3rg2

Structure of a two-domain NRPS fusion protein containing the EntE adenylation domain and EntB aryl-carrier protein from enterobactin biosynthesis

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 9	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 7	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 4	与蛋白数一致
5	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 B； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 C； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 D； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 E； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 F； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 G； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 H； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 I； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536 作者链 J； PDB构建体 3–538； UniProt 1–536

Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)

Escherichia coli

UniProt Q1REW7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 9	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 7	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 4	与蛋白数一致
5	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine × 2 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2 IODIDE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1REW7_ECOUT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 B； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 C； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 D； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 E； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 F； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 G； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 H； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 I； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285 作者链 J； PDB构建体 543–617； UniProt 211–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rg2
沉积日期 deposition_date	2011-04-07
结构标题 title	Structure of a two-domain NRPS fusion protein containing the EntE adenylation domain and EntB aryl-carrier protein from enterobactin biosynthesis
关键词 keywords	;Adenylate-forming enzymes, ANL Superfamily, Non-ribosomal peptide synthetase carrier protein Function, NRPS adenylation domain acyl carrier protein, 4'phosphopantetheinylation 4'PP cofactor, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rg2__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rg2__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rg2__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.04 Å
Rg（电子密度）	35.48 Å
总 Rg	35.69 Å
原子数	9015
残基数	1212
排除体积	159040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rg2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rg2__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3rg2__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3rg2__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3rg2__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)
分子量 formula_weight	68329.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.58, 2.3.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	45112

GHMSIPFTRWPEEFARRYREKGYWQDLPLTDILTRHAASDSIAVIDGERQLSYRELNQAADNLACSLRRQGIKPGETALVQLGNVAELYITFFALLKLGVAPVLALFSHQRSELNAYASQIEPALLIADRQHALFSGDDFLNTFVTEHSSIRVVQLLNDSGEHNLQDAINHPAEDFTATPSPADEVAYFQLSGGTTGTPKLIPRTHNDYYYSVRRSVEICQFTQQTRYLCAIPAAHNYAMSSPGSLGVFLAGGTVVLAADPSATLCFPLIEKHQVNVTALVPPAVSLWLQALIEGESRAQLASLKLLQVGGARLSATLAARIPAEIGCQLQQVFGMAEGLVNYTRLDDSAEKIIHTQGYPMCPDDEVWVADAEGNPLPQGEVGRLMTRGPYTFRGYYKSPQHNASAFDANGFYCSGDLISIDPEGYITVQGREKDQINRGGEKIAAEEIENLLLRHPAVIYAALVSMEDELMGEKSCAYLVVKEPLRAVQVRRFLREQGIAEFKLPDRVECVDSLPLTAVGKVDKKQLRQWLASRASAGRASIPASKAALREVILPLLDESDEPFDDDNLIDYGLDSVRMMALAARWRKVHGDIDFVMLAKNPTIDAWWKLLSREVK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5'-deoxy-5'-({[2-(2-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine
分子量 formula_weight	450.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4'-PHOSPHOPANTETHEINE
分子量 formula_weight	358.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id	3rg2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2G03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2H03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2I02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2I03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

结构域编号 domain_id	3rg2J01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2J02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg2J03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

▶

晶胞边长 a length_a	160.575 Å
晶胞边长 b length_b	101.771 Å
晶胞边长 c length_c	240.678 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.269 Å
R 因子 r_factor	0.2203
R_work r_work	0.2179
R_free r_free	0.2639

Structure of a two-domain NRPS fusion protein containing the EntE adenylation domain and EntB aryl-carrier protein from enterobactin biosynthesis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rg2__assembly_4__model_1

3rg2__assembly_4__model_1 | I(q)

3rg2__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a two-domain NRPS fusion protein containing the EntE adenylation domain and EntB aryl-carrier protein from enterobactin biosynthesis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enterobactin synthase component E (entE), 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate synthetase, isochroismatase (Entb)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rg2__assembly_4__model_1

3rg2__assembly_4__model_1 | I(q)

3rg2__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)