3sod

CHANGES IN CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE AND THERMOSTABILITY OF A CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANT RESULTING FROM THE REMOVAL OF BURIED CYSTEINE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COPPER,ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–151 链 Y； UniProt 1–151	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.10 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–151 链 G； UniProt 1–151	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SOD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CB4 CRYSTAL STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1999-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；277 K；pH 6.00, temperature 277.00K	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
1CBJ CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE SUPEROXIDE DISMUTASE CRYSTAL. 提交 1999-02-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.65 Å R-free 0.228
1COB CRYSTAL STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT OF THE SEMISYNTHETIC COBALT SUBSTITUTED BOVINE ERYTHROCYTE ENZYME SUPEROXIDE DISMUTASE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1E9O Crystal structure of bovine SOD - 1 of 3 提交 2000-10-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；PEG-4000, NACL, pH 4.00	分辨率 1.85 Å R-free 0.230
1E9P Crystal structure of bovine Cu, Zn SOD to 1.7 Angstrom (3 of 3) 提交 2000-10-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
1E9Q Crystal structure of bovine Cu Zn SOD - (1 of 3) 提交 2000-10-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.205
1Q0E Atomic resolution (1.15 ) crystal structure of bovine copper, zinc superoxide dismutase 提交 2003-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–151（151 aa）片段：Copper, Zinc Superoxide Dismutase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15 % PEG-4000, 50 mM glycyl-glycine , 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.15 Å R-free 0.166
1Q0E Atomic resolution (1.15 ) crystal structure of bovine copper, zinc superoxide dismutase 提交 2003-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–151（151 aa）片段：Copper, Zinc Superoxide Dismutase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15 % PEG-4000, 50 mM glycyl-glycine , 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.15 Å R-free 0.166
1SDA CRYSTAL STRUCTURE OF PEROXYNITRITE-MODIFIED BOVINE CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1993-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–151（151 aa）链 Y 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SDA CRYSTAL STRUCTURE OF PEROXYNITRITE-MODIFIED BOVINE CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1993-01-13	结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–151（151 aa）链 G 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SXA CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ERYTHROCYTE SUPEROXIDE DISMUTASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1SXB CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ERYTHROCYTE SUPEROXIDE DISMUTASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1SXC CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ERYTHROCYTE SUPEROXIDE DISMUTASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1SXN REDUCED BOVINE SUPEROXIDE DISMUTASE AT PH 5.0 提交 1997-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 excess nitrogen atmosphere；pH 5；20 % PEG6K, 20MM HEPES PH 5.0, SODIUM DITHIONITE (EXCESS), NITROGEN ATMOSPHERE, excess nitrogen atmosphere	分辨率 1.90 Å
1SXS Reduced bovine superoxide dismutase at pH 5.0 complexed with thiocyanate 提交 1998-09-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 excess nitrogen atmosphere；pH 5；20 % PEG6K, 20MM HEPES, 100MM NASCN, PH 5.0, SODIUM DITHIONITE (EXCESS), NITROGEN ATMOSPHERE, excess nitrogen atmosphere	分辨率 2.00 Å
1SXZ Reduced bovine superoxide dismutase at pH 5.0 complexed with azide 提交 1998-09-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 AZI AZIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 excess nitrogen atmosphere；pH 5；20 % PEG6K, 20MM HEPES PH 5.0, SODIUM DITHIONITE (EXCESS), NITROGEN ATMOSPHERE, excess nitrogen atmosphere	分辨率 2.05 Å
2AEO Crystal structure of cisplatinated bovine Cu,Zn superoxide dismutase 提交 2005-07-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 4 CPT Cisplatin × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50mM Tris HCl, 18% PEG 4000, 20% 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
2SOD DETERMINATION AND ANALYSIS OF THE 2 ANGSTROM STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1980-03-25	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–151（151 aa）链 Y 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2SOD DETERMINATION AND ANALYSIS OF THE 2 ANGSTROM STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1980-03-25	结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–151（151 aa）链 G 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2Z7U Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2Z7W Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
2Z7Y Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.55 Å R-free 0.210
2Z7Z Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.228
2ZOW Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2008-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.45 Å R-free 0.221
3HW7 High pressure (0.57 GPa) crystal structure of bovine copper, zinc superoxide dismutase at 2.0 angstroms 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–152（151 aa）链 D 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–152（151 aa）链 F 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–152（151 aa）链 H 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 2–152（151 aa）链 J 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 2–152（151 aa）链 L 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 2–152（151 aa）链 N 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ0 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 2–152（151 aa）链 P 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–152（151 aa）链 D 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–152（151 aa）链 F 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–152（151 aa）链 H 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217

共 24 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SODC_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151 作者链 G； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151 作者链 O； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151 作者链 Y； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3sod
沉积日期 deposition_date	1990-06-26
结构标题 title	CHANGES IN CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE AND THERMOSTABILITY OF A CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANT RESULTING FROM THE REMOVAL OF BURIED CYSTEINE
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE (SUPEROXIDE ACCEPTOR); OXIDOREDUCTASE (SUPEROXIDE ACCEPTOR)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.54 Å
零角强度 I(0) i0	72511100.00
分子量 molecular_weight	62745.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76875 Å³
包络体积 envelope_volume	100360 Å³
水化壳体积 shell_volume	29466 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.71 Å
包络 Rg envelope_rg	27.93 Å
形状 Rg shape_rg	28.56 Å
总 Rg total_rg	29.19 Å
总原子数 total_atoms	4384
残基数 n_residues	604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9098
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.006
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.751
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7512000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COPPER,ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
分子量 formula_weight	15567.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,Y,G,B
原子数 atom_count	4384

XATKAVAVLKGDGPVQGTIHFEAKGDTVVVTGSITGLTEGDHGFHVHQFGDNTQGCTSAGPHFNPLSKKHGGPKDEERHVGDLGNVTADKNGVAIVDIVDPLISLSGEYSIIGRTMVVHEKPDDLGRGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAK

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3sodb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family family	b.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

结构域编号 domain_id	d3sodg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family family	b.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

结构域编号 domain_id	d3sodo_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family family	b.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

结构域编号 domain_id	d3sody_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family family	b.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3sodB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	3sodG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	3sodO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	3sodY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.500 Å
晶胞边长 b length_b	89.400 Å
晶胞边长 c length_c	70.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/so/3sod/3sod.fit
pddf	/app/data/pr_computation/so/3sod/3sod.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/so/3sod/3sod.dat