUM ION × 12 BR BROMIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium bromide, 2 mM barium chloride, 30 mM sodium acetate
分辨率 1.71 Å R-free 0.199

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GOX_ASPNG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–583； UniProt 23–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qvp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qvp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qvp
沉积日期 deposition_date2011-02-25
结构标题 titleCrystal structure of glucose oxidase for space group C2221 at 1.2 A resolution
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.31 Å
零角强度 I(0) i074265300.00
分子量 molecular_weight65573.0 kDa
排除体积 excluded_volume81100 ų
包络体积 envelope_volume92529 ų
水化壳体积 shell_volume31705 ų
包络直径 envelope_diameter83.0 Å
壳层 Rg shell_rg31.76 Å
包络 Rg envelope_rg23.77 Å
形状 Rg shape_rg23.28 Å
总 Rg total_rg24.28 Å
总原子数 total_atoms4622
残基数 n_residues581
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.4 Å
Rg (实空间) rg_real24.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real7.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74270000.0000
解质量估计 total_estimate0.8837
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.2 Å
偏度 Skewness skewness0.249
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26660000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3qvpa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3qvpa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family familyd.16.1.1 — GMC oxidoreductases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3qvpA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id3qvpA02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology450 — Glucose Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glucose Oxidase, domain 2
结构域编号 domain_id3qvpA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology560 — Glucose Oxidase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glucose Oxidase, domain 3
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)