SAXSdb — 3spe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHIKZ029

Pseudomonas phage phiKZ

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 96–390	片段：Protease Resistant Fragment of Gene Product 29 (GP29PR) (UNP residues 96-390) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M Na/K Phosphate, pH 5.0 with 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 96–390	片段：Protease Resistant Fragment of Gene Product 29 (GP29PR) (UNP residues 96-390) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M Na/K Phosphate, pH 5.0 with 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 96–390 链 B； UniProt 96–390	片段：Protease Resistant Fragment of Gene Product 29 (GP29PR) (UNP residues 96-390) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M Na/K Phosphate, pH 5.0 with 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SPE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J0H Fitting of the bacteriophage phiKZ gp29PR structure into the cryo-EM density map of the phiKZ extended tail sheath 提交 2011-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 B 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 C 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 D 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 E 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 F 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；liquid ethane	分辨率 18.00 Å
3J0I Fitting of the phiKZ gp29PR structure into the cryo-EM density map of the phiKZ polysheath 提交 2011-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 B 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 C 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 D 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 E 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390) 链 F 96–390（295 aa）片段：protease-resistant fragment of gene product 29 (GP29PR, UNP residues 96-390)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；liquid ethane	分辨率 19.00 Å
9XPF The structure of sheath and tube proteins of phage Phikz 提交 2025-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–695（695 aa）链 B 1–695（695 aa）链 C 1–695（695 aa）链 D 1–695（695 aa）链 E 1–695（695 aa）链 F 1–695（695 aa）链 M 1–695（695 aa）链 N 1–695（695 aa）链 O 1–695（695 aa）链 P 1–695（695 aa）链 Q 1–695（695 aa）链 R 1–695（695 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9XPS The neck structure of the Phage Phikz 提交 2025-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric	链 x 1–695（695 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å
9XQS Structure of the inner peripheral region in the phage phiKZ baseplate complex 提交 2025-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 W 1–695（695 aa）链 X 1–695（695 aa）链 Y 1–695（695 aa）链 Z 1–695（695 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SDD3_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 96–390 作者链 B； PDB构建体 1–295； UniProt 96–390

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3spe
沉积日期 deposition_date	2011-07-01
结构标题 title	Crystal structure of the tail sheath protein protease resistant fragment from bacteriophage phiKZ
关键词 keywords	Structural Protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.14 Å
零角强度 I(0) i0	51869100.00
分子量 molecular_weight	55951.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69594 Å³
包络体积 envelope_volume	84944 Å³
水化壳体积 shell_volume	26611 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.44 Å
包络 Rg envelope_rg	29.26 Å
形状 Rg shape_rg	29.07 Å
总 Rg total_rg	29.80 Å
总原子数 total_atoms	3911
残基数 n_residues	496
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8059
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.592
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.718

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHIKZ029
分子量 formula_weight	32531.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4010

LRPEDAANPSRLIVAIEIVEDEIPLTIRRLSGFNYPNSVRDIGNAPVPTTDKVDGLKARIILIEDNTSEVGTQRVLPGTLVSDKDGSQSLVYPLFEAPVSFFGKLGDSNGMRVWSTTTADIEEFDEAAMAKFKTRQFRIQLIEKPEVGTSPVIVKTADQQDYLNITFDKGVYSDMYNADLYVGDVLVDSYSDDGVVSGLSPLYSPFSQFYVYHENIDLVRQMIYDTEMRVNPAAAAHTTAPGEIDFLTFLAVDGDPYQGIQVLGPLDGGITLGKDGNIYASGGTDGTTDLEEYAK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas phage phiKZ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169683
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.892 Å
晶胞边长 b length_b	156.715 Å
晶胞边长 c length_c	61.003 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	28.424 Å
R 因子 r_factor	0.2579
R_work r_work	0.2560
R_free r_free	0.2865

fit	/app/data/saxs_computation/sp/3spe/3spe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sp/3spe/3spe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sp/3spe/3spe.dat

Crystal structure of the tail sheath protein protease resistant fragment from bacteriophage phiKZ

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHIKZ029

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction