SAXSdb — 3r8j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme-binding protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–205	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；KH2PO4 0.8M, NaH2PO4 0.8M, HEPES 0.08M, 1-butyl-3-methylimidazolium chloride 0.2M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–205	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；KH2PO4 0.8M, NaH2PO4 0.8M, HEPES 0.08M, 1-butyl-3-methylimidazolium chloride 0.2M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3R8J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3R85 Crystal structure of human SOUL BH3 domain in complex with Bcl-xL 提交 2011-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 147–172（26 aa）片段：residues 147 to 172	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium sulphate, 15% PEG 6000, 0.3M 1-butyl-3-methylimidazolium 2-(2-methoxyethoxy)ethyl sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
3R85 Crystal structure of human SOUL BH3 domain in complex with Bcl-xL 提交 2011-03-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 147–172（26 aa）片段：residues 147 to 172	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium sulphate, 15% PEG 6000, 0.3M 1-butyl-3-methylimidazolium 2-(2-methoxyethoxy)ethyl sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
3R85 Crystal structure of human SOUL BH3 domain in complex with Bcl-xL 提交 2011-03-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 147–172（26 aa）片段：residues 147 to 172	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium sulphate, 15% PEG 6000, 0.3M 1-butyl-3-methylimidazolium 2-(2-methoxyethoxy)ethyl sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
3R85 Crystal structure of human SOUL BH3 domain in complex with Bcl-xL 提交 2011-03-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 147–172（26 aa）片段：residues 147 to 172	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium sulphate, 15% PEG 6000, 0.3M 1-butyl-3-methylimidazolium 2-(2-methoxyethoxy)ethyl sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
3R8K Crystal structure of human SOUL protein (hexagonal form) 提交 2011-03-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl, 0.2M 1-butyl-3-methylimidazolium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
3R8K Crystal structure of human SOUL protein (hexagonal form) 提交 2011-03-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl, 0.2M 1-butyl-3-methylimidazolium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
3R8K Crystal structure of human SOUL protein (hexagonal form) 提交 2011-03-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl, 0.2M 1-butyl-3-methylimidazolium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
3R8K Crystal structure of human SOUL protein (hexagonal form) 提交 2011-03-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl, 0.2M 1-butyl-3-methylimidazolium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
4AYZ X-ray Structure of human SOUL 提交 2012-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；1.8 M NA/K PHOSPHATE BUFFER 5.6	分辨率 3.50 Å R-free 0.270
4B0Y Determination of X-ray Structure of human SOUL by Molecular Replacement 提交 2012-07-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M MES 6.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
5GQQ Structure of ALG-2/HEBP2 Complex 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–197（178 aa）片段：UNP RESIDUES 20-197 链 B 20–197（178 aa）片段：UNP RESIDUES 20-197	未记录	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 2 M NaCl, pH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.225

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEBP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–208； UniProt 2–205 作者链 B； PDB构建体 5–208； UniProt 2–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3r8j
沉积日期 deposition_date	2011-03-24
结构标题 title	Crystal structure of human SOUL protein (orthorhombic form)
关键词 keywords	HEBP family, SOUL protein, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.99 Å
零角强度 I(0) i0	28257600.00
分子量 molecular_weight	40614.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50741 Å³
包络体积 envelope_volume	62488 Å³
水化壳体积 shell_volume	23180 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.27 Å
包络 Rg envelope_rg	23.33 Å
形状 Rg shape_rg	22.99 Å
总 Rg total_rg	23.78 Å
总原子数 total_atoms	2867
残基数 n_residues	360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.181
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7876000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heme-binding protein 2
分子量 formula_weight	23663.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3373

MRGSAEPLQPDPGAAEDAAAQAVETPGWKAPEDAGPQPGSYEIRHYGPAKWVSTSVESMDWDSAIQTGFTKLNSYIQGKNEKEMKIKMTAPVTSYVEPGSGPFSESTITISLYIPSEQQFDPPRPLESDVFIEDRAEMTVFVRSFDGFSSAQKNQEQLLTLASILREDGKVFDEKVYYTAGYNSPVKLLNRNNEVWLIQKNEPTKENELVPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	394

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3r8ja_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3r8jb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3r8jA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	3r8jB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.720 Å
晶胞边长 b length_b	114.660 Å
晶胞边长 c length_c	67.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	24.866 Å
R 因子 r_factor	0.1761
R_work r_work	0.1749
R_free r_free	0.1967

fit	/app/data/saxs_computation/r8/3r8j/3r8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r8/3r8j/3r8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r8/3r8j/3r8j.dat

Crystal structure of human SOUL protein (orthorhombic form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction