SAXSdb — 3r7n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-2 subunit p18

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 175–333 链 B； UniProt 349–452	未记录	Peptide Inhibitor (ACE)DVAD-CHO × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.33 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 175–333 链 D； UniProt 349–452	未记录	Peptide Inhibitor (ACE)DVAD-CHO × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.33 Å R-free 0.227
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 175–333 链 B； UniProt 349–452 链 C； UniProt 175–333 链 D； UniProt 349–452	未记录	Peptide Inhibitor (ACE)DVAD-CHO × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.33 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3R7N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PYO Crystal Structure of Human Caspase-2 in Complex with Acetyl-Leu-Asp-Glu-Ser-Asp-cho 提交 2003-07-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 167–333（167 aa）片段：subunit p18, sequence database residues 151-316 链 B 348–452（105 aa）片段：subunit p12, sequence database residues 331-435 链 C 167–333（167 aa）片段：subunit p18, sequence database residues 151-316 链 D 348–452（105 aa）片段：subunit p12, sequence database residues 331-435	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG 6000, MOPS, DTT, SUCROSE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.213
2P2C Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein (DARPin) 提交 2007-03-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 B 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452 链 C 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 D 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；17% PEG 5000-MME, 0.1 M Tris-HOAc, 0.1 M KSCN, 30% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.24 Å R-free 0.305
2P2C Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein (DARPin) 提交 2007-03-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 F 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452 链 G 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 H 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；17% PEG 5000-MME, 0.1 M Tris-HOAc, 0.1 M KSCN, 30% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.24 Å R-free 0.305
2P2C Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein (DARPin) 提交 2007-03-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 J 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452 链 K 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 L 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；17% PEG 5000-MME, 0.1 M Tris-HOAc, 0.1 M KSCN, 30% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.24 Å R-free 0.305
3R5J Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-ADVAD-CHO 提交 2011-03-18	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
3R5J Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-ADVAD-CHO 提交 2011-03-18	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
3R5J Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-ADVAD-CHO 提交 2011-03-18	结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
3R6G Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.210
3R6G Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.210
3R6G Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.210
3R6L Caspase-2 T380A bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	突变：T380A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
3R6L Caspase-2 T380A bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	突变：T380A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
3R6L Caspase-2 T380A bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	突变：T380A 突变：T380A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
3R7B Caspase-2 bound to one copy of Ac-DVAD-CHO 提交 2011-03-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES (pH 7.0), 15% PEG 3350, 3mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
3R7S Crystal Structure of Apo Caspase2 提交 2011-03-22	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 B 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
3R7S Crystal Structure of Apo Caspase2 提交 2011-03-22	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 D 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
3R7S Crystal Structure of Apo Caspase2 提交 2011-03-22	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 B 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452 链 C 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 D 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
3RJM CASPASE2 IN COMPLEX WITH CHDI LIGAND 33c 提交 2011-04-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 B 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452 链 C 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 D 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；26% PEG 3500, 100MM MES PH 6.5 - PH 7.0, SITTING DROP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6S9K Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 peptide containing 14-3-3 binding motif Ser139 and NLS 提交 2019-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 135–168（34 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；PEG 400, calcium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
6SAD Structure of 14-3-3 gamma in complex with double phosphorylated caspase-2 peptide on Ser139 and Ser164 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 135–168（34 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 2.75 Å R-free 0.271
8VP4 Crystal Structure of JF1cpCasp2 with Peptide Inhibitor AcVDVAD-CHO 提交 2024-01-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 334–448（115 aa）链 A 176–333（158 aa）链 B 334–448（115 aa）链 B 176–333（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M Sodium chloride, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.51 Å R-free 0.214
9C2Y Crystal Structure of JF1cpCasp2 in complex with MUR-65 提交 2024-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 334–448（115 aa）链 A 177–333（157 aa）链 B 334–448（115 aa）链 B 177–333（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M Sodium chloride, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.248
9C2Y Crystal Structure of JF1cpCasp2 in complex with MUR-65 提交 2024-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 334–448（115 aa）链 C 177–333（157 aa）链 D 334–448（115 aa）链 D 177–333（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M Sodium chloride, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.248

共 12 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–160； UniProt 175–333 作者链 C； PDB构建体 2–160； UniProt 175–333 作者链 B； PDB构建体 1–104； UniProt 349–452 作者链 D； PDB构建体 1–104； UniProt 349–452

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3r7n
沉积日期 deposition_date	2011-03-22
结构标题 title	Caspase-2 bound with two copies of Ac-DVAD-CHO
关键词 keywords	hydrolase, apoptosis, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.42 Å
零角强度 I(0) i0	57993100.00
分子量 molecular_weight	58064.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72115 Å³
包络体积 envelope_volume	83762 Å³
水化壳体积 shell_volume	29826 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.38 Å
包络 Rg envelope_rg	22.66 Å
形状 Rg shape_rg	22.45 Å
总 Rg total_rg	23.20 Å
总原子数 total_atoms	4065
残基数 n_residues	515
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9018
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-2 subunit p18
分子量 formula_weight	18093.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4280

MQVKPCTPEFYQTHFQLAYRLQSRPRGLALVLSNVHFTGEKELEFRSGGDVDHSTLVTLFKLLGYDVHVLCDQTAQEMQEKLQNFAQLPAHRVTDSCIVALLSHGVEGAIYGVDGKLLQLQEVFQLFDNANCPSLQNKPKMFFIQACRGDETDRGVDQQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Caspase-2 subunit p12
分子量 formula_weight	12921.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GKEKLPKMRLPTRSDMICGYACLKGTAAMRNTKRGSWYIEALAQVFSERACDMHVADMLVKVNALIKDREGYAPGTEFHRCKEMSEYCSTLCRHLYLFPGHPPTLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Peptide Inhibitor (ACE)DVAD-CHO
分子量 formula_weight	428.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,E

XDVAD

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3r7nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3r7nB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	3r7nC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3r7nD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.876 Å
晶胞边长 b length_b	96.856 Å
晶胞边长 c length_c	98.142 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1752
R_work r_work	0.1724
R_free r_free	0.2272

fit	/app/data/saxs_computation/r7/3r7n/3r7n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r7/3r7n/3r7n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r7/3r7n/3r7n.dat

Caspase-2 bound with two copies of Ac-DVAD-CHO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-2 subunit p18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)