SAXSdb — 3rrm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase DBP5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P20449

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 91–482	片段：unp residues 91-482 突变：L327V	Nucleoporin GLE1 × 1 （Q12315） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RRM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KBE solution structure of amino-terminal domain of Dbp5p 提交 2008-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 71–296（226 aa）片段：amino-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 20 mM MES, 100 mM potassium acetate, 0.6 mM [U-13C; U-15N] Dbp5p, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KBF solution structure of carboxyl-terminal domain of Dbp5p 提交 2008-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 296–482（187 aa）片段：residues 296-482	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM MES, 100 mM potassium acetate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3GFP Structure of the C-terminal domain of the DEAD-box protein Dbp5 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 296–482（187 aa）片段：Helicase C-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；2M Na/K HPO4, 100mM Na cacodylate pH 6.5, 8% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
3PEU S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 H337R and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 297–482（186 aa）片段：Dbp5-CTD	突变：L327V,H337R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaOAc, 200mM LiS04, 10 mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.213
3PEU S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 H337R and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 297–482（186 aa）片段：Dbp5-CTD	突变：L327V,H337R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaOAc, 200mM LiS04, 10 mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.213
3PEV S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 297–482（186 aa）片段：Dbp5-CTD	突变：L327V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.8, 200mM LiS04, 10mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
3PEV S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 297–482（186 aa）片段：Dbp5-CTD	突变：L327V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.8, 200mM LiS04, 10mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
3PEW S. cerevisiae Dbp5 L327V bound to RNA and ADP BeF3 提交 2010-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 91–482（392 aa）	突变：L327V	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM MgNO3, 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5 mM MgCl2, 1 mM ADP, 3 mM BeCl2, 15 mM NaF, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.50 Å R-free 0.189
3PEY S. cerevisiae Dbp5 bound to RNA and ADP BeF3 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 91–482（392 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM MgNO3, 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5 mM MgCl2, 1 mM ADP, 3 mM BeCl2, 15 mM NaF, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.40 Å R-free 0.179
3RRN S. cerevisiae dbp5 l327v bound to gle1 h337r and ip6 提交 2011-04-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 91–482（392 aa）片段：unp residues 91-482	突变：L327V	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；30% PEG 300, 100mM MES, 2% MPD, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 0.5 mM ADP, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.239

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DBP5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–395； UniProt 91–482

Nucleoporin GLE1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12315

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 244–538	片段：unp residues 244-538 突变：H337R	ATP-dependent RNA helicase DBP5 × 1 （P20449） Nucleoporin NUP159 × 1 （P40477） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RRM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PEU S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 H337R and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 244–538（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaOAc, 200mM LiS04, 10 mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.213
3PEU S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 H337R and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 244–538（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaOAc, 200mM LiS04, 10 mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.213
3PEV S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 244–538（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.8, 200mM LiS04, 10mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
3PEV S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 and IP6 提交 2010-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 244–538（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.8, 200mM LiS04, 10mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
3RRN S. cerevisiae dbp5 l327v bound to gle1 h337r and ip6 提交 2011-04-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 244–538（295 aa）片段：unp residues 244-538	突变：H337R	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；30% PEG 300, 100mM MES, 2% MPD, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 0.5 mM ADP, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.239
6B4E Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Gle1 CTD-Nup42 GBM complex 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 243–538（296 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M HEPES pH 8.2, 11 % (w/v/) PEG 3350, 0.2 M L-Proline	分辨率 1.75 Å R-free 0.211
6B4E Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Gle1 CTD-Nup42 GBM complex 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 243–538（296 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M HEPES pH 8.2, 11 % (w/v/) PEG 3350, 0.2 M L-Proline	分辨率 1.75 Å R-free 0.211

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLE1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–297； UniProt 244–538

Nucleoporin NUP159

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40477

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–387	片段：unp residues 2-387	ATP-dependent RNA helicase DBP5 × 1 （P20449） Nucleoporin GLE1 × 1 （Q12315） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RRM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XIP Crystal Structure of the N-terminal Domain of Nup159 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–387（386 aa）片段：N-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；292 K；PEG3350, ammonium acetate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3PBP Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex 提交 2010-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1425–1460（36 aa）片段：Tail, UNP residues 1425-1460	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
3TKN Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer 提交 2011-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1425–1460（36 aa）片段：UNP residues 1425-1460	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
4DS1 The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction 提交 2012-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1116–1126（11 aa）片段：UNP residues 1116-1126 链 D 1116–1126（11 aa）片段：UNP residues 1116-1126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.187
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 w 1–1460（1460 aa）链 x 1–1460（1460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU159_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–388； UniProt 2–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rrm
沉积日期 deposition_date	2011-04-29
结构标题 title	S. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp
关键词 keywords	RecA, DEAD-box, HEAT-repeat, beta-propeller, ATPase, Helicase, mRNA-export, Nuclear Pore, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.74 Å
零角强度 I(0) i0	207267000.00
分子量 molecular_weight	118350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	149030 Å³
包络体积 envelope_volume	191480 Å³
水化壳体积 shell_volume	44557 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.73 Å
包络 Rg envelope_rg	36.19 Å
形状 Rg shape_rg	36.76 Å
总 Rg total_rg	37.02 Å
总原子数 total_atoms	8323
残基数 n_residues	1040
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	207200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8505
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.833; Smooth: 0.844

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DBP5
分子量 formula_weight	44172.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
突变 mutation	L327V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8323

GAMAKSFDELGLAPELLKGIYAMKFQKPSKIQERALPLLLHNPPRNMIAQSQSGTGKTAAFSLTMLTRVNPEDASPQAICLAPSRELARQTLEVVQEMGKFTKITSQLIVPDSFEKNKQINAQVIVGTPGTVLDLMRRKLMQLQKIKIFVLDEADNMLDQQGLGDQCIRVKRFLPKDTQLVLFSATFADAVRQYAKKIVPNANTLELQTNEVNVDAIKQLYMDCKNEADKFDVLTELYGVMTIGSSIIFVATKKTANVLYGKLKSEGHEVSILHGDLQTQERDRLIDDFREGRSKVLITTNVLARGIDIPTVSMVVNYDLPTLANGQADPATYIHRIGRTGRFGRKGVAISFVHDKNSFNILSAIQKYFGDIEMTRVPTDDWDEVEKIVKKVLKD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoporin GLE1
分子量 formula_weight	34274.7 kDa
突变 mutation	H337R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GATNFDKISKMFWHYKDKIAQIKQDIVLPIKKADVNVRNLLSRHKRKINPKFGQLTNSNQQLFKIQNELTQLINDTKGDSLAYHWILNFIAKAVVRQAETEVRVKPESALPLGKLTLYLLVQFPELQELFMARLVKKCPFVIGFTCEIDTEKGRQNMGWKRNNENKWEDNTSYDERMGGILSLFAIITRLQLPQEFITTTSHPFPIALSWHILARICNTPLNLITNTHFVILGSWWDAAAVQFLQAYGNQASKLLILIGEELTSRMAEKKYVGAARLRILLEAWQNNNMESFPEMSP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP159
分子量 formula_weight	43037.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GASSLKDEVPTETSEDFGFKFLGQKQILPSFNEKLPFASLQNLDISNSKSLFVAASGSKAVVGELQLLRDHITSDSTPLTFKWEKEIPDVIFVCFHGDQVLVSTRNALYSLDLEELSEFRTVTSFEKPVFQLKNVNNTLVILNSVNDLSALDLRTKSTKQLAQNVTSFDVTNSQLAVLLKDRSFQSFAWRNGEMEKQFEFSLPSELEELPVEEYSPLSVTILSPQDFLAVFGNVISETDDEVSYDQKMYIIKHIDGSASFQETFDITPPFGQIVRFPYMYKVTLSGLIEPDANVNVLASSCSSEVSIWDSKQVIEPSQDSERAVLPISEETDKDTNPIGVAVDVVTSGTILEPCSGVDTIERLPLVYILNNEGSLQIVGLFHVAAIKS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3rrma1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3rrma2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3rrmc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.14 — Nucleoporin domain
家族 Family family	b.69.14.1 — Nucleoporin domain

结构域编号 domain_id	d3rrmc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3rrmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3rrmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3rrmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — GLE1-like

结构域编号 domain_id	3rrmC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	186.912 Å
晶胞边长 b length_b	67.982 Å
晶胞边长 c length_c	132.392 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.268 Å
R 因子 r_factor	0.2303
R_work r_work	0.2285
R_free r_free	0.2608

fit	/app/data/saxs_computation/rr/3rrm/3rrm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rr/3rrm/3rrm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rr/3rrm/3rrm.dat

S. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase DBP5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin GLE1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin NUP159

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)