SAXSdb — 3sf5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease accessory protein ureF

Helicobacter pylori

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Urease accessory protein ureH × 2 （Q09067） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UREF_HELPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 C； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

Urease accessory protein ureH

Helicobacter pylori

UniProt Q09067

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Urease accessory protein ureF × 2 （Q09065） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UREH_HELPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 D； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3sf5
沉积日期 deposition_date	2011-06-12
结构标题 title	Crystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein UreF/H complex
关键词 keywords	Urease Accessory Protein, UreF, UreH, Chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3sf5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3sf5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3sf5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.45 Å
Rg（电子密度）	39.00 Å
总 Rg	39.11 Å
原子数	7846
残基数	980
排除体积	140540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3sf5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Urease accessory protein ureF
分子量 formula_weight	28651.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8053

MDKGKSVKSTEKSVGMPPKTPKTDNNAHVDNEFLILQVNDAVFPIGSYTHSFGLETYIQQKKVTNKESALEYLKANLSSQFLYTEMLSLKLTYESALQQDLKKILGVEEVIMLSTSPMELRLANQKLGNRFIKTLQAMNELDMGEFFNAYAQKTKDPTHATSYGVFAASLGIELKKALRHYLYAQTSNMVINCVKSVPLSQNDGQKILLSLQSPFNQLIEKTLELDESHLCTASVQNDIKAMQHESLYSRLYMS

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Urease accessory protein ureH
分子量 formula_weight	29757.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MNTYAQESKLRLKTKIGADGRCVIEDNFFTPPFKLMAPFYPKDDLAEIMLLAVSPGMMRGDAQDVQLNIGPNCKLRITSQSFEKIHNTEDGFASRDMHIVVGENAFLDFAPFPLIPFENAHFKGNTTISLRSSSQLLYSEIIVAGRVARNELFKFNRLHTKISILQDEKPIYYDNTILDPKTTDLNNMCMFDGYTHYLNLVLVNCPIELSGVRECIEESEGVDGAVSETASSHLCVKALAKGSEPLLHLREKIARLVTQTTTQKV

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	207

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3sf5A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4190 — Urease accessory protein UreF
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease accessory protein UreF

结构域编号 domain_id	3sf5C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4190 — Urease accessory protein UreF
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease accessory protein UreF

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晶胞边长 a length_a	70.653 Å
晶胞边长 b length_b	70.732 Å
晶胞边长 c length_c	205.499 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.495 Å
最低分辨率 resolution_low	35.827 Å
R 因子 r_factor	0.1754
R_work r_work	0.1732
R_free r_free	0.2173

Crystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein UreF/H complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease accessory protein ureF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease accessory protein ureH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sf5__assembly_1__model_1

3sf5__assembly_1__model_1 | I(q)

3sf5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein UreF/H complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease accessory protein ureF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Urease accessory protein ureH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sf5__assembly_1__model_1

3sf5__assembly_1__model_1 | I(q)

3sf5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)