SAXSdb — 3shi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interstitial collagenase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 106–261	片段：UNP residues 106-261	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 106–261	片段：UNP residues 106-261	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 106–261	片段：UNP residues 106-261	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SHI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-11-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
1CGE CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–269（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–263（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 102–263（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HFC 1.56 ANGSTROM STRUCTURE OF MATURE TRUNCATED HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE 提交 1994-09-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PLH METHYLAMINO-PHENYLALANYL-LEUCYL-HYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 32 CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 16 SO4 SULFATE ION × 32 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM TRIS BASE, 100 mM NACL, 5 mM CACL2, 0.1 mM ZNCL2, 2mM NAN3, 10 mM DEUTERATED DTT, 90% H2O/10%D2O OR 100% D2O；压力 1	分辨率未提供
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50	分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50	分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2TCL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH AN INHIBITOR 提交 1994-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 SM SAMARIUM (III) ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 RO4 [[1-[N-HYDROXY-ACETAMIDYL]-3-METHYL-BUTYL]-CARBONYL-LEUCINYL]-ALANINE ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
3AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1999-02-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1999-02-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
966C CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST COLLAGENASE-1 COMPLEXED TO A DIPHENYL-ETHER SULPHONE BASED HYDROXAMIC ACID 提交 1998-08-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–264（157 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 RS2 N-HYDROXY-2-[4-(4-PHENOXY-BENZENESULFONYL)-TETRAHYDRO-PYRAN-4-YL]-ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.330

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–156； UniProt 106–261 作者链 G； PDB构建体 1–156； UniProt 106–261 作者链 M； PDB构建体 1–156； UniProt 106–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3shi
沉积日期 deposition_date	2011-06-16
结构标题 title	Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution
关键词 keywords	;matrix metalloproteinase, paramagnetic restraints, paramagnetic tag, lanthanides, protein refinement, residual dipolar couplings, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.58 Å
零角强度 I(0) i0	50580400.00
分子量 molecular_weight	53031.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64757 Å³
包络体积 envelope_volume	83199 Å³
水化壳体积 shell_volume	24637 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.66 Å
包络 Rg envelope_rg	30.27 Å
形状 Rg shape_rg	30.56 Å
总 Rg total_rg	30.99 Å
总原子数 total_atoms	3723
残基数 n_residues	468
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7888
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.467
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.527
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.438; Smooth: 0.822

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interstitial collagenase
分子量 formula_weight	17458.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,M
原子数 atom_count	4024

NPRWEQTHLTYRIENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYPSYTFSGDVQLAQDDIDGIQAIYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3shia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3shig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3shim_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3shiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	3shiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	3shiM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	147.694 Å
晶胞边长 b length_b	54.528 Å
晶胞边长 c length_c	94.905 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	81.650 Å
R 因子 r_factor	0.2153
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2781

fit	/app/data/saxs_computation/sh/3shi/3shi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sh/3shi/3shi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sh/3shi/3shi.dat

Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interstitial collagenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction