Chromo domain-containing protein 1
Saccharomyces cerevisiae
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 | 链 A; UniProt 1006–1274 | 片段:SANT/SLIDE DNA-binding domain, UNP residues 1006-1274 | 5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3' × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;14-18% PEG 400 0.1 M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | 分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3TED | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2DY7 Solution structure of the first chromodomain of yeast Chd1 提交 2006-09-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
172–252(81 aa)
片段:chromodomain 1
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8;298 K;离子强度(mmCIF原始值)300mM NaCl;压力 ambient
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain; 20mM potassium phosphate buffer; 30mM d-DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain; 20mM potassium phosphate buffer; 30mM d-DTT; 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain U-15N; 20mM potassium phosphate buffer; 30mM d-DTT; 90% H2O, 10% D2O | 290% H2O, 10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain U-13C,15N; 20mM potassium phosphate buffer; 30mM d-DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain U-13C,15N; 20mM potassium phosphate buffer; 30mM d-DTT; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2DY8 Solution structure of the second chromodomain of yeast Chd1 提交 2006-09-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
279–347(69 aa)
片段:chromodomain 2
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8;293 K;离子强度(mmCIF原始值)300mM NaCl;压力 ambient
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain; 20mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain; 20mM potassium phosphate buffer; 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain U-15N; 20mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain U-13C,15N; 20mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5mM chromodomain U-13C,15N; 20mM potassium phosphate buffer; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2H1E Tandem chromodomains of budding yeast CHD1 提交 2006-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
174–339(166 aa)
片段:chromodomain, residues 174-339
链 B
174–339(166 aa)
片段:chromodomain, residues 174-339
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;283 K;10mM BTP, 12mM NaCl, 5mM TCEP, 0.9M ammonium sulfate, 3.75% isopropanol, 4.5mg/ml yeast CHD1 tandem chromodomains, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 2H1E Tandem chromodomains of budding yeast CHD1 提交 2006-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
174–339(166 aa)
片段:chromodomain, residues 174-339
链 B
174–339(166 aa)
片段:chromodomain, residues 174-339
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;283 K;10mM BTP, 12mM NaCl, 5mM TCEP, 0.9M ammonium sulfate, 3.75% isopropanol, 4.5mg/ml yeast CHD1 tandem chromodomains, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 2XB0 DNA-binding domain from Saccharomyces cerevisiae chromatin- remodelling protein Chd1 提交 2010-04-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 X
1009–1274(266 aa)
片段:DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 1009-1274
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;0.1 M TRIS, PH 8.5, 28% PEG 4K, 0.35 M MGCL2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 3MWY Crystal structure of the chromodomain-ATPase portion of the yeast Chd1 chromatin remodeler 提交 2010-05-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 W
142–939(798 aa)
片段:double chromodomains and ATPase motor (UNP residues 142-939)
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;18% PEG 3350;
400 mM K+/Na+ tartrate;
5% xylitol;
10 mM MgCl2;
1 mM ATPgammaS, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.318 |
| 3MWY Crystal structure of the chromodomain-ATPase portion of the yeast Chd1 chromatin remodeler 提交 2010-05-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 W
142–939(798 aa)
片段:double chromodomains and ATPase motor (UNP residues 142-939)
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;18% PEG 3350;
400 mM K+/Na+ tartrate;
5% xylitol;
10 mM MgCl2;
1 mM ATPgammaS, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.318 |
| 5J70 The Chd1 DNA-binding domain in complex with 17mer DNA duplex 提交 2016-04-05 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
1006–1274(269 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;277 K;14% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.01M CaCl2, 0.05 M Na cacodylate, pH 5.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.252 |
| 5J70 The Chd1 DNA-binding domain in complex with 17mer DNA duplex 提交 2016-04-05 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 B
1006–1274(269 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;277 K;14% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.01M CaCl2, 0.05 M Na cacodylate, pH 5.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.252 |
| 5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric |
链 W
1–1468(1468 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6G0L Structure of two molecules of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a nucleosome 提交 2018-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 M
1–1468(1468 aa)
链 W
1–1468(1468 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 7NKX RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure 提交 2021-02-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 23 PDB 声明:26-meric |
链 W
1–1468(1468 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7TN2 Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps 提交 2022-01-20 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric |
链 W
118–1274(1157 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9GD1 Structure of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 15 PDB 声明:17-meric |
链 W
1–1468(1468 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9GD2 Structure of Chd1 bound to a dinucleosome with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 19 PDB 声明:21-meric |
链 S
1–1468(1468 aa)
链 T
1–1468(1468 aa)
链 W
1–1468(1468 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9GD3 Structure of a mononucleosome bound by one copy of Chd1 with the DBD on the exit-side DNA. 提交 2024-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:12-meric |
链 T
1–1468(1468 aa)
链 W
1–1468(1468 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric |
链 K
122–956(835 aa)
片段:residues 122-956
|
突变:L886G, L889G, L891G | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 K
122–956(835 aa)
链 L
122–956(835 aa)
|
突变:L886G, L889G, L891G 突变:L886G, L889G, L891G | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9N6K 2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain 提交 2025-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 K
122–1265(1144 aa)
链 L
122–1265(1144 aa)
|
突变:L886G, L889G, L891G 突变:L886G, L889G, L891G | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9R5S Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:11-meric |
链 W
2–1468(1467 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 3.80 Å |
共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | CHD1_YEAST |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 3–271; UniProt 1006–1274 |