Pyrococcus horikoshii
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| 2 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| 3 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 2 | 无其他共同聚合物 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | ALAXS_PYRHO |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 A； PDB构建体 61–154； UniProt 61–154 作者链 B； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 B； PDB构建体 61–154； UniProt 61–154 |
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| 条目编号 entry_id | 3rhu |
| 沉积日期 deposition_date | 2011-04-12 |
| 结构标题 title | Epitope backbone grafting by computational design for improved presentation of linear epitopes on scaffold proteins |
| 关键词 keywords | protein grafting, flexible backbone design, epitope-scaffold, HIV, immunogen design, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 16.00 Å |
| Rg（电子密度） | 14.99 Å |
| 总 Rg | 16.22 Å |
| 原子数 | 1114 |
| 残基数 | 141 |
| 排除体积 | 20150 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d3rhua_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.67 — RRF/tRNA synthetase additional domain-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.67.1 — ThrRS/AlaRS common domain |
| 家族 Family family | d.67.1.2 — AlaX-like |
| 结构域编号 domain_id | d3rhub_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.67 — RRF/tRNA synthetase additional domain-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.67.1 — ThrRS/AlaRS common domain |
| 家族 Family family | d.67.1.2 — AlaX-like |
| 结构域编号 domain_id | 3rhuA01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 980 — Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 |
| 结构域编号 domain_id | 3rhuA02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 54 — Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 20 — |
| 结构域编号 domain_id | 3rhuB01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 980 — Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 |
| 结构域编号 domain_id | 3rhuB02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 54 — Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 20 — |