3tcx

Structure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinity aL Integrin I Domain of Native C-Terminal Helix Conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intercellular adhesion molecule 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Integrin alpha-L × 1 （P20701） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ICAM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 C； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 E； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 G； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 I； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 K； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 M； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 O； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 Q； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 S； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 U； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 W； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 Y； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112 作者链 a； PDB构建体 3–85； UniProt 29–112

Integrin alpha-L

Homo sapiens

UniProt P20701

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Intercellular adhesion molecule 1 × 1 （P05362） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITAL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 D； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 F； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 H； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 J； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 L； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 N； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 P； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 R； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 T； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 V； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 X； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 Z； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332 作者链 b； PDB构建体 2–180； UniProt 154–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tcx
沉积日期 deposition_date	2011-08-09
结构标题 title	Structure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinity aL Integrin I Domain of Native C-Terminal Helix Conformation
关键词 keywords	Rossmann Fold, Immunoglobulin-Like Fold, Cell Adhesion, Membrane; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tcx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tcx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tcx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.63 Å
Rg（电子密度）	19.68 Å
总 Rg	20.62 Å
原子数	2095
残基数	265
排除体积	37775 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tcx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3tcx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3tcx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3tcx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3tcx__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3tcx__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3tcx__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3tcx__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3tcx__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3tcx__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3tcx__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3tcx__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`3tcx__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`3tcx__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Intercellular adhesion molecule 1
分子量 formula_weight	9214.6 kDa
突变 mutation	T2V, I10T, T23A, P38V, P63V, S67A, T78A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y,a
原子数 atom_count	29330

MVSVSPSKVTLPRGGSVLVTCSASCDQPKLLGIETPLVKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQVMCYANCPDGQSTAKAFLTVYWT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Integrin alpha-L
分子量 formula_weight	20622.6 kDa
突变 mutation	F265S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z,b

MNVDLVFLFDGSMSLQPDEFQKILDFMKDVMKKLSNTSYQFAAVQFSTSYKTEFDFSDYVKWKDPDALLKHVKHMLLLTNTFGAINYVATEVFREELGARPDATKVLIIITDGEATDSGNIDAAKDIIRYIIGIGKHSQTKESQETLHKFASKPASEFVKILDTFEKLKDLFTELQKKIY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	3tcxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxU00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxZ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	3tcxa00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3tcxb00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

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晶胞边长 a length_a	104.041 Å
晶胞边长 b length_b	166.334 Å
晶胞边长 c length_c	299.372 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.540 Å
R 因子 r_factor	0.2185
R_work r_work	0.2176
R_free r_free	0.2336

Structure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinity aL Integrin I Domain of Native C-Terminal Helix Conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intercellular adhesion molecule 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integrin alpha-L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tcx__assembly_1__model_1

3tcx__assembly_1__model_1 | I(q)

3tcx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Engineered Single Domain ICAM-1 D1 with High-Affinity aL Integrin I Domain of Native C-Terminal Helix Conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intercellular adhesion molecule 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integrin alpha-L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tcx__assembly_1__model_1

3tcx__assembly_1__model_1 | I(q)

3tcx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)