3qwd

Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 14	CHLORIDE ION × 7 water × 14	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	CHLORIDE ION × 4 water × 7	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	CHLORIDE ION × 3 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP_STAA8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 B； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 C； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 D； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 E； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 F； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 G； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 H； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 I； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 J； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 K； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 L； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 M； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 N； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qwd
沉积日期 deposition_date	2011-02-28
结构标题 title	Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus
关键词 keywords	caseinolytic protease, ClpP, serin-protease, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qwd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qwd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qwd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.52 Å
Rg（电子密度）	40.56 Å
总 Rg	41.02 Å
原子数	19934
残基数	2589
排除体积	356790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3qwd__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3qwd__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3qwd__assembly_3__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	22578.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	20404

MNLIPTVIETTNRGERAYDIYSRLLKDRIIMLGSQIDDNVANSIVSQLLFLQAQDSEKDIYLYINSPGGSVTAGFAIYDTIQHIKPDVQTICIGMAASMGSFLLAAGAKGKRFALPNAEVMIHQPLGGAQGQATEIEIAANHILKTREKLNRILSERTGQSIEKIQKDTDRDNFLTAEEAKEYGLIDEVMVPETKWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	93061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	293

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_id	d3qwda_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3qwdd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwde_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdh1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3qwdi1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3qwdj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdm_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d3qwdn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	3qwdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwdN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	172.048 Å
晶胞边长 b length_b	177.974 Å
晶胞边长 c length_c	100.278 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	88.990 Å
R 因子 r_factor	0.2086
R_work r_work	0.2076
R_free r_free	0.2261

Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qwd__assembly_1__model_1

3qwd__assembly_1__model_1 | I(q)

3qwd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qwd__assembly_1__model_1

3qwd__assembly_1__model_1 | I(q)

3qwd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)