SAXSdb — 3s04

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal peptidase I

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 76–324	片段：Periplasmic domain, UNP residues 76-323	Glyco-Arylomycin × 1 02U 14-methylhexadec-9-enoic acid × 1 RAM alpha-L-rhamnopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.265
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 76–324	片段：Periplasmic domain, UNP residues 76-323	Glyco-Arylomycin × 1 02U 14-methylhexadec-9-enoic acid × 1 RAM alpha-L-rhamnopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.265
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 76–324 链 B； UniProt 76–324	片段：Periplasmic domain, UNP residues 76-323	Glyco-Arylomycin × 2 02U 14-methylhexadec-9-enoic acid × 2 RAM alpha-L-rhamnopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3S04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B12 CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–324（248 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
1B12 CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 77–324（248 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
1B12 CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 77–324（248 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
1B12 CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 77–324（248 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
1KN9 CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM. 提交 2001-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–324（248 aa）片段：Residues 76-323, plus initiating methionine	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；295 K；ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
1KN9 CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM. 提交 2001-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 77–324（248 aa）片段：Residues 76-323, plus initiating methionine	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；295 K；ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
1KN9 CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM. 提交 2001-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 77–324（248 aa）片段：Residues 76-323, plus initiating methionine	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；295 K；ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
1KN9 CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM. 提交 2001-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 77–324（248 aa）片段：Residues 76-323, plus initiating methionine	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；295 K；ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
1T7D Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with a lipopeptide inhibitor 提交 2004-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 76–324（249 aa）片段：RESIDUES 76-324	未记录	M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.5% TRITON X-100, 15% PEG 4000, 20% PROPANOL, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.47 Å R-free 0.283
1T7D Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with a lipopeptide inhibitor 提交 2004-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 76–324（249 aa）片段：RESIDUES 76-324	未记录	M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.5% TRITON X-100, 15% PEG 4000, 20% PROPANOL, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.47 Å R-free 0.283
3IIQ Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor 提交 2009-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 77–324（248 aa）片段：UNP RESIDUES 76-323, PERIPLASMIC DOMAIN	未记录	JZA 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine × 1 TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2M NH4 FORMATE, 25% PEG 2000, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5, AND 5% TERTIARY-AMYL ALCOHOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3IIQ Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor 提交 2009-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–324（248 aa）片段：UNP RESIDUES 76-323, PERIPLASMIC DOMAIN	未记录	JZA 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine × 1 TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1 GOL GLYCEROL × 4 CCN ACETONITRILE × 2 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2M NH4 FORMATE, 25% PEG 2000, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5, AND 5% TERTIARY-AMYL ALCOHOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
6B88 E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide) 提交 2017-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–324（247 aa）	未记录	CZD (8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；292 K；30% PEG 300, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5	分辨率 2.41 Å R-free 0.265
6B88 E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide) 提交 2017-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–324（247 aa）	未记录	CZD (8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；292 K；30% PEG 300, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5	分辨率 2.41 Å R-free 0.265
9NLO Escherichia coli Signal Peptidase I Delta 2-76 P84A in complex with lipopeptide inhibitor 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–324（248 aa）	突变：P84A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294.15 K；25%v/v PEG 4000, 0.05M NH4OAC, 0.1M NaOAc pH 4.6, 0.033M L-proline	分辨率 2.32 Å R-free 0.234
9NLO Escherichia coli Signal Peptidase I Delta 2-76 P84A in complex with lipopeptide inhibitor 提交 2025-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 77–324（248 aa）	突变：P84A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294.15 K；25%v/v PEG 4000, 0.05M NH4OAC, 0.1M NaOAc pH 4.6, 0.033M L-proline	分辨率 2.32 Å R-free 0.234

共 6 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–250； UniProt 76–324 作者链 B； PDB构建体 2–250； UniProt 76–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3s04
沉积日期 deposition_date	2011-05-13
结构标题 title	Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic
关键词 keywords	;mostly-beta fold, Membrane bound, serine protease, Secreted preproteins, Cytoplasmic membrane, HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex, signal peptidase, leader peptidase, signal peptide, leader peptide, serine-lysine dyad ;; HYDROLASE/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.50 Å
零角强度 I(0) i0	76277800.00
分子量 molecular_weight	46183.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44951 Å³
包络体积 envelope_volume	77421 Å³
水化壳体积 shell_volume	25627 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.40 Å
包络 Rg envelope_rg	25.53 Å
形状 Rg shape_rg	25.52 Å
总 Rg total_rg	26.06 Å
总原子数 total_atoms	3503
残基数 n_residues	438
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8926
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.566
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.899

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Signal peptidase I
分子量 formula_weight	28079.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.89
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3613

MIVRSFIYEPFQIPSGSMMPTLLIGDFILVEKFAYGIKDPIYQKTLIETGHPKRGDIVVFKYPEDPKLDYIKRAVGLPGDKVTYDPVSKELTIQPGCSSGQACENALPVTYSNVEPSDFVQTFSRRNGGEATSGFFEVPKNETKENGIRLSERKETLGDVTHRILTVPIAQDQVGMYYQQPGQQLATWIVPPGQYFMMGDNRDNSADSRYWGFVPEANLVGRATAIWMSFDKQEGEWPTGLRLSRIGGIH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glyco-Arylomycin
分子量 formula_weight	660.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

SAGXAY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	14-methylhexadec-9-enoic acid
分子量 formula_weight	268.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-L-rhamnopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3s04a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

结构域编号 domain_id	d3s04b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3s04A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	3s04A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3s04B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	3s04B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.010 Å
晶胞边长 b length_b	72.010 Å
晶胞边长 c length_c	262.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	32.200 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2451
R_free r_free	0.2647

fit	/app/data/saxs_computation/s0/3s04/3s04.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s0/3s04/3s04.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s0/3s04/3s04.dat

Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal peptidase I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)