3ro4

X-ray Structure of Ketohexokinase in complex with an indazole compound derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ketohexokinase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 5–298 链 B； UniProt 5–298	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 LJ9 3-ethyl-6-[(3aR,6aS)-hexahydropyrrolo[3,4-c]pyrrol-2(1H)-yl]-1-phenyl-1H-indazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RO4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HLZ Crystal Structure of human ketohexokinase 提交 2006-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）链 C 5–298（294 aa）链 D 5–298（294 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291 K；17% PEG8000, 5mM Cobalt Chloride, 200mM ammonium sulfate, 100mM NaCitrate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.249
2HQQ Crystal structure of human ketohexokinase complexed to different sugar molecules 提交 2006-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–298（298 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；0.7M ammonium sulphate, 0.5M lithium sulphate, 0.1M sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.234
2HW1 Crystal structure of human ketohexokinase complexed to different sugar molecules 提交 2006-07-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–298（298 aa）	未记录	FRU beta-D-fructofuranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；0.7M ammonium sulphate, 0.5M lithium sulphate, 0.1M sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
3B3L Crystal structures of alternatively-spliced isoforms of human ketohexokinase 提交 2007-10-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–298（298 aa）链 B 1–298（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；291 K；20% PEG 3000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
3B3L Crystal structures of alternatively-spliced isoforms of human ketohexokinase 提交 2007-10-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–298（298 aa）链 D 1–298（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；291 K；20% PEG 3000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
5WBM Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening 提交 2017-06-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A4G [(3R)-1-(5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-3-yl]methanol × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5	分辨率 2.16 Å R-free 0.227
5WBO Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening 提交 2017-06-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1Y 4,6-dimethyl-2-(morpholin-4-yl)pyridine-3-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.223
5WBP Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening 提交 2017-06-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A2J 3-(trifluoromethyl)quinoxalin-2(1H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5	分辨率 2.74 Å R-free 0.229
5WBQ Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening 提交 2017-06-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A3J 2-ethyl-7-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpyrrolidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-6-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
5WBR Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening 提交 2017-06-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A3Y 6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-[(3S)-3-(hydroxymethyl)piperidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 5 CIT CITRIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5	分辨率 2.58 Å R-free 0.241
5WBZ Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening 提交 2017-06-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A4J 6-[(3S,4S)-3,4-dihydroxypyrrolidin-1-yl]-2-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpyrrolidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.214
6UL7 Structure of human ketohexokinase-C in complex with fructose, NO3, and osthole 提交 2019-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–298（298 aa）	未记录	FRU beta-D-fructofuranose × 2 A0O 7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one × 2 NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290.15 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, 1.3 M potassium nitrate, 100 mM magnesium chloride, 220 mM fructose, 3.8 mM osthole	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
6W0N Structure of KHK in complex with compound 2 提交 2020-03-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	RYS 6-[(3~{S},4~{R})-3,4-bis(oxidanyl)pyrrolidin-1-yl]-2-[(3~{S})-3-methyl-3-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；17% PEG 8000, 100 mM Na citrate, pH 4.5, and 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.41 Å R-free 0.204
6W0W Structure of KHK in complex with compound 3 提交 2020-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	RZA 6-[(3~{R},4~{S})-3,4-bis(oxidanyl)pyrrolidin-1-yl]-2-[(2~{S},3~{R})-2-methyl-3-oxidanyl-azetidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；17-20% PEG 8000, 100 mM sodium citrate, pH 4.4-4.7, and 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.216
6W0X Structure of KHK in complex with compound 4 (6-[(1~{S},5~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-2-[(2~{S},3~{R})-2-methyl-3-oxidanyl-azetidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile) 提交 2020-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	S6J 6-[(1~{S},5~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-2-[(2~{S},3~{R})-2-methyl-3-oxidanyl-azetidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；17-20% PEG8000, 100 mM sodium citrate, pH 4.4-4.7, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.38 Å R-free 0.206
6W0Y Structure of KHK in complex with compound 6 (2-[(1~{R},5~{S})-3-[5-cyano-6-[(2~{S},3~{R})-2-methyl-3-oxidanyl-azetidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]ethanoic acid) 提交 2020-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	S6S 2-[(1~{R},5~{S})-3-[5-cyano-6-[(2~{S},3~{R})-2-methyl-3-oxidanyl-azetidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；17-20% PEG8000, 100 mM sodium citrate, pH 4.4-4.7, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.54 Å R-free 0.205
6W0Z Structure of KHK in complex with compound 8 (2-[(1~{S},5~{R})-3-[2-[(2~{S})-2-methylazetidin-1-yl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]ethanoic acid) 提交 2020-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	S6D 2-[(1~{S},5~{R})-3-[2-[(2~{S})-2-methylazetidin-1-yl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；17-20% PEG8000, 100 mM sodium citrate, pH 4.4-4.7, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.195
8OME Crystal structure of hKHK-A in complex with compound-4 提交 2023-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–298（298 aa）链 D 1–298（298 aa）	未记录	VTJ compound × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；15 % PEG 3350, 0.1 M ammonium formate pH 4.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
8OME Crystal structure of hKHK-A in complex with compound-4 提交 2023-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–298（298 aa）链 C 1–298（298 aa）	未记录	VTJ compound × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；15 % PEG 3350, 0.1 M ammonium formate pH 4.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
8OMF Crystal structure of hKHK-C in complex with compound-4 提交 2023-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 VTJ compound × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；20% PEG 3350 and 0.1 mM BIS-TRIS Propane pH 7.5	分辨率 2.14 Å R-free 0.254
8OMJ hKHK-C in complex with compound 28 提交 2023-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	VTM [3-[[6-[(3~{a}~{R},6~{a}~{S})-2,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydro-1~{H}-pyrrolo[3,4-c]pyrrol-5-yl]-3-cyano-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino]-4-methylsulfanyl-phenyl]methoxy-methyl-phosphinic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；13% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 4.2	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
8OMK hKHK-C in complex with ADP & fructose 1-phosphate 提交 2023-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	F1X 1-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；2 M ammonium sulphate	分辨率 2.48 Å R-free 0.219
8UG1 Crystal structure of KHK-C and compound 13 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	WNH {(2R)-1-[(4M)-4-[1-(piperidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]azetidin-2-yl}methanol × 2 SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Polyethylene glycol 8,000, Ammonium Sulfate, tri-Sodium citrate	分辨率 1.99 Å R-free 0.205
8UG3 Crystal structure of KHK-C and compound 23 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	WRE 2-[(4P)-4-{2-[(2S)-2-methylazetidin-1-yl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}-1H-pyrazol-1-yl]-1-(piperazin-1-yl)ethan-1-one × 2 SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Polyethylene glycol 8,000, Ammonium Sulfate, tri-Sodium citrate	分辨率 2.02 Å R-free 0.216
9FHD hKHK-C in fomplex with BI-9787 提交 2024-05-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 A1ICK (2~{S})-3-[3-[[4-[bis(fluoranyl)methyl]-3-cyano-6-[(3~{S})-3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]pyridin-2-yl]amino]-4-methylsulfanyl-phenyl]-2-methyl-propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；13% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 4.2	分辨率 1.84 Å R-free 0.204
9FHE hKHK-C in complex with BI-9787 (pH 5.5) 提交 2024-05-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1ICK (2~{S})-3-[3-[[4-[bis(fluoranyl)methyl]-3-cyano-6-[(3~{S})-3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]pyridin-2-yl]amino]-4-methylsulfanyl-phenyl]-2-methyl-propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M ammonium acetate, 17% PEG 10,000, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5	分辨率 2.31 Å R-free 0.235
9Z28 KHK Bound to Compound 7 提交 2025-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1C0G 4-methyl-2-[(2S)-2-methylazetidin-1-yl]-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyrimidine × 2 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM NaCitrate pH 4.5, 200 mM Ammonium Sulfate, 10-15% PEG 8000	分辨率 2.15 Å R-free 0.225
9Z29 KHK Bound to Compound 9 提交 2025-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1C0I 4-{2-[(2S)-2-methylazetidin-1-yl]-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyrimidin-4-yl}benzamide × 2 FRU beta-D-fructofuranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM NaCitrate pH 4.5, 200 mM Ammonium Sulfate, 10-15% PEG 8000	分辨率 1.97 Å R-free 0.249
9Z2A KHK Bound to Compound 12 提交 2025-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1C0K (3M)-3-{2-[(2S)-2-methylazetidin-1-yl]-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyrimidin-4-yl}benzene-1-sulfonamide × 2 FRU beta-D-fructofuranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM NaCitrate pH 4.5, 200 mM Ammonium Sulfate, 10-15% PEG 8000	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
9Z2B KHK Bound to Compound 18 提交 2025-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1C0J (2S,3R)-1-{4-[4-(3-aminooxetan-3-yl)phenyl]-7,7-difluoro-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyrimidin-2-yl}-2-methylazetidin-3-ol × 2 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM NaCitrate pH 4.5, 200 mM Ammonium Sulfate, 10-15% PEG 8000	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
9Z2C KHK Bound to GS-1291269 提交 2025-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–298（294 aa）链 B 5–298（294 aa）	未记录	A1C0H 3-amino-3-(4-{7,7-difluoro-2-[(2R)-2-(trifluoromethyl)azetidin-1-yl]-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyrimidin-4-yl}phenyl)-1lambda~6~-thietane-1,1-dione × 2 FRU beta-D-fructofuranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM NaCitrate pH 4.5, 200 mM Ammonium Sulfate, 10-15% PEG 8000	分辨率 2.02 Å R-free 0.231

共 29 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KHK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–313； UniProt 5–298 作者链 B； PDB构建体 20–313； UniProt 5–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ro4
沉积日期 deposition_date	2011-04-25
结构标题 title	X-ray Structure of Ketohexokinase in complex with an indazole compound derivative
关键词 keywords	kinase, ATP Binding, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.58 Å
零角强度 I(0) i0	70352900.00
分子量 molecular_weight	64274.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79823 Å³
包络体积 envelope_volume	100520 Å³
水化壳体积 shell_volume	30089 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.08 Å
包络 Rg envelope_rg	29.37 Å
形状 Rg shape_rg	29.60 Å
总 Rg total_rg	30.00 Å
总原子数 total_atoms	4515
残基数 n_residues	587
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8336
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.448
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.725; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.854; Smooth: 0.802

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ketohexokinase
分子量 formula_weight	34076.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4545

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSQILCVGLVVLDVISLVDKYPKEDSEIRCLSQRWQRGGNASNSCTVLSLLGAPCAFMGSMAPGHVADFLVADFRRRGVDVSQVAWQSKGDTPSSCCIINNSNGNRTIVLHDTSLPDVSATDFEKVDLTQFKWIHIEGRNASEQVKMLQRIDAHNTRQPPEQKIRVSVEVEKPREELFQLFGYGDVVFVSKDVAKHLGFQSAEEALRGLYGRVRKGAVLVCAWAEEGADALGPDGKLLHSDAFPPPRVVDTLGAGDTFNASVIFSLSQGRSVQEALRFGCQVAGKKCGLQGFDGIV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-ethyl-6-[(3aR,6aS)-hexahydropyrrolo[3,4-c]pyrrol-2(1H)-yl]-1-phenyl-1H-indazole
分子量 formula_weight	332.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3ro4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	3ro4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.610 Å
晶胞边长 b length_b	86.034 Å
晶胞边长 c length_c	139.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.194 Å
R 因子 r_factor	0.2608
R_work r_work	0.2582
R_free r_free	0.2970

fit	/app/data/saxs_computation/ro/3ro4/3ro4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ro/3ro4/3ro4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ro/3ro4/3ro4.dat