SAXSdb — 3qwl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TBC1 domain family member 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–293	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG-1500, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS. 1:10 dispase-1 added in situ., pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；Selenomethionyl derivative protein. 30% PEG-1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES. 1:10 dispase-1 added in situ., pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QWL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Z6Y Structure of the TBC1D7-TSC1 complex 提交 2015-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–293（273 aa）片段：UNP RESIDUES 21-293 链 E 21–293（273 aa）片段：UNP RESIDUES 21-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；8% PEG 6000, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M HEPES, pH7.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.255
4Z6Y Structure of the TBC1D7-TSC1 complex 提交 2015-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–293（273 aa）片段：UNP RESIDUES 21-293 链 G 21–293（273 aa）片段：UNP RESIDUES 21-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；8% PEG 6000, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M HEPES, pH7.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.255
5EJC Crystal structural of the TSC1-TBC1D7 complex 提交 2015-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–293（276 aa）片段：UNP residues 18-293	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200 mM NaCl, 20mM CaCl2 and 15% PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.239
5EJC Crystal structural of the TSC1-TBC1D7 complex 提交 2015-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 18–293（276 aa）片段：UNP residues 18-293	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200 mM NaCl, 20mM CaCl2 and 15% PEG-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.239
7DL2 Cryo-EM structure of human TSC complex 提交 2020-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 21–287（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9CE3 Structure of the TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex 提交 2024-06-26	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–293（293 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 250 mM NaCl, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBCD7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–294； UniProt 1–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qwl
沉积日期 deposition_date	2011-02-28
结构标题 title	Crystal structure of human TBC1 domain family member 7
关键词 keywords	Rab GTPase activation, structural genomics consortium, TBC domain, SGC, HYDROLASE ACTIVATOR; HYDROLASE ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TBC1 domain family member 7
分子量 formula_weight	34076.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2195

GMTEDSQRNFRSVYYEKVGFRGVEEKKSLEILLKDDRLDTEKLCTFSQRFPLPSMYRALVWKVLLGILPPHHESHAKVMMYRKEQYLDVLHALKVVRFVSDATPQAEVYLRMYQLESGKLPRSPSFPLEPDDEVFLAIAKAMEEMVEDSVDCYWITRRFVNQLNTKYRDSLPQLPKAFEQYLNLEDGRLLTHLRMCSAAPKLPYDLWFKRCFAGCLPESSLQRVWDKVVSGSCKILVFVAVEILLTFKIKVMALNSAEKITKFLENIPQDSSDAIVSKAIDLWHKHCGTPVHSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3qwlA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 1

结构域编号 domain_id	3qwlA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 2

结构域编号 domain_id	3qwlA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.574 Å
晶胞边长 b length_b	83.984 Å
晶胞边长 c length_c	87.684 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2112
R_free r_free	0.2585

Crystal structure of human TBC1 domain family member 7