3sb7

Cu-mediated Trimer of T4 Lysozyme D61H/K65H/R76H/R80H by Synthetic Symmetrization

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

Enterobacteria phage T4

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–162 突变:C54T, D61H, K65H, R76H, R80H, C97A CU COPPER (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;290 K;0.2M Potassium Thiocyanate, 25% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K 分辨率 2.70 Å R-free 0.226
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–162 链 B; UniProt 1–162 突变:C54T, D61H, K65H, R76H, R80H, C97A GOL GLYCEROL × 1 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;290 K;0.2M Potassium Thiocyanate, 25% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K 分辨率 2.70 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、845 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–165; UniProt 1–162 作者链 B; PDB构建体 4–165; UniProt 1–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3sb7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3sb7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3sb7
沉积日期 deposition_date2011-06-03
结构标题 titleCu-mediated Trimer of T4 Lysozyme D61H/K65H/R76H/R80H by Synthetic Symmetrization
关键词 keywordsmetal-mediated synthetic symmetrization, synthetic symmetrization, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.63
零角强度 I(0) i023256300.00
分子量 molecular_weight36332.0 kDa
排除体积 excluded_volume45352 ų
包络体积 envelope_volume53103 ų
水化壳体积 shell_volume21806 ų
包络直径 envelope_diameter67.0
壳层 Rg shell_rg26.61
包络 Rg envelope_rg20.53
形状 Rg shape_rg20.61
总 Rg total_rg21.48
总原子数 total_atoms2557
残基数 n_residues325
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.2
Rg (实空间) rg_real21.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real2.3260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23260000.0000
解质量估计 total_estimate0.9083
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.504
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5392000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3sb7a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.3 — Phage lysozyme
结构域编号 domain_idd3sb7a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3sb7b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.3 — Phage lysozyme

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3sb7A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id3sb7B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)