8k5t

The structure of EntE with2-methyl-3-chloro-benzoic acid sulfamoyl adenosine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k5t
沉积日期 deposition_date	2023-07-24
结构标题 title	The structure of EntE with2-methyl-3-chloro-benzoic acid sulfamoyl adenosine
关键词 keywords	Adenylation, ATP binding, Nonribosomal peptide synthetase, Biosynthesis, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.93 Å
零角强度 I(0) i0	204490000.00
分子量 molecular_weight	116420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	145450 Å³
包络体积 envelope_volume	190290 Å³
水化壳体积 shell_volume	40005 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.45 Å
包络 Rg envelope_rg	40.73 Å
形状 Rg shape_rg	41.96 Å
总 Rg total_rg	41.96 Å
总原子数 total_atoms	8204
残基数 n_residues	1045
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.6 Å
Rg (实空间) rg_real	42.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	204400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5110
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.896
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.410; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.662; Smooth: 0.608

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Enterobactin synthase component E
分子量 formula_weight	61333.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.14,6.2.1.71
突变 mutation	N235G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8263

MSIPFTRWPEEFARRYREKGYWQDLPLTDILTRHAASDSIAVIDGERQLSYRELNQAADNLACSLRRQGIKPGETALVQLGNVAELYITFFALLKLGVAPVLALFSHQRSELNAYASQIEPALLIADRQHALFSGDDFLNTFVTEHSSIRVVQLLNDSGEHNLQDAINHPAEDFTATPSPADEVAYFQLSGGTTGTPKLIPRTHNDYYYSVRRSVEICQFTQQTRYLCAIPAAHGYAMSSPGSLGVFLAGGTVVLAADPSATLCFPLIEKHQVNVTALVPPAVSLWLQALIEGESRAQLASLKLLQVGGARLSATLAARIPAEIGCQLQQVFGMAEGLVNYTRLDDSAEKIIHTQGYPMCPDDEVWVADAEGNPLPQGEVGRLMTRGPYTFRGYYKSPQHNASAFDANGFYCSGDLISIDPEGYITVQGREKDQINRGGEKIAAEEIENLLLRHPAVIYAALVSMEDELMGEKSCAYLVVKEPLRAVQVRRFLREQGIAEFKLPDRVECVDSLPLTAVGKVDKKQLRQWLASRASATNSSSVDKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-(3-chloranyl-2-methyl-phenyl)carbonylsulfamate ;
分子量 formula_weight	498.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.971 Å
晶胞边长 b length_b	56.866 Å
晶胞边长 c length_c	171.888 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.650 Å
R 因子 r_factor	0.2064
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2464

fit	/app/data/saxs_computation/k5/8k5t/8k5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k5/8k5t/8k5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k5/8k5t/8k5t.dat

The structure of EntE with2-methyl-3-chloro-benzoic acid sulfamoyl adenosine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction