SAXSdb — 3t7l

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zinc finger FYVE domain-containing protein 16

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 733–820	片段：FYVE domain (UNP residues 733-820)	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；20% PEG 3350, 0.2 M NaNO3, 10% Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.09 Å R-free 0.154

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3T7L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5MK0 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–22（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
5MK0 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–22（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 1.76 Å R-free 0.193

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZFY16_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–90； UniProt 733–820

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3t7l
沉积日期 deposition_date	2011-07-30
结构标题 title	Crystal structure of the FYVE domain of endofin (ZFYVE16) at 1.1A resolution
关键词 keywords	structural genomics consortium, SGC, zinc finger, LIPID BINDING PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.26 Å
零角强度 I(0) i0	1838930.00
分子量 molecular_weight	8596.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10491 Å³
包络体积 envelope_volume	12008 Å³
水化壳体积 shell_volume	8693 Å³
包络直径 envelope_diameter	43.1 Å
壳层 Rg shell_rg	17.49 Å
包络 Rg envelope_rg	12.79 Å
形状 Rg shape_rg	12.33 Å
总 Rg total_rg	13.31 Å
总原子数 total_atoms	587
残基数 n_residues	74
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.0 Å
Rg (实空间) rg_real	13.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8390e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9000e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1839000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7851
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.208
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	560500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Zinc finger FYVE domain-containing protein 16
分子量 formula_weight	10244.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	745

SMEGLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCRACGKVFCGVCCNRKCKLQYLEKEARVCVVCYETISKAQAFERMMSPTGSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	86

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3t7la_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3t7lA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	42.944 Å
晶胞边长 b length_b	42.944 Å
晶胞边长 c length_c	76.879 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.090 Å
最低分辨率 resolution_low	22.010 Å
R 因子 r_factor	0.1424
R_work r_work	0.1418
R_free r_free	0.1542

fit	/app/data/saxs_computation/t7/3t7l/3t7l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t7/3t7l/3t7l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t7/3t7l/3t7l.dat

Crystal structure of the FYVE domain of endofin (ZFYVE16) at 1.1A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zinc finger FYVE domain-containing protein 16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction