SAXSdb — 9n8f

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n8f
沉积日期 deposition_date	2025-02-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of SUDV glycoprotein with modified HR1c (L579P) and HR2 stalk bound to CA45 Fab
关键词 keywords	Sudan Virus, Glycoproteins, prefusion, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.15 Å
零角强度 I(0) i0	372700000.00
分子量 molecular_weight	155920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194370 Å³
包络体积 envelope_volume	272140 Å³
水化壳体积 shell_volume	58032 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.90 Å
包络 Rg envelope_rg	40.61 Å
形状 Rg shape_rg	40.16 Å
总 Rg total_rg	40.33 Å
总原子数 total_atoms	11001
残基数 n_residues	1425
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8913
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.478
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	SUDV Gulu - GP1
分子量 formula_weight	51221.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B
原子数 atom_count	11001

SMPLGVVTNSTLEVTEIDQLVCKDHLASTDQLKSVGLNLEGSGVSTDIPSATKRWGFRSGVPPKVVSYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPPPPDGVRGFPRCRYVHKAQGTGPCPGDYAFHKDGAFFLYDRLASTVIYRGVNFAEGVIAFLILAKPKETFLQSPPIREAVNYTENTSSYYATSYLEYEIENFGAQHSTTLFKIDNNTFVRLDRPHTPQFLFQLNDTIHLHQQLSNTTGRLIWTLDANINADIGEWAFWENKKNLSEQLRGEELSFEALSLNETEDDDAASSRITKGRISDRATRKYSDLVPKNSPGMVPLHIPEGETTLPSQNSTEGRRVGVNTQETITETAATIIGTNGNHMQISTIGIRPSSSQIPSSSPTTAPSPEAQTPTTHTSGPSVMATEEPTTPPGSSPGPTTEAPTLTTPENITTAVKTVLPQESTSNGLITSTVTGILGSLGLRKRSRR

来源 Source

来源生物 organism	Sudan ebolavirus (strain Human/Uganda/Gulu/2000)
通用名 common_name	SEBOV, Sudan Ebola virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	386033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	SUDV Gulu - GP2
分子量 formula_weight	18572.0 kDa
突变 mutation	L579P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

QTNTKATGKCNPNLHYWTAQEQHNAAGIAWIPYFGPGAEGIYTEGLMHNQNALVCGLRQLANETTQALQLFLRATTEPRTYTILNRKAIDFLLRRWGGTCRILGPDCCIEPHDLTKNITDKINQIIHDFIDNPLPNASGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL

来源 Source

来源生物 organism	Sudan ebolavirus (strain Human/Uganda/Gulu/2000)
通用名 common_name	SEBOV, Sudan Ebola virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	386033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	CA45 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25041.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J

VQLQEWGEGLVKPSETLSLTCAVYGGSISGYYHWNWIRLPPGKGLEWIGNIDGNSASTNYNPSLKTRVTISKDTSKNQISLKVRSLTAADTAVYYCARDPGFTIFGVVITSWSGLDSWGQGAVVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	CA45 Fab light chain
分子量 formula_weight	23291.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N

DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCRASQSISNNLAWYQQRPRRAPQLLIYAASNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDFAAYYCQQHNTLPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.130 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	163924

fit	/app/data/saxs_computation/n8/9n8f/9n8f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/9n8f/9n8f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/9n8f/9n8f.dat

Cryo-EM structure of SUDV glycoprotein with modified HR1c (L579P) and HR2 stalk bound to CA45 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)