SAXSdb — 3rx6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polarity suppression protein

Enterobacteria phage P4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–190	未记录	HG MERCURY (II) ION × 2 IOD IODIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；7.5% PEG 6000, 5% glycerol, 0.5mM DTT, 300mM NaCl, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.04 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RX6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4DVD Crystal structure of the disulphide linked knotted homodimer of Psu 提交 2012-02-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）	突变：C13S,C117S,T123C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；7.5%(w/v) PEG 6000, 5%(v/v) glycerol, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
8PEU Rho-ATPgS-Psu complex III 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 a 1–190（190 aa）链 b 1–190（190 aa）链 c 1–190（190 aa）链 d 1–190（190 aa）链 e 1–190（190 aa）链 f 1–190（190 aa）链 g 1–190（190 aa）链 h 1–190（190 aa）链 i 1–190（190 aa）链 j 1–190（190 aa）链 k 1–190（190 aa）链 l 1–190（190 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 10 MG MAGNESIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
8PEW Rho-ATPgS-Psu complex III expanded 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 a 1–190（190 aa）链 b 1–190（190 aa）链 c 1–190（190 aa）链 d 1–190（190 aa）链 e 1–190（190 aa）链 f 1–190（190 aa）链 g 1–190（190 aa）链 h 1–190（190 aa）链 i 1–190（190 aa）链 j 1–190（190 aa）链 k 1–190（190 aa）链 l 1–190（190 aa）链 m 1–190（190 aa）链 n 1–190（190 aa）链 o 1–190（190 aa）链 p 1–190（190 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 16 MG MAGNESIUM ION × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.30 Å
8PEX Rho P167L-ATPgS-Psu complex II 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 a 1–190（190 aa）链 b 1–190（190 aa）链 c 1–190（190 aa）链 d 1–190（190 aa）链 e 1–190（190 aa）链 f 1–190（190 aa）链 g 1–190（190 aa）链 h 1–190（190 aa）链 i 1–190（190 aa）链 j 1–190（190 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
8PEY Rho P167L-ATPgS-Psu complex II locked 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 a 1–190（190 aa）链 b 1–190（190 aa）链 c 1–190（190 aa）链 d 1–190（190 aa）链 e 1–190（190 aa）链 f 1–190（190 aa）链 g 1–190（190 aa）链 h 1–190（190 aa）链 i 1–190（190 aa）链 j 1–190（190 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
9GCS Rho-ATP-Psu complex II 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 c 1–190（190 aa）链 d 1–190（190 aa）链 e 1–190（190 aa）链 f 1–190（190 aa）链 g 1–190（190 aa）链 h 1–190（190 aa）链 i 1–190（190 aa）链 j 1–190（190 aa）链 k 1–190（190 aa）链 l 1–190（190 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9GCT Rho-ATP-Psu complex II expanded 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 a 1–190（190 aa）链 b 1–190（190 aa）链 c 1–190（190 aa）链 d 1–190（190 aa）链 e 1–190（190 aa）链 f 1–190（190 aa）链 g 1–190（190 aa）链 h 1–190（190 aa）链 i 1–190（190 aa）链 j 1–190（190 aa）链 k 1–190（190 aa）链 l 1–190（190 aa）链 o 1–190（190 aa）链 p 1–190（190 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 15 MG MAGNESIUM ION × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPSU_BPP4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rx6
沉积日期 deposition_date	2011-05-10
结构标题 title	Crystal structure of Polarity Suppression protein from Enterobacteria phage P4
关键词 keywords	;All alpha protein, transcription termination inhibitor, Rho binding, capsid decoration protein of bacteriophage P4, Transcription termination inhibition, Transcription terminator Rho helicase, Enterobacteria phage P4 capsid, Transcription Regulator ;; Transcription Regulator
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.89 Å
零角强度 I(0) i0	9531620.00
分子量 molecular_weight	21470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26185 Å³
包络体积 envelope_volume	38676 Å³
水化壳体积 shell_volume	14883 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.63 Å
包络 Rg envelope_rg	24.98 Å
形状 Rg shape_rg	24.94 Å
总 Rg total_rg	25.28 Å
总原子数 total_atoms	1488
残基数 n_residues	187
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9531000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7168
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.583
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.229
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	558200.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.295; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polarity suppression protein
分子量 formula_weight	21393.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1704

MESTALQQAFDTCQNNKAAWLQRKNELAAAEQEYLRLLSGEGRNVSRLDELRNIIEVRKWQVNQAAGRYIRSHEAVQHISIRDRLNDFMQQHGTALAAALAPELMGYSELTAIARNCAIQRATDALREALLSWLAKGEKINYSAQDSDILTTIGFRPDVASVDDSREKFTPAQNMIFSRKSAQLASRQSV

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10680
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	216

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3rx6A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Phage polarity suppression protein monomer

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	148.750 Å
晶胞边长 b length_b	148.750 Å
晶胞边长 c length_c	63.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.039 Å
最低分辨率 resolution_low	47.039 Å
R 因子 r_factor	0.1945
R_work r_work	0.1921
R_free r_free	0.2187

fit	/app/data/saxs_computation/rx/3rx6/3rx6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rx/3rx6/3rx6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rx/3rx6/3rx6.dat

Crystal structure of Polarity Suppression protein from Enterobacteria phage P4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polarity suppression protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction