SAXSdb — 3s88

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein

Sudan ebolavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	16F6 - Heavy chain × 1 16F6 - Light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 48 其他聚合物 24	16F6 - Heavy chain × 12 16F6 - Light chain × 12 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	16F6 - Heavy chain × 3 16F6 - Light chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	16F6 - Heavy chain × 3 16F6 - Light chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致
5	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	16F6 - Heavy chain × 3 16F6 - Light chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGP_EBOSU
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 17–298； UniProt 32–313 作者链 J； PDB构建体 1–167； UniProt 473–639

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3s88
沉积日期 deposition_date	2011-05-27
结构标题 title	Crystal structure of Sudan Ebolavirus Glycoprotein (strain Gulu) bound to 16F6
关键词 keywords	Glycosylation, Viral membrane, IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex; IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3s88__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3s88__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3s88__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.61 Å
Rg（电子密度）	61.92 Å
总 Rg	62.07 Å
原子数	18120
残基数	2361
排除体积	319460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3s88__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3s88__assembly_2__model_1`	48-meric （48）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3s88__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3s88__assembly_4__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3s88__assembly_5__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16F6 - Heavy chain
分子量 formula_weight	23600.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	6040

EVQLVESGGGLVTPGGSLKLSCAASGFAFNYYDMFWVRQNTEKRLEWVAYINSGGGNTYYPDTVKGRFTISRDNAKKTLFLQMSSLRSEDTAMYYCARQLYGNSFFDYWGQGTSLTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAAAASMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	33447.3 kDa
突变 mutation	I631V, Q638V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

YPYDVPDYAIEGRGARSMPLGVVTNSTLEVTEIDQLVCKDHLASTDQLKSVGLNLEGSGVSTDIPSATKRWGFRSGVPPKVVSYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPPPPDGVRGFPRCRYVHKAQGTGPCPGDYAFHKDGAFFLYDRLASTVIYRGVNFAEGVIAFLILAKPKETFLQSPPIREAVNYTENTSSYYATSYLEYEIENFGAQHSTTLFKIDNNTFVRLDRPHTPQFLFQLNDTIHLHQQLSNTTGRLIWTLDANINADIGEWAFWENKKNLSEQLRGEELSFEALSL

来源 Source

来源生物 organism	Sudan ebolavirus
通用名 common_name	SEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186540
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	18709.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

PQESTSNGLITSTVTGILGSLGLRKRSRRQTNTKATGKCNPNLHYWTAQEQHNAAGIAWIPYFGPGAEGIYTEGLMHNQNALVCGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTYTILNRKAIDFLLRRWGGTCRILGPDCCIEPHDWTKNITDKINQIIHDFVDNPLPNVD

来源 Source

来源生物 organism	Sudan ebolavirus
通用名 common_name	SEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186540
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	16F6 - Light chain
分子量 formula_weight	23457.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSHKFMSTSVGDRVTITCKASQDVTTAVAWYQQKPGHSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTGSGSGTAFTLTLNSVQAEDLALYYCQQHYSTPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3s88H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3s88H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3s88L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3s88L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	193.591 Å
晶胞边长 b length_b	193.591 Å
晶胞边长 c length_c	193.591 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.351 Å
最低分辨率 resolution_low	45.630 Å
R 因子 r_factor	0.2217
R_work r_work	0.2217
R_free r_free	0.2776

Crystal structure of Sudan Ebolavirus Glycoprotein (strain Gulu) bound to 16F6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3s88__assembly_5__model_1

3s88__assembly_5__model_1 | I(q)

3s88__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Sudan Ebolavirus Glycoprotein (strain Gulu) bound to 16F6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3s88__assembly_5__model_1

3s88__assembly_5__model_1 | I(q)

3s88__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)