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3rrc

Crystal Structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Duffy receptor

Plasmodium vivax

UniProt P22290

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 211–525 链 B； UniProt 211–525 片段：Region II (UNP residues 211-525) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；0.1 M ammonium phosphate, 23% polyethylene glycol 3350, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3RRC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4NUU Heterotrimer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 211–525（315 aa） 片段：unp residues 211-525
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 1.95 Å R-free 0.202
4NUU Heterotrimer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 211–525（315 aa） 片段：unp residues 211-525
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 1.95 Å R-free 0.202
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 211–525（315 aa） 片段：unp residues 211-525
链 B 211–525（315 aa） 片段：unp residues 211-525
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 211–525（315 aa） 片段：unp residues 211-525
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 211–525（315 aa） 片段：unp residues 211-525
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4YFS Structure of the synthetic Duffy Binding Protein (DBP) antigen DEKnull relevant for malaria vaccine design 提交 2015-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 198–521（324 aa） 片段：UNP RESIDUES 198-521
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M di-sodium tartrate, 20% PEG 3350, and microseeded into 0.2 M lithium chloride, 20% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.259
5F3J Crystal structure of DBP in complex with inhibitory monoclonal antibody 2D10 提交 2015-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 211–525（315 aa） 片段：UNP residues 211-525
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；1% w/v tryptone, 50 mM HEPES sodium salt pH 7.0, 12% w/v PEG 3,350
分辨率 4.00 Å R-free 0.300
5F3J Crystal structure of DBP in complex with inhibitory monoclonal antibody 2D10 提交 2015-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 211–525（315 aa） 片段：UNP residues 211-525
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；1% w/v tryptone, 50 mM HEPES sodium salt pH 7.0, 12% w/v PEG 3,350
分辨率 4.00 Å R-free 0.300
6R2S The structure of Plasmodium vivax Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9 提交 2019-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 211–508（298 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；45 % v/v polypropylene glycol 400, 10% v/v ethanol
分辨率 3.04 Å R-free 0.238
9EZE Structure of subdomain 3 of the Plasmodium vivx Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9 提交 2024-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 211–508（298 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000
分辨率 1.55 Å R-free 0.223
9EZE Structure of subdomain 3 of the Plasmodium vivx Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9 提交 2024-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 211–508（298 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000
分辨率 1.55 Å R-free 0.223

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PVDR_PLAVS
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–317； UniProt 211–525 作者链 B； PDB构建体 3–317； UniProt 211–525

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rrc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rrc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rrc
沉积日期 deposition_date2011-04-29
结构标题 titleCrystal Structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein
关键词 keywordsDuffy Binding Like, Receptor Recognition, Duffy Antigen Receptor for Chemokines, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.31 Å
零角强度 I(0) i073255600.00
分子量 molecular_weight66915.0 kDa
排除体积 excluded_volume83399 ų
包络体积 envelope_volume107710 ų
水化壳体积 shell_volume29204 ų
包络直径 envelope_diameter153.2 Å
壳层 Rg shell_rg35.58 Å
包络 Rg envelope_rg35.99 Å
形状 Rg shape_rg35.25 Å
总 Rg total_rg35.52 Å
总原子数 total_atoms9338
残基数 n_residues555
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.6 Å
Rg (实空间) rg_real31.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real6.9650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.5280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73230000.0000
解质量估计 total_estimate0.6620
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.4 Å
偏度 Skewness skewness0.453
峰度 Kurtosis kurtosis-0.592
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.2320
最高正则化参数 α highest_alpha8993000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.004; Oscil: 0.926; Stabil: 0.986; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.874; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3rrca1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.264 — Duffy binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.264.1 — Duffy binding domain-like
家族 Family familya.264.1.1 — Duffy binding domain
结构域编号 domain_idd3rrca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3rrcb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.264 — Duffy binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.264.1 — Duffy binding domain-like
家族 Family familya.264.1.1 — Duffy binding domain
结构域编号 domain_idd3rrcb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3rrcA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Duffy-antigen binding domain
结构域编号 domain_id3rrcA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily830 —
结构域编号 domain_id3rrcB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Duffy-antigen binding domain
结构域编号 domain_id3rrcB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily830 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)